Identification of novel factors involved in plant immunity by differential ubiquitinated proteome analysis

• Project/Area Number: 19710169
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Applied genomics
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: NAKAGAMI Hirofumi The Institute of Physical and Chemical Research, 植物免疫研究チーム, 研究員 (20435663)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,670,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2008: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2007: ¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
• Keywords: 植物病害抵抗性 / プロテオミクス / ユビキチン化 / シグナル伝達 / プロテオーム / 植物

Research Abstract

本研究は病原体接種時にユビキチン化される植物側の因子の網羅的解析を目的としている。比較修飾プロテオーム解析の遂行には、1)網羅的解析用へのLC-MSシステムの最適化、2)修飾タンパク質の精製法の確立、3)LC-MSを用いた比較定量解析法の確立、が主要な研究課題となる。本研究成果として、LC-MSシステムの最適化および安定同位体標識による比較定量法の確立、そして改良型のユビキチン化タンパク質精製法を用いたユビキチン化タンパク質の同定に成功した。

Research Products

• [Journal Article] Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phosphorylation in Arabidopsis (2008)
  • Author(s): Naoyuki Sugiyama, Hirofumi Nakagami, Keiichi Mochida, Arsalan Daudi, Masaru Tomita, Ken Shirasu, Yasushi Ishihama
  • Journal Title: Molecular Systems Biology 4 Pages: 193-193
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phosphorylation in Arabidopsis (2008)
  • Author(s): Naoyuki Sugiyama
  • Journal Title: Molecular Systems Biology 4 Pages: 193-193
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Trojan horse strategy in Agrobacterium transformation : abusing MAPK defense signaling (2007)
  • Author(s): Armin Djamei, Andrea Pitzschke, Hirofumi Nakagami, Iva Rajh, Heribert Hirt
  • Journal Title: Science 318(5849) Pages: 453-456
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ユビキチン結合領域を利用したユビキチン化タンパク質の精製法 (2007)
  • Author(s): 中神弘史, 白須賢
  • Journal Title: BIOバイオテクノロジージャーナル 9-10月号 Pages: 594-598
• [Journal Article] ユビキチン結合領域を利用したユビキチン化タンパク質の精製法 (2007)
  • Author(s): 中神弘史
  • Journal Title: BIOバイオテクノロジージャーナル 9-10月号 Pages: 594-598
• [Journal Article] Trojan horse strategy in Agrobacterium transformation: abusing MAPK defense signaling (2007)
  • Author(s): Armin Djamei
  • Journal Title: Science 318(5849) Pages: 453-456
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 、シロイヌナズナおよびイネにおけるリン酸化部位の大規模解析(リン酸化プロテオミクス) (2009)
  • Author(s): 中神弘史
  • Organizer: 日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2009-03-22
• [Presentation] シロイヌナズナおよびイネにおけるリン酸化部位の大規模解析(リン酸化プロテオミクス) (2009)
  • Author(s): 中神弘史
  • Organizer: 日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学
  • Year and Date: 2009-03-22
• [Presentation] Plant Phosphoproteome by Hydroxy Acid-Modified Metal Oxide Chromatography (HAMMOC) (2008)
  • Author(s): 杉山直幸
  • Organizer: HUPO 7^<th> Annual World Congress
  • Place of Presentation: Amsterdam (Netherlands)
  • Year and Date: 2008-08-19
• [Presentation] Global phosphoproteome analysis of Arabidopsis (2008)
  • Author(s): 中神弘史
  • Organizer: International symposium on Frontier in plant proteome research
  • Place of Presentation: つくば農林ホール
  • Year and Date: 2008-03-10
• [Presentation] Hydroxy Acid-Modified Metal Oxide Chromatography (HAMMOC) for phosphoproteomics of plants (2008)
  • Author(s): 杉山直幸
  • Organizer: International symposium on Frontier in plant proteome research
  • Place of Presentation: つくば農林ホール
  • Year and Date: 2008-03-10
• [Remarks]
  • URL: http://ksg.psc.riken.jp/Projects_J.html
• [Remarks]
  • URL: http://omicspace.riken.jp/gps/
• [Remarks]
  • URL: http://pepbase.iab.keio.ac.jp/phospho/msb/
• [Remarks]
  • URL: http://ksg.psc.riken.jp/Proiects_J.html
• [Remarks]
  • URL: http://omicspace.riken.jp/gps/
• [Remarks]
  • URL: http://pepbase.iab.keio.ac.jp/phospho/msb/
• [Remarks]
  • URL: http://ksg.psc.riken.jp/Projects_J.html