Computational studies for ligand binding mechanisms of drug metabolizing enzymes with genetic polymorphism

• Project/Area Number: 19850019
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Physical chemistry
• Research Institution: Tohoku Pharmaceutical University
• Principal Investigator: ODA Akifumi Tohoku Pharmaceutical University, 薬学部, 助教 (50433511)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥2,925,000 (Direct Cost: ¥2,520,000、Indirect Cost: ¥405,000); Fiscal Year 2008: ¥1,755,000 (Direct Cost: ¥1,350,000、Indirect Cost: ¥405,000); Fiscal Year 2007: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥1,170,000)
• Keywords: 薬物代謝酵素 / 分子シミュレーション / ドラッグデザイン / ホモロジーモデリング / 分子力場 / 量子化学計算

Research Abstract

遺伝多型を持つ薬物代謝酵素N-アセチルトランスフェラーゼ2とUDP-グルクロン酸転移酵素1A1についてその立体構造を予測・精密化し、立体構造形成上重要な要素に関する知見や、リガンド認識機構についての知見などを得た。また、それらの計算に必要なプログラムおよびパラメータの開発・評価についても行った。

Research Products

• [Journal Article] Brownian dynamics simulations of a wild type and mutants of bovine pancreatic trypsin inhibitors (2008)
  • Author(s): Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
  • Journal Title: Biological & Pharmaceutical Bulletin 31 Pages: 2182-2186
  • NAID: 110007005012
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ウリジン二リン酸グルクロン酸転移酵素1A1の立体構造予測 (2008)
  • Author(s): 小田彰史, 小林佳奈, 高橋央宜
  • Journal Title: 東北薬科大学研究誌 55 Pages: 85-90
  • NAID: 110008750893
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Brownian dynamics simulations of a wild type and mutants of bovine pancreatic trypsin inhibitors (2008)
  • Author(s): 小田彰史
  • Journal Title: Biological & Pharmaceutical Bulletin 31 Pages: 2182-2186
  • NAID: 110007005012
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ウリジンニリン酸グルクロン酸転移酵素IAIの立体構造予測 (2008)
  • Author(s): 小田彰史
  • Journal Title: 東北薬科大学研究誌 55 Pages: 85-90
  • Peer Reviewed
• [Presentation] チオエステル基周辺の構造変化に伴ったエネルギーの変化に関する量子化学的研究 (2008)
  • Author(s): 小田彰史, 高橋央宜, 鷹野優
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2008-12-04
• [Presentation] チオェステル基周辺の構造変化に伴ったエネルギーの変化に関する量子化学的研究 (2008)
  • Author(s): 小田彰史
  • Organizer: 第46回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2008-12-04
• [Presentation] Computational Studies for Ligand Recognition Mechanisms of DrugMetabolizing Enzymes by Using Molecular Simulations (2008)
  • Author(s): Akifumi Oda, Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi
  • Organizer: Simulations, The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-11-05
• [Presentation] Computational Studies for Ligand Recognition Mechanisms of Drug Metabolizing Enzymes by Using Molecular Simulations (2008)
  • Author(s): 小田彰史
  • Organizer: The 2nd Taiwan-Japan Young Researchers Conference on Computational and Systems Biology
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-11-05
• [Presentation] NAT2の補酵素およびアミノ酸残基がイソニアジドのドッキングに果たす役割についての計算機的研究 (2008)
  • Author(s): 小田彰史, 高橋央宜
  • Organizer: 第36回構造活性相関シンポジウム
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2008-11-02
• [Presentation] Computational studies for the role of the disulfide bond in UGT1A1 by using homology modeling and molecular dynamics simulations (2008)
  • Author(s): Akifumi Oda, Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi
  • Organizer: CBI Annual Meeting 2008 International Symposium
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-10-23
• [Presentation] Computational studies for the role of the disulfide bond in UGTIAI by using homology modeling and molecular dynamics simulations (2008)
  • Author(s): 小田彰史
  • Organizer: CBI Annual Meeting 2008 International Symposium
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-10-23
• [Presentation] N-アセチルトランスフェラーゼ2の基質認識部位に関する計算化学的検討 (2008)
  • Author(s): 小田彰史, 高橋央宜
  • Organizer: 日本分子生物学会第8回春季シンポジウム
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2008-05-26
• [Presentation] 計算化学手法によるスルホンアミド誘導体の立体構造解析 (2008)
  • Author(s): 小田彰史、高橋央宜、松崎久夫、鷹野優
  • Organizer: 日本化学会第88春季年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-03-28
• [Presentation] N-アセチルトランスフェラーゼ2のリガンド認識機構の計算機的検討 (2008)
  • Author(s): 小田彰史、高橋央宜、松崎久夫
  • Organizer: 日本薬学会第128年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2008-03-28
• [Presentation] タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレーションによる評価 (2007)
  • Author(s): 小田彰史, 鷹野優, 中村春木, 山乙教之, 広野修一, 高橋央宜, 松崎久夫
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] タンパク質-リガンド複合体予測構造の分子シミュレ-ションによる評価 (2007)
  • Author(s): 小田 彰史
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Remarks]
  • URL: http://www.tohoku-pharm.ac.jp/laboratory/yakuhinb/
• [Remarks] 所属研究室のwebページ
  • URL: http://www.tohoku-pharm.ac.jp/laboratory/yakuhinb/