Development of a new metagenomic library screening method

• Project/Area Number: 19880040
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Applied microbiology
• Research Institution: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• Principal Investigator: UCHIYAMA Taku National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生物機能工学研究部門, 研究員 (70450658)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,059,000 (Direct Cost: ¥2,660,000、Indirect Cost: ¥399,000); Fiscal Year 2008: ¥1,729,000 (Direct Cost: ¥1,330,000、Indirect Cost: ¥399,000); Fiscal Year 2007: ¥1,330,000 (Direct Cost: ¥1,330,000)
• Keywords: メタゲノム / メタゲノムライブラリ / スクリーニング法 / SIGEX / メタゲノムライブラリー / PIGEX / FACS

Research Abstract

本研究は、メタゲノムライブラリーのハイスループットなスクリーニング系であるSIGEX (Substrate Induced Gene Expression) 法に用いる為の宿主を、大腸菌以外に拡張する事を目的として行い、大腸菌及び古草菌で使用可能なシャトルベクターの構築に成功した。またSIGEX 法で得られる陽性クローンをレポーターシステムとして利用する新規の酵素活性スクリーニング法、PIGEX (Product Induced Gene Expression) 法の開発も併せて行い、当該法を用いて新規な安息香酸アミダーゼをメタゲノムライブラリーからスクリーニングする事に成功した。

Research Products

• [Journal Article] メタゲノムを利用した新規酵素のスクリーニング (2008)
  • Author(s): 内山拓, 宮崎健太郎
  • Journal Title: バイオサイエンスとバイオインダストリー 66巻 Pages: 234-239
  • NAID: 10024745363
• [Journal Article] Substrate-induced gene expression (SIGEX) screening of metagenome libraries (2008)
  • Author(s): 内山拓, 渡邉一哉
  • Journal Title: Nat. Protoc Vol. 3 Pages: 1202-1212
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] メタゲノムを利用した新規酵素のスクリーニング (2008)
  • Author(s): 内山拓, 宮崎健太郎
  • Journal Title: バイオーサイエンスとバイオインダストリー 66 Pages: 234-239
  • NAID: 10024745363
• [Journal Article] Substrate-induced gene expression (SIGEX) screening of metagenome libraries (2008)
  • Author(s): 内山拓, 渡邉一哉
  • Journal Title: Nat. Protoc. 3 Pages: 1202-1212
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 微生物センサーを利用した酵素開発スクリーニング法の開発 (2009)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-03-28
• [Presentation] 微生物センサーを利用した酵素活性スクリーニング法の開発 (2009)
  • Author(s): 内山拓, 六谷明子, 宮崎健太郎
  • Organizer: 日本農芸化学会2009年度大会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-03-28
• [Presentation] 微生物センサーを利用した酵素活性スクリーニング法の開発 (2009)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: 平成20年度ライフサイエンス分野合同会議
  • Place of Presentation: つくば市
  • Year and Date: 2009-01-29
• [Presentation] 微生物センサーを利用した酵素活性スクリーニング法の開発 (2009)
  • Author(s): 内山拓, 六谷明子, 宮崎健太郎
  • Organizer: 平成20年度ライフサイエンス分野合同会議
  • Place of Presentation: つくば
  • Year and Date: 2009-01-29
• [Presentation] メタゲノムからの有用遺伝子の探索 (2008)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: 農業環境技術研究所公開セミナー「農業分野におけるメタゲノム解析技術の応用の可能性」
  • Place of Presentation: つくば市
  • Year and Date: 2008-12-17
• [Presentation] メタゲノムからの有用遺伝子の探索 (2008)
  • Author(s): 内山拓
  • Organizer: 農業環境技術研究所公開セミナー「農業分野におけるメタゲノム解析技術の応用の可能性」
  • Place of Presentation: つくげ
  • Year and Date: 2008-12-17
• [Presentation] The SIGEX scheme: High throughput screening of metagenomes for isolation of novel catabolic genes (2008)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: ISSM サテライトシンポジウ
  • Place of Presentation: Tokyo
  • Year and Date: 2008-11-15
• [Presentation] The SIGEX scheme : High throughput screening of metagenomes for isolation of novel catabolic genes (2008)
  • Author(s): 内山拓
  • Organizer: ISSMサテライトシンポジウム
  • Place of Presentation: Tokyo
  • Year and Date: 2008-11-15
• [Presentation] PIGEX: A fluorescence-based novel activity-independent screening technology for enzymes (2008)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: The 12th International Symposium on Microbial Ecolog
  • Place of Presentation: Australia
  • Year and Date: 2008-08-19
• [Presentation] PIGEX : A fluorescence-based novel activity-independent screening technology for enzymes (2008)
  • Author(s): 内山拓, 六谷明子, 宮崎健太郎
  • Organizer: The 12^<th> International Symposium on Microbial Ecology
  • Place of Presentation: Australia
  • Year and Date: 2008-08-19
• [Presentation] メタゲノムスクリーニングを指向した宿主・ベクター系の開発 (2008)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度大会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2008-03-28
• [Presentation] メタゲノムスクリーニングを指向した宿主・ベクター系の開発 (2008)
  • Author(s): 内山 拓、六谷 明子、宮崎 健太郎
  • Organizer: 日本農芸化学会2008年度(平成20年度)大会
  • Place of Presentation: 名城大学天白キャンパス
  • Year and Date: 2008-03-28
• [Presentation] メタゲノムからの未知有用遺伝子スクリーニング法の開発 (2008)
  • Author(s): 内山拓, 他
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2008-03-06
• [Presentation] メタゲノムからの未知有用遺伝子スクリーニング法の開発 (2008)
  • Author(s): 内山 拓、渡辺 一哉、宮崎 健太郎
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 大阪大学コンベンションセンター
  • Year and Date: 2008-03-06
• [Remarks]
  • URL: http://staff.aist.go.jp/miyazaki-kentaro/group/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://staff.aist.go.jp/miyazaki-kentaro/group/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://staff.aist.go.jp/miyazaki-kentaro/group/index.html
• [Patent(Industrial Property Rights)] 酵素遺伝子スクリーニング法 (2008)
  • Inventor(s): 内山拓, 宮崎健太郎
  • Industrial Property Rights Holder: 内山拓、宮崎健太郎
  • Filing Date: 2008-08-01
• [Patent(Industrial Property Rights)] 酵素遺伝子スクリーニング法 (2008)
  • Inventor(s): 内山拓, 宮崎健太郎
  • Industrial Property Rights Holder: 独立行政法人産業技術総合研究所
  • Filing Date: 2008-08-01