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G x E Genome-wide association studies for Nitrogen use efficiency in rice

Research Project

Project/Area Number 19F19103
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Review Section Basic Section 39010:Science in plant genetics and breeding-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

松岡 信  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 教授 (00270992)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) WANG FANMIAO  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2019-04-25 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywordsイネ / QTL / GWAS / ゲノム解析 / 収量 / 環境変動
Outline of Research at the Start

本研究は、環境に呼応して機能を変化させる農業関連遺伝子の単離・解析手法の確立とそれを利用した分子育種を目指す。農業関連形質の多くは量的形質(QTL)であり、その研究はQTL解析により研究が進められてきた。しかし、QTL解析には圃場作業に多くの労力と時間を要し解析の対象が両親に限られるため、多様なゲノムについて同時に検討できない欠点がある。申請者の所属研究室はQTL解析ではなくより効率的にQTL遺伝子を単離するゲノムワイド関連(GWA)解析技術を構築した。本研究はこのGWA解析を用いて、外的環境に呼応してその機能をダイナミックに変化させるQTL遺伝子の単離・解析技術を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

窒素(N)は作物に取って必須な元素であり、作物収量を向上させるために肥料として膨大量が毎年土壌中に投入され続けている。しかし近年、環境保持の観点から、N低投与でも収量が維持出来る新品種開発が希求されている。本研究はこの課題に答えるために、N肥料の投与に呼応して収量増減を制御する遺伝子についてゲノムワイド相関解析(GWAS)により単離及び解析し、機能について研究を行い、N量変動がどのような機構で収量に影響を与えるかについて分子生物学的、分子遺伝学的レベルでの解明を目指す。
2020年シーズンおよびそれ以前の穂形質に関わる様々なデータを改めて纏めなおした結果、「一穂当たりの二次枝梗数」について、多肥料区と低肥料区において有意に反応性を変化させる座を染色体4番長腕に見出した。このピークに着目して候補領域を詳細に解析した結果、葉幅を制御するQTLとして報告されていたNAL1遺伝子の関与が期待された。N多肥区では収量は全体的に増加する一方、小肥区は減少する。ここでNAL1が窒素施肥に応答して「一穂当たりの二次枝梗数」を変化させたと言うことは、施肥効果が「二次枝梗数の増加」を介して着粒数に影響を与えることを示唆する。一方、これまでの作物学的知見から、N施肥は穂数増加に大きく貢献することが知られている。実際、我々の異なるパネルを使ったGWAS結果は、NAL1が「草型(穂重型か穂数型か)」や「一株穂数」を制御することが確認された。
以上の結果はNAL1が窒素応答の鍵となる遺伝子であること、さらにはその効果は「一穂当たりの二次枝梗数」を介して「着粒数」増加をもたらすことを示唆したが、一方で「一株穂数」にも同遺伝子が関与することを示唆するデータも得られた。今後は、NAL1が両方の形質に直接的に関与するのか、何らかの機構を介してどちらかの形質については二次的に制御しているかを検討する必要がある。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Genome‐wide expression quantitative trait loci studies facilitate isolation of causal genes controlling panicle structure2020

    • Author(s)
      Wang Fanmiao、Yano Kenji、Nagamatsu Shiro、Inari‐Ikeda Mayuko、Koketsu Eriko、Hirano Ko、Aya Koichiro、Matsuoka Makoto
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: ahead of print Issue: 1 Pages: 266-278

    • DOI

      10.1111/tpj.14726

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] GWAS with principal component analysis identifies a gene comprehensively controlling rice architecture2019

    • Author(s)
      Yano Kenji、Morinaka Yoichi、Wang Fanmiao、Huang Peng、Takehara Sayaka、Hirai Takaaki、Ito Aya、Koketsu Eriko、Kawamura Mayuko、Kotake Kunihiko、Yoshida Shinya、Endo Masaki、Tamiya Gen、Kitano Hidemi、Ueguchi-Tanaka Miyako、Hirano Ko、Matsuoka Makoto
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 116 Issue: 42 Pages: 21262-21267

    • DOI

      10.1073/pnas.1904964116

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes regulating agronomic traits in rice.2019

    • Author(s)
      Matsuoka, M.
    • Organizer
      2019全基因體關聯性分析及譜系圖譜分析-以自然種原探勘有用基因應用於作物育種研討會
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] GWAS with principal component analysis (PCA) reveals a novel gene comprehensively controlling rice architecture.2019

    • Author(s)
      Matsuoka, M.
    • Organizer
      Workshop of Rice Functional Genome and Breeding by Molecular Design
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] GWAS with PCA for isolating novel genes comprehensively controlling rice architecture.2019

    • Author(s)
      Matsuoka, M.
    • Organizer
      Rice Breeding Workshop
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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