Investigation of the ribosome dynamics generated by trans-translation specific SmpB protein

• Project/Area Number: 19770143
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Molecular biology
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: SHIMIZU Yoshihiro The University of Tokyo, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (90401231)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2008: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2007: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,600,000)
• Keywords: 生体高分子構造・機能 / リボソーム / トランストランスレーション / 翻訳 / tmRNA / SmpB / キロマイシン

Research Abstract

トランス翻訳特異的な蛋白質SmpB が引き起こすリボソームのダイナミクスを解析するために、複数のSmpB 変異体を用いた生化学的解析を行い、SmpB のアミノ酸残基がリボソームダイナミクスに及ぼす影響を測定した。またそれらをより詳細に解析するために一分子イメージング技術を用いたSmpB/tmRNA 複合体及びリボソームの相互作用を解析する基盤構築を行った。

Research Products

• [Journal Article] Epitope mapping using ribosome display in reconstituted cell-free protein synthesis system (2009)
  • Author(s): Eriko Osada, Yoshihiro Shimizu, Bintang K. Akbar, Takashi Kanamori, Takuya Ueda
  • Journal Title: J. Biochem 145 Pages: 693-700
  • NAID: 10025589286
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Epitope mapping using ribosome display in a reconstituted cell-free protein synthesis system (2009)
  • Author(s): Eriko Osada
  • Journal Title: Journal of Biochemisetry 145 Pages: 693-700
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Single-molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosomes (2008)
  • Author(s): Sotaro Uemura, Ryo Iizuka, Taro Ueno, Yoshihiro Shimizu, Hideki Taguchi, Takuya Ueda, Joseph D. Puglisi, Takashi Funatsu
  • Journal Title: Nucleic Acids Res 36
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 70S ribosomes bind to Shine-Dalgarno sequences without required dissociations (2008)
  • Author(s): Shuntaro Takahashi, Ryoko Akita, Hisao Matsuno, Hiroyuki Furusawa, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Yoshio Okahata
  • Journal Title: Chembiochem 9 Pages: 870-873
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Elongation factor Tu mutants expand amino acid tolerance of protein biosynthesis system (2008)
  • Author(s): Yoshio Doi, Takashi Ohtsuki, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Masahiko Sisido
  • Journal Title: J. Am. Chem. Soc 9 Pages: 870-873
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 70 Sribosomes bind to Shine-Dalgarno sequences without required dissociations (2008)
  • Author(s): Shuntaro Takahashi
  • Journal Title: Chembiochem 9 Pages: 870-873
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Single-molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosome (2008)
  • Author(s): Sotaro Uemura
  • Journal Title: Nucleic Acids Research 36
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase (2007)
  • Author(s): Kazunori Watanabe, Yukimatsu Toh, Kyoko Suto, Yoshihiro Shimizu, Natsuhisa Oka, Takeshi, Wada, Kozo Tomita
  • Journal Title: Nature 449 Pages: 867-871
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Ribosomal protein S1 is not essential for the trans-translation machinery (2007)
  • Author(s): Hao Qi, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda
  • Journal Title: J. Mol. Biol 368 Pages: 845-852
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Ribosomal protein S1 is not essential for the trans-translation machinery. (2007)
  • Author(s): Hao Qi
  • Journal Title: Journal of Molecular Biology 368 Pages: 845-852
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Protein-based peptide-bond formation by aminoacyl-tRNA protein transferase. (2007)
  • Author(s): Kazunori Watanabe
  • Journal Title: Nature 449 Pages: 867-871
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Elongation factor Tu mutants expand amino acid tolerance of protein biosynthesis system. (2007)
  • Author(s): Yoshio Doi
  • Journal Title: Journal of the American Chemical Society 129 Pages: 14458-14462
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system (2008)
  • Author(s): 清水義宏
  • Organizer: 第17回理研CDBミーティング
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2008-10-14
• [Presentation] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system (2008)
  • Author(s): Yoshihiro Shimizu
  • Organizer: Synthetic Biology4.0
  • Place of Presentation: 香港
  • Year and Date: 2008-10-10
• [Presentation] Reconstitution of tRNA in a cell-free protein synthesis system (2008)
  • Author(s): Yoshihiro Shimizu
  • Organizer: Synthetic Biology 4.0
  • Place of Presentation: Hong Kong, China
  • Year and Date: 2008-10-10
• [Presentation] Reconstitution of ribosome (2008)
  • Author(s): Daichi Tamaru
  • Organizer: Synthetic Biology 4.0
  • Place of Presentation: Hong Kong, China
  • Year and Date: 2008-10-10
• [Presentation] 再構築型無細胞蛋白質合成システムの開発とその応用 (2008)
  • Author(s): 清水義宏
  • Organizer: 大阪大学蛋白質研究所セミナー
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2008-09-25
• [Presentation] 無細胞タンパク質合成系におけるtRNAの再構成 (2008)
  • Author(s): 清水義宏
  • Organizer: 第10回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2008-07-23
• [Presentation] 無細胞タンパク質合成系における30Sリボソームサブユニットの再構成 (2008)
  • Author(s): 田丸大知
  • Organizer: 第10回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2008-07-23
• [Presentation] H/D交換と質量分析法による70Sリボソーム蛋白質ダイナミクスのMg^<2+>濃度依存性解析 (2008)
  • Author(s): 山本竜也
  • Organizer: 第10回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2008-07-23
• [Presentation] PURE systemにおけるtRNA成分の再構成 (2007)
  • Author(s): 福島 伸也
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-14
• [Presentation] PURE systemによる膜タンパク質の合成 (2007)
  • Author(s): 阿部 真人
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-14
• [Presentation] PURE ribosome displayの応用 (2007)
  • Author(s): Bintang K. Akbar
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-14
• [Presentation] 水晶発振子に固定化された翻訳開始因子上での開始複合体形成過程の観察 (2007)
  • Author(s): 磯部 英美
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] 改変EF-Tuによる蛋白質への非天然アミノ酸高効率導入 (2007)
  • Author(s): 土井 芳郎
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] mRNA上のSD配列への70Sリボソーム直接結合の観察 (2007)
  • Author(s): 高橋 俊太郎
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] 木腸菌タンパク質合成におけるD-アミノ酸取り込みの可能性 (2007)
  • Author(s): 正木 春彦
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会/第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-11
• [Presentation] PURE systemによる膜タンパク質局在化システムの再構築 (2007)
  • Author(s): 阿部 真人
  • Organizer: 細胞を創る研究会0.0
  • Place of Presentation: 日本科学未来館
  • Year and Date: 2007-11-26
• [Presentation] PURE systemにおけるtRNA成分の再構成 (2007)
  • Author(s): 福島 伸也
  • Organizer: 細胞を創る研究会0.0
  • Place of Presentation: 日本科学未来館
  • Year and Date: 2007-11-26
• [Presentation] 無細胞蛋白質合成系PURE systemにおけるリボソームの再構成 (2007)
  • Author(s): 田丸 大知
  • Organizer: 細胞を創る研究会0.0
  • Place of Presentation: 日本科学未来館
  • Year and Date: 2007-11-26
• [Presentation] 動力学的パラメータに基づく翻訳の活性制御 (2007)
  • Author(s): 高橋 俊太郎
  • Organizer: 細胞を創る研究会0.0
  • Place of Presentation: 日本科学未来館
  • Year and Date: 2007-11-26
• [Presentation] PURE ribosome display application in peptide selection. (2007)
  • Author(s): Bintang Karunia Akbar
  • Organizer: 細胞を創る研究会0.0
  • Place of Presentation: 日本科学未来館
  • Year and Date: 2007-11-26
• [Presentation] 大腸菌trans-translationにおけるSmpBの機能解析 (2007)
  • Author(s): 清水義宏
  • Organizer: 第2回無細胞生命科学研究会
  • Place of Presentation: 柏
  • Year and Date: 2007-10-19
• [Presentation] 大腸菌trans-translationにおけるSmpBの機能解析 (2007)
  • Author(s): 清水 義宏
  • Organizer: 第2回無細胞生命科学研究会
  • Place of Presentation: 東京大学 柏キャンパス
  • Year and Date: 2007-10-19
• [Presentation] PURE Ribosome Display. (2007)
  • Author(s): 大橋 広行
  • Organizer: 第2回無細胞生命科学研究会
  • Place of Presentation: 東京大学 柏キャンパス
  • Year and Date: 2007-10-19
• [Presentation] 翻訳開始因子を固定した水晶発振子上での開始複合体形成過程の観察 (2007)
  • Author(s): 磯部 英美
  • Organizer: 第8回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2007-07-30
• [Presentation] C-tail truncated SmpB still triggers GTP hydrolysis of EF-Tu but cannot be accommodated in the A site of the ribosome. (2007)
  • Author(s): Zhang-Pin Zhou
  • Organizer: 第8回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2007-07-30
• [Presentation] 翻訳開始時におけるmRNA上のリボソームの動きやすさの動力学的評価 (2007)
  • Author(s): 高橋 俊太郎
  • Organizer: 第8回RNAミーティシグ
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2007-07-30
• [Presentation] アミノアシルtRNAタンパク質転移酵素によるペプチド結合反応触媒機構 (2007)
  • Author(s): 渡辺 和則
  • Organizer: 第8回RNAミーティング
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2007-07-30
• [Presentation] Application of PURE system, the reconstituted cell-free protein synthesis system (2007)
  • Author(s): Yoshihiro Shimizu
  • Organizer: Synthetic Biology 3.0
  • Place of Presentation: Zurich
  • Year and Date: 2007-06-25
• [Presentation] Application of PURE system, the reconstituted cell-free protein synthesis system. (2007)
  • Author(s): Yoshihiro Shimizu
  • Organizer: Synthetic Biology 3.0
  • Place of Presentation: ETH Zurich, Switzerland
  • Year and Date: 2007-06-25
• [Book] RNA実験ノート上巻 (2008)
  • Author(s): 清水義宏、上田卓也
  • Publisher: 羊土社
• [Book] RNA実験ノート 上 「大腸菌由来酵素・因子群を用いた翻訳」 (2008)
  • Author(s): 清水 義宏
  • Publisher: 羊土社