Genome scale prediction of eukaryotic pseudoknotted non-coding RNAs
| Project/Area Number |
19700272
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
TANEDA Akito Hirosaki University, 大学院・工学研究科, 助教 (70332492)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥1,840,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2007: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
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| Keywords | バイオインフォマティクス / 生体生命情報学 / RNA / ゲノム / 遺伝子 / 遺伝的アルゴリズム / 二次構造 |
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| Research Abstract |
独自に開発したRNA構造アライメントのための遺伝的アルゴリズム(Cofolga2)と並列計算システムを用いて、酵母菌 S. serevisiaeとその近縁種6種の間でペアワイズRNA 構造アライメントによる配列比較を行い、新規非翻訳RNA候補の網羅的予測を行った。配列類似度の低い(50%以下)アライメントを予測の対象とし非翻訳RNA 候補を非タンパク質遺伝子コード領域から714個、タンパク質遺伝子コード領域から1,311個予測することができた。
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Report
(3 results)
Research Products
(13 results)
