Structural analysis of domains from human general transcription factor, TFIIE for the determination of the complete structure.

• Project/Area Number: 19770090
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Structural biochemistry
• Research Institution: Yokohama City University
• Principal Investigator: OKUDA Masahiko Yokohama City University, 国際総合科学研究科, 特任助教 (60448686)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,700,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2008: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2007: ¥2,400,000 (Direct Cost: ¥2,400,000)
• Keywords: 構造生物学 / 転写 / 基本転写因子 / タンパク質 / 立体構造 / 核磁気共鳴法 / 蛋白質 / 遣伝子発現 / NMR / 遺伝子発現

Research Abstract

真核生物において、タンパク質をコードする遺伝子の転写はRNAポリメラーゼIIが行うが、開始時には基本転写因子と呼ばれる少なくとも5種類のタンパク質の助けが必要となる。本研究では、ヒト由来の基本転写因子TFIIEとTFIIHに対して、これまで不明であった両者の相互作用ドメインを同定した。さらに、遊離状態と会合状態の両方の立体構造を核磁気共鳴(NMR)装置で決定し、認識機構を明らかにした。

Research Products

• [Journal Article] Structural insight into the TFIIE/TFIIH interaction : TFIIE and p53 share the binding region on TFIIH. (2008)
  • Author(s): Okuda, M., Tanaka, A., Satoh, M., Mizuta, S., Takazawa, M., Ohkuma, Y., Nishimura, Y.
  • Journal Title: EMBO J. 27 Pages: 1161-1171
• [Journal Article] 基本転写因子TFIIEの構造とTFIIHとの相互作用 (2008)
  • Author(s): 奥田昌彦、西村善文
  • Journal Title: 生化学特集号 80 Pages: 501-510
  • NAID: 10021192114
• [Journal Article] Novel structural and functional mode of a knot essential for RNA binding activity of the Esa1 presumed chromodomain. (2008)
  • Author(s): Shimojo, H., Sano, N., Moriwaki, Y., Okuda, M., Horikoshi, M., Nishimura, Y.
  • Journal Title: J. Mol. Biol. 378 Pages: 987-1001
• [Journal Article] Structural characterization of human general transcription factor TFIIF in solution. (2008)
  • Author(s): Akashi, S., Nagakura, S., Yamamoto, S., Okuda, M., Ohkuma, Y., Nishimura, Y.,
  • Journal Title: Protein Sci. 17 Pages: 389-400
• [Journal Article] Structural insight into the TFUE/THIE1 interaction : TFIIE and p53 share the binding region on TFIIH (2008)
  • Author(s): Okuda, M., Tanaka, A, Satoh, M., Mizuta, S., Takazawa, M., Ohkuma, Y., Nishimura, Y.
  • Journal Title: The EMBO Journal 27 Pages: 1161-1171
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Novel structural and functional mode of a knot essential for RNA binding activity of the Esal presumed chromodomain (2008)
  • Author(s): Shimojo, H., Sano, N., Moriwaki, Y., Okuda, M., Horikoshi, M., Nishimura, Y.
  • Journal Title: Journal of Molecular Biology 378 Pages: 987-1001
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural characterization of human general transcription factor TFIIF in solution (2008)
  • Author(s): Akashi, S., Nagakura, S., Yamamoto, S., Okuda, M., Ohkuma, Y., Nishimura, Y.
  • Journal Title: Protein Science 17 Pages: 389-400
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 基本転写因子TmEの構造とTFIIHとの相互作用 (2008)
  • Author(s): 奥田昌彦、西村善文
  • Journal Title: 生化学 80 Pages: 501-510
• [Journal Article] Structural insight into the TFIIE-TFIIH interaction: TFIIE and p53 share the binding region on TFIIH. (2008)
  • Author(s): Okuda M., Tanaka A., Satoh M., Mizuta S., Takazawa M., Ohkuma Y., Nishimura Y.
  • Journal Title: The EMBO Journal 27 Pages: 1161-1171
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural polymorphism of chromodomains in Chd1. (2007)
  • Author(s): Okuda, M., Horikoshi, M., Nishimura, Y.
  • Journal Title: J Mol Biol. 365 Pages: 1047-1062
• [Presentation] ヒト基本転写因子TFIIEαの酸性ドメインとヒト基本転写因子TFIIH p62のPHドメインとの複合体の溶液構造 (2008)
  • Author(s): 奥田昌彦、田中亜紀、佐藤真奈美、水田翔子、高澤学、大熊芳明、西村善文
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 兵庫県神戸市、神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-10
• [Presentation] ヒト基本転写因子TFIIEαの酸性ドメインとヒト基本転写因子TFIIHp62のPHドメインとの複合体の溶液構造 (2008)
  • Author(s): 奥田昌彦、田中亜紀、佐藤真奈美、水田翔子、高澤学、大熊芳明、西村善文
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 兵庫県神戸市、神戸ポートアイランド
  • Year and Date: 2008-12-10
• [Presentation] NMR Studies on the Interaction between the General Transcription Factors (2008)
  • Author(s): Okuda, M., Tanaka, A., Satoh, M., Mizuta, S., Takazawa, M., Ohkuma, Y., Nishimura, Y.
  • Organizer: TFIIE and TFIIH XXIIIrd ICMRBS Conference
  • Place of Presentation: 米国、カリフォルニア州、サンディエゴ、シェラトンホテル
  • Year and Date: 2008-08-26
• [Presentation] NMR Studies on the Interaction between the General Transcription Factors, TFIIE and TFIIH (2008)
  • Author(s): Okuda, M., Tanaka, k, Satoh, M., Mizuta, S., Takazawa, M., Ohkuma, Y., Nishimura, Y.
  • Organizer: XXIIIrd ICMRBS Conference
  • Place of Presentation: 米国、カリフォルニア州、サンディエゴ、シェラトンホテル
  • Year and Date: 2008-08-26
• [Remarks]
  • URL: http://www.yokohama-cu.acjp/res/researcher/info/0804150kuda-ookuma.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.yokohama-cu.ac.jp/res/researcher/info/080415okuda-ookuma.html