超迅速大規模塩基配列解読法を用いた未知のウイルス分離に関する基盤研究

• Project/Area Number: 19658114
• Research Category: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Applied veterinary science
• Research Institution: Gifu University
• Principal Investigator: 福士 秀人 Gifu University, 岐阜大学・応用生物科学部, 教授 (10156763)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 大屋 賢司 岐阜大学, 応用生物科学部, 助教 (50402219) ; 山口 剛士 鳥取大学, 農学部附属鳥由来人獣共通感染症疫学研究センター, 教授 (70210367)
• Project Period (FY): 2007
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2007)
• Budget Amount: ¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000); Fiscal Year 2007: ¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
• Keywords: 高速大規模塩基配列解読 / ウイルス / ゲノム / mRNA解析

Research Abstract

本申請課題ではウイルス感染細胞内のmRNA塩基配列を網羅的に解析し,ウイルス遺伝情報の「分離」を試みた.ウマヘルペスウイルス感染細胞のmRNAからcDNAを合成し,網羅的な塩基配列解読を行った.非感染細胞由来のmRNA-cDNA塩基配列情報と比較し,ウイルスの情報を「分離」しうるかどうか,また,どれくらいの感度でできるかを明らかにした.ウマヘルペスウイルス9型をマウス繊維芽細胞L929に感染させ,24時間後に全RNAを抽出した.mRNAを精製しcDNAとした後,塩基配列解読に用いた.解析総リード数は215042であった.このリードをマウス配列およびウマヘルペスウイルス9型ゲノム塩基配列にマッピングした.その結果,マウスに対して132654リード(61.7%),ウマヘルペスウイルス9型に対して4026リード(1.9%)をマッピングすることができた.以前の感染細胞全DNAの塩基配列解読では全コンティグ数17525に対しウイルスゲノムにマッピングされたコンティグは60コンティグ(0.3%)であった.この結果からウイルス感染細胞のmRNAについて網羅的な塩基配列解読を行うことによりウイルスを遺伝情報として「分離」できる可能性が明らかになった.今回は予算の制限により個体での解析を行えなかった.今後の課題である.