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Development of the image segmentation system for intracellular organelles on living cell images

Research Project

Project/Area Number 19800062
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

TAKEMOTO Satoko  The Institute of Physical and Chemical Research (00450403)

Project Period (FY) 2007 – 2008
Project Status Completed (Fiscal Year 2008)
Budget Amount *help
¥3,115,000 (Direct Cost: ¥2,710,000、Indirect Cost: ¥405,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,755,000 (Direct Cost: ¥1,350,000、Indirect Cost: ¥405,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,360,000 (Direct Cost: ¥1,360,000)
Keywords領域抽出 / パターン認識 / 細胞内画像処理 / 特徴抽出 / 画像認識 / ライブセル / ノイズリダクション
Research Abstract

細胞生物・分子生物学にとって、画像解析によるオルガネラの定量分析は極めて重要だが、大量かつノイズが多い画像において、画像解析の前処理として欠かせない領域抽出を実現することは難しく、研究のボトルネックとなっている。本研究では、研究者が注目するオルガネラの画像特徴を自動解析し、その特徴に適した領域抽出アルゴリズムを自動選択するシステムを開発した。これによって、時間変化する大量画像から注目対象を精度よく自動抽出できるようになった。抽出結果によって、オルガネラ領域の3次元観察、体積・表面積の計測などが容易に可能となり、よりスムーズな研究発展に大きく寄与することが期待されている。

Report

(3 results)
  • 2008 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2009 2008 2007

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (11 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Segmentation of Anatomical Structure by Using a Local Classifier Derived from Neighborhood Information2009

    • Author(s)
      S. Takemoto, H. Yokota, R. Himeno, T. Mishima
    • Journal Title

      Advances in Intelligent and Soft Com-putting, (Springer) (in press)

      Pages: 0-0

    • Related Report
      2008 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Segmentation of Anatomical Structure by Using a Local Classifier Derived from Neighborhood Information2009

    • Author(s)
      S. Takemoto, H. Yokota, R. Himeno, T. Mishima
    • Journal Title

      Human-Computer Systems Interaction Backgrounds and Applications (印刷中)

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 領域抽出:画像特徴と形状の評価によるオブジェクト抽出2008

    • Author(s)
      竹本智子, 横田秀夫
    • Journal Title

      理研シンポジウムVCADシステム研究2008 1

      Pages: 139-140

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Journal Article] Live Cell Modeling Project2008

    • Author(s)
      H. Yokota, S. Yoshizawa, S. Takemoto, et al.
    • Journal Title

      理研シンポジウムVCADシステム研究2008 1

      Pages: 123-124

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] ライブセルイメージにおける領域抽出2008

    • Author(s)
      竹本 智子
    • Organizer
      理研シンポジウム生物研究基盤ツールとしてのライブセルモデリング
    • Place of Presentation
      理化学研究所和光本所
    • Year and Date
      2008-03-03
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] ライブセルイメージにおける領域抽出2008

    • Author(s)
      竹本智子
    • Organizer
      理研シンポジウム 生物研究基盤ツールとしてのライブセルモデリング
    • Place of Presentation
      埼玉
    • Related Report
      2008 Final Research Report
  • [Presentation] Seguemtation of Anatomical Structure by using a Loal Classifier Drived from Neighborhood Informaton2008

    • Author(s)
      Satoko Takemoto
    • Organizer
      IEEE International Conference on Human System Interactions
    • Place of Presentation
      Krakow, Poland
    • Related Report
      2008 Final Research Report
  • [Presentation] Image Segmentation for Live Cell Modeling2008

    • Author(s)
      Satoko Takemoto
    • Organizer
      1^<st> Joint Workshop on Computational Science
    • Place of Presentation
      埼玉
    • Related Report
      2008 Final Research Report
  • [Presentation] Live Cell Modeling Project2008

    • Author(s)
      Shin Yoshizawa(発表者)
    • Organizer
      The 9^<th> international Conference on Systems Biology
    • Place of Presentation
      Gothenburg, Sweden
    • Related Report
      2008 Final Research Report
  • [Presentation] 領域抽出:画像特徴と形状の評価によるオブジェクト抽出2008

    • Author(s)
      竹本智子
    • Organizer
      理研シンポジウムVCADシステム研究2008
    • Place of Presentation
      埼玉
    • Related Report
      2008 Final Research Report
  • [Presentation] Segmentation of Anatomical Structure by Using a Local Classifier Derived from Neighborhood Information2008

    • Author(s)
      S. Takemoto, H. Yokota, R. Himeno, T. Mishima
    • Organizer
      IEEE International Conference on Human System Interactions
    • Place of Presentation
      Krakow, Poland
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Live cell modeling project2008

    • Author(s)
      H. Yokota, S. Yoshizawa, S. Takemoto, et al.
    • Organizer
      Internatilnal Conference on Systems Biology
    • Place of Presentation
      Gothenburg, Sweden
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Image Segmentation for Live Cell Modeling2008

    • Author(s)
      S. Takemoto
    • Organizer
      1st Joint Workshop on Computational Science
    • Place of Presentation
      Saitama, Japan
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 生物の内部構造の理解・解析のための画像領域抽出2007

    • Author(s)
      竹本 智子
    • Organizer
      理研シンポジウムVCADシステム研究2007
    • Place of Presentation
      理化学研究所和光本所
    • Year and Date
      2007-10-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 生物の内部構造理解・解析のための画像領域抽出2007

    • Author(s)
      竹本智子
    • Organizer
      理研シンポジウムVCADシステム研究2007
    • Place of Presentation
      埼玉
    • Related Report
      2008 Final Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 画像処理装置、画像処理方法およびプログラム2009

    • Inventor(s)
      竹本智子、横田秀夫
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人 理化学研究所
    • Industrial Property Number
      2009-110683
    • Filing Date
      2009-04-30
    • Related Report
      2008 Final Research Report

URL: 

Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

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