Development of integrated analysis methods for high-dimensional and heterogeneous clinical data

• Project/Area Number: 19710172
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Applied genomics
• Research Institution: Kyoto University (2008); Nara Institute of Science and Technology (2007)
• Principal Investigator: OBA Shigeyuki Kyoto University, 大学院・情報学研究科, 講師 (80362838)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,520,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2008: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2007: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / 遺伝子発現量データ / 多変量解析 / 多重検定 / 行列因子化 / ベイズ推定 / 高次元医学データ

Research Abstract

近年の臨床医学データ解析では、解析対象となる変量に高次元性・ヘテロ性・欠測などの問題があること、解析結果出力時に統計的検定多重性の問題があることが困難を生んでいる。これらの問題の統合的解決法として、柔軟な確率モデルと統計的多重検定法の発展応用に基づく手法を開発した。

Research Products

• [Presentation] ARD事前分布を用いた確率的マージン最大化行列因子化法の提案と欠測予測 (2008)
  • Author(s): 古谷允宏, 大羽成征, 石井信
  • Organizer: 電子情報通信学会ニューロコンピューティング研究会
  • Place of Presentation: 北海道大学
  • Year and Date: 2008-01-09
• [Presentation] Re-weighted ODP for differential gene expression analysis (2008)
  • Author(s): Nomura, H., Oba, S., and Ishii, S.
  • Organizer: International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
  • Place of Presentation: Oita Japan
• [Presentation] Collaborative filtering based on a Weighted Maximum Margin Matrix Factorization (2008)
  • Author(s): Furuya, M., Oba, S., and Ishii, S.
  • Organizer: International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
  • Place of Presentation: Oita Japan
• [Presentation] 検定多重性とサンプル個性を利用した臨床ラベル関連遺伝子探索 (2008)
  • Author(s): 大羽成征、石井信
  • Organizer: 電子情報通信学会ニューロコンピューティング研究会
  • Place of Presentation: 琉球大学
• [Presentation] 最大マージン行列因子化法の確率モデル化と行列データの欠測予測 (2008)
  • Author(s): 古谷允宏、大羽成征、石井信
  • Organizer: 第11回情報論的学習理論ワークショップ
  • Place of Presentation: 仙台国際センター
• [Presentation] 典型パターン因子を統計量として用いた経験ベイズ検定による差異発現遺伝子検出法 (2008)
  • Author(s): 大羽成征,石井信
  • Organizer: 第11回情報論的学習理論ワークショップ
  • Place of Presentation: 仙台国際センター
• [Presentation] Two-Way Factor Analysis for Missing Value Estimation of Matrix Data. (2008)
  • Author(s): 袖林 和宏, 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
  • Place of Presentation: 別府
• [Presentation] Re-weighted ODP for differential gene expression analysis. (2008)
  • Author(s): 野村 啓仁, 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
  • Place of Presentation: 別府
• [Presentation] Collaborative filtering based on a Weighted Maxtmum Margin Matrix Factorization. (2008)
  • Author(s): 古谷 允宏, 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 13th '08)
  • Place of Presentation: 別府Bconプラザ
• [Presentation] 多重検定におけるODP統計量の有効な推定 (2008)
  • Author(s): 野村 啓仁, 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: ニューロコンピューティング研究会
  • Place of Presentation: 玉川大学
• [Presentation] Heterogeneous Component Analysis (2007)
  • Author(s): Oba, S., Kawanabe, M., Mueller, K-R., and Ishii, S.
  • Organizer: proceedings of 21st annual conference on Neural Information Processing Systems
  • Place of Presentation: Vancouver Canada
• [Presentation] 二方向因子分析による行列データの欠損予測 (2007)
  • Author(s): 袖林和宏、大羽成征、石井信
  • Organizer: 情報論的学習理論ワークショップ
  • Place of Presentation: 東京工業大学
• [Presentation] 隠れ変数モデルに基づく同時検定用統計量最適化 (2007)
  • Author(s): 大羽成征、石井信
  • Organizer: 情報論的学習理論ワークショップ
  • Place of Presentation: 東京工業大学
• [Presentation] 多重検定のための検定統計量最適化:隠れ変数を仲立ちとした情報共有に基く新しいアプローチについて (2007)
  • Author(s): 大羽成征、石井信
  • Organizer: 統計関連学会連合大会
  • Place of Presentation: 神戸大学
• [Presentation] 二方向因子分析による欠測データ予測 (2007)
  • Author(s): 袖林和広、大羽成征、石井信
  • Organizer: 統計関連学会連合大会
  • Place of Presentation: 神戸大学
• [Presentation] Heterogeneous Component Analysis. (2007)
  • Author(s): 大羽 成征, 川鍋 一晃, K.R.Mueller, 石井 信
  • Organizer: 21st annual conference on Neural Information Processing Systems (NIPS 2007)
  • Place of Presentation: カナダ,バンクーバー
• [Presentation] 二方向因子分析による行列データの欠損予測 (2007)
  • Author(s): 袖林 和宏, 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: 情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2007)
  • Place of Presentation: 東京工業大学大学すずかけ台キャンパス
• [Presentation] 隠れ変数モデルに基づく同時検定用統計量最適化 (2007)
  • Author(s): 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: 情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2007)
  • Place of Presentation: 東京工業大学大学すずかけ台キャンパス
• [Presentation] 多重検定のための検定統計量最適化:隠れ変数を仲立ちとした情報共有に基く新しいアプローチについて. (2007)
  • Author(s): 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: 統計関連学会連合大会
  • Place of Presentation: 神戸大学
• [Presentation] 二方向因子分析による欠測データ予測. (2007)
  • Author(s): 袖林 和宏, 大羽 成征, 石井 信
  • Organizer: 統計関連学会連合大会
  • Place of Presentation: 神戸大学
• [Presentation] アレイ比較ゲノムデータ正規化手法Combfitについて. (2007)
  • Author(s): 大羽 成征, 冨岡 伸元, 大平 美紀, 石井 信
  • Organizer: バイオ情報学研究会
  • Place of Presentation: 沖縄科学技術研究基盤整備機構シーサイドハウス
• [Remarks]
  • URL: http://hawaii.sys.i.kyoto-u.ac.jp/~oba/
• [Remarks]
  • URL: http://hawaii.naist.jp/~shige-o/