Genome-wide analyses of organ-specific DNA methylation and transcription in Arabidopsis thaliana

• Project/Area Number: 19688017
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Applied molecular and cellular biology
• Research Institution: Nara Institute of Science and Technology
• Principal Investigator: SHIBA Hiroshi Nara Institute of Science and Technology, バイオサイエンス研究科, 助教授 (20294283)
• Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha): ECKER Joseph R. Salk institute of biological studies, 教授 ; YAZAKI Junshi Salk institute of biological studies, 博士研究員
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥19,630,000 (Direct Cost: ¥15,100,000、Indirect Cost: ¥4,530,000); Fiscal Year 2008: ¥9,100,000 (Direct Cost: ¥7,000,000、Indirect Cost: ¥2,100,000); Fiscal Year 2007: ¥10,530,000 (Direct Cost: ¥8,100,000、Indirect Cost: ¥2,430,000)
• Keywords: DNAメチル化 / ゲノムタイリングアレイ / 組織特異的発現 / エピジェネティクス / 器官特異的 / mCIP

Research Abstract

植物でも組織特異的なDNAメチル化の変動が見られるかどうかを明らかにすることを目的に、Col-0株の花序、成葉、根のメチローム・トランスクリプトーム統合解析を行った。またDNAメチル化の影響を具体的に示すためにDNAメチル化酵素変異株ホモ株当代の花序および成葉のメチローム・トランスクリプトーム解析を行い、Col-0株の結果と比較した。その結果、器官特異的なDNAメチル化・脱メチル化が見られた遺伝子を多数見出した。またメチル化によって遺伝子発現が制御されていると見られる遺伝子も多数見出した

Research Products

• [Journal Article] RNA silencing systems and their relevance to allele-specific DNA methylation in plants (2008)
  • Author(s): 柴博史, 高山誠司
  • Journal Title: Biosci Biotech Biochem誌 71巻 Pages: 2632-2646
  • NAID: 10027520559
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 自家不和合性のエピジェネティックな制御機構 (2007)
  • Author(s): 柴博史, 渡辺正夫, 高山誠司
  • Journal Title: 植物の生長調節誌 42巻 Pages: 113-120
• [Journal Article] Two distinct forms of M-locus protein kinase localize to the plasma membrane and interact directly with S-locus receptor kinase to transduce self-incompatibility signaling in Brassica rapa (2007)
  • Author(s): 垣田満, 柴博史, 高山誠司(他5名, 6番目)
  • Journal Title: Plant Cell誌 19巻 Pages: 3961-3973
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Actin dynamics in papilla cells of Brassica rapa during self- and cross-pollination (2007)
  • Author(s): 岩野恵, 柴博史, 高山誠司(他7名, 2番目)
  • Journal Title: Plant Physiol誌 144巻 Pages: 72-81
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of the SP11/SCR high-affinity binding site involved in self/nonself recognition in Brassica self-incompatibility (2007)
  • Author(s): 下里裕子, 柴博史, 高山誠司(他6名, 3番目)
  • Journal Title: Plant Cell誌 19巻 Pages: 107-117
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA silencing systems and their relevance to allele-specific DNA methylation in plants. (2007)
  • Author(s): Shiba H.
  • Journal Title: Biosci. Biotech. Biochem. 71 Pages: 2632-2646
  • NAID: 10027520559
  • Peer Reviewed
• [Presentation] シロイヌナズナで見られるde novo DNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2009-03-29
• [Presentation] アブラナ科植物で見られる劣性SP11の発現抑制機構に関する研究 (2009)
  • Author(s): 樽谷芳明
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2009-03-29
• [Presentation] シロイヌナズナで見られるde novo DNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • Author(s): 柴博史, 矢崎潤史, 樽谷芳明, 磯貝彰, Joseph R Ecker, 高山誠司
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-03-27
• [Presentation] シロイヌナズナゲノムタイリングアレイを用いたメチローム・トランスクリプトーム統合解析 (2009)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 第50回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2009-03-23
• [Presentation] シロイヌナズナゲノムタイリングアレイを用いたメチローム・トランスクリプトーム統合解析 (2009)
  • Author(s): 柴博史, 矢崎潤史, 磯貝彰, Joseph R Ecker, 高山誠司
  • Organizer: 第50回日本植物生理学会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2009-03-21
• [Presentation] 植物におけるsmall RNAを介した時期・組織特異的な対立遺伝子間の優劣性発現調節機構 (2008)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 国際高等研究所研究会「細胞履歴に基づく植物の形態形成」
  • Place of Presentation: 奈良
  • Year and Date: 2008-12-06
• [Presentation] 植物におけるsmall RNAを介した時期・組織特異的な対立遺伝子間の優劣性発現調節機構 (2008)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 国際高等研究所研究会「細胞履歴に基づく植物の形態形成」
  • Place of Presentation: 国際高等研究所
  • Year and Date: 2008-12-06
• [Presentation] シロイヌナズナゲノムタイリングアレイを用いたメチローム・トランスクリプトーム統合解析 (2008)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 明治大学ワークショップ「大規模オミックス・データの利用と展望」
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-09-08
• [Presentation] シロイヌナズナゲノムタイリングアレイを用いたメチローム・トランスクリプトーム統合解析 (2008)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 明治大学ワークショップ「大規模オミックス・データの利用と展望」
  • Place of Presentation: 明治大学
  • Year and Date: 2008-09-08
• [Presentation] シロイヌナズナゲノムタイリングアレイを用いたエピジェネティックな遺伝子発現制御機構の網羅的解析 (2007)
  • Author(s): 柴博史
  • Organizer: 植物科学研究教育推進事業ワークショップ「オミックスワールドの全貌~ゲノミクスからメタボロミクスまで」
  • Place of Presentation: 奈良
  • Year and Date: 2007-09-27
• [Presentation] アブラナ科植物の自他識別に関わる対立遺伝子間の優劣性に関する研究 (2007)
  • Author(s): 柴博史, 樽谷芳明, 岩野恵, 渡辺正夫, 磯貝彰, 高山誠司
  • Organizer: 日本農芸化学会2007年度大会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2007-03-24
• [Book] 第4章 様々なエピジェネティック現象1、自家不和合遺伝子, 別冊植物細胞工学「植物のエピジェネティクス」 (2008)
  • Author(s): 柴博史, 高山誠司
• [Book] 「植物のエピジェネティクス」植物細胞工学シリーズVol.24(対立遺伝子間の優劣性発現調節) (2008)
  • Author(s): 柴博史
  • Total Pages: 9
  • Publisher: 秀潤社
• [Book] アブラナ科植物の自家不和合性で見られる花粉側優劣性発現機構とDNAメチル化, 生物の化学 遺伝別冊, 21巻 (2007)
  • Author(s): 渡辺正夫, 鈴木剛, 柴博史, 高山誠司
• [Book] 植物の生長調節(自家不和合性のエピジェネテイツクな制御機構) (2007)
  • Author(s): 柴 博史
  • Total Pages: 8
  • Publisher: 植物化学調節学会
• [Book] 遺伝別冊(アブラナ科植物の自家不和合性で見られる花粉側優劣性発現機構とDNAメチル化) (2007)
  • Author(s): 渡辺 正夫
  • Total Pages: 5
  • Publisher: 裳華房
• [Remarks] 平成21年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞受賞