X-ray crystal structural analysis of vault

• Project/Area Number: 19770082
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Structural biochemistry
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: TANAKA Hideaki Osaka University, 蛋白質研究所, 助教 (40346169)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,750,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2008: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2007: ¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
• Keywords: vault / X線結晶構造解析 / 自然免疫 / 核酸-蛋白質複合体 / 自然免疫反応 / 脂質ラフト / 生体超分子複合体 / SPring-8 / BL44XU / ボルト / RNA-蛋白質複合体 / 核膜孔複合体 / 核一細胞質間物質輸送 / BL44U

Research Abstract

本研究において、ボルト(vault)粒子の回転対称が39回回転対称であることを明らかにした。この事実に基づいて構造解析を進めることで3.5 A分解能でボルト粒子外殻の全体構造を決定することに成功した。粒子外殻は78個のMVP (Major Vault Protein)で形成されており、粒子長軸が約670Å、胴体部分の最大直径が約400Åであった。MVPには12個のドメイン構造があり、そのうちの1つが脂質ラフトへの結合に重要であるとされるストマチンと非常によく似た構造を持つことが明らかになった。これにより、ボルトが脂質ラフトに結合する可能性を示すことができた。

Research Products

• [Journal Article] The structure of rat liver vault at 3.5 Angstrom resolution (2009)
  • Author(s): Tanaka H, Kato K, Yamashita E, Sumizawa T, Zhou Y, Yao M, Iwasaki K, Yoshimura M and Tsukihara T
  • Journal Title: Scinence 323 Pages: 384-388
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution (2009)
  • Author(s): Tanaka H., et.al.
  • Journal Title: Science 323 Pages: 384-388
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 39-fold dihedral symmetry (2008)
  • Author(s): Kato K, Tanaka H, Sumizawa T, Yoshimura M, Yamashita E, Iwasaki K and Tsukihara T
  • Journal Title: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 64 Pages: 525-531
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 39-fold dihedral symmetry (2008)
  • Author(s): Kato K., et.al.
  • Journal Title: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 64 Pages: 525-531
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 19-fold dihedral symmetry (2008)
  • Author(s): Kato k. er al.
  • Journal Title: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr inpress
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The struchture of melon necrotic spot virus determined at 2.8 A resolution. (2008)
  • Author(s): Wada Y., et. al.
  • Journal Title: Acta Crystallogr F Str-uct Biol Cryst Commun 64 Pages: 8-13
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structures of the thermophilic F1-APTase epsilon subunit suggerting ATP-regulated arm motion of its C-terminal doma-in in F1. (2007)
  • Author(s): Yagi H.et al.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci USA 04 Pages: 11233-11238
  • Peer Reviewed
• [Presentation] X-ray structure of the vault purified from rat liver. (2008)
  • Author(s): 田中秀明、加藤公児、住澤知之、山下栄樹、吉村政人、周勇、姚閔、岩崎憲治、月原冨武
  • Organizer: 日本製物物理学会
  • Place of Presentation: 福岡県福岡市(福岡国際会議場)
• [Presentation] Structure of vault purified from rat liver (2008)
  • Author(s): Kato K, Tanaka H, Sumizawa T, Yamashita E, Yoshimura M, Zhou Y, Yao M, Tanaka I, Iwasaki K and Tsukihara T
  • Organizer: IUCr (International Union of Crystallography) 2008
  • Place of Presentation: 大阪府大阪市(大阪国際会議場)
• [Presentation] The structure of melon necrotic virus determined at 2.8 A resolution (2008)
  • Author(s): Wada Y, Tanaka H, Yamashita E, Ichiki-Uehara T, Omura T and Tsukihara T
  • Organizer: IUCr (International Union of Crystallography) 2008
  • Place of Presentation: 大阪府大阪市(大阪国際会議場)
• [Presentation] X-ray structure of the vault purified from rat liver (2008)
  • Author(s): 田中秀明
  • Organizer: 日本生物物理学会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] Structure of vault purified from rat liver (2008)
  • Author(s): 加藤公児
  • Organizer: International Union of Crystallography 2008
  • Place of Presentation: 大阪国際会議場
• [Presentation] The structure of melon necrotic spot virus detetmined at 2.8 A resolution (2008)
  • Author(s): 和田康史
  • Organizer: International Union of Crystallography 2008
  • Place of Presentation: 大阪国際会議場
• [Presentation] Struture of a latge ribonucleoprotein complex (2008)
  • Author(s): 加藤 公児
  • Organizer: The joint Symposium of the 3rd International Symposium of Institutes Network and Hot Spring Harbor-Global COE Symposium
  • Place of Presentation: 大分県別府市亀の井ホテル
• [Presentation] Rotational symmetry of vault from rat liver (2007)
  • Author(s): 田中 秀明
  • Organizer: ISDSB2007
  • Place of Presentation: 東京都江戸川区タワーホール船堀
• [Presentation] ラット肝臓由来vaultのX線結晶構造解析 (2007)
  • Author(s): 田中 秀明
  • Organizer: 日本結晶学会2007年度年会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山キャンパス
• [Remarks] ボルトのイメージ図、ムービーなど(公開)
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/mvp/
• [Remarks] ボルトに関する報道試料など(非公開)
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/olabb/tsukihara/houdou/
• [Remarks] ボルトのイメージ図、ムービーなど(公開)
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/mvp/
• [Remarks] ボルトに関する報道試料な(非公開)
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/houdou/index.html