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Regulatory mechanisms of selective mitochondrial degradation via ubiquitin-related pathways

Research Project

Project/Area Number 19F19816
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section外国
Review Section Basic Section 43030:Functional biochemistry-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

岡本 浩二  大阪大学, 生命機能研究科, 准教授 (40455217)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) SCHUSTER RAMONA  大阪大学, 生命機能研究科, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2019-11-08 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2021: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2019: ¥500,000 (Direct Cost: ¥500,000)
Keywordsミトコンドリア / オートファジー / 翻訳後修飾 / ユビキチン / 出芽酵母
Outline of Research at the Start

余剰または不良ミトコンドリアの丸ごと隔離・除去は、単細胞から多細胞の真核生物まで保存された基本的な仕組みであり、ミトコンドリアの量や品質の管理に寄与していると考えられているが、その詳細な分子機構は未だ多くの謎に包まれている。本研究では出芽酵母をモデル生物に用いて、ユビキチン関連経路がどのように選択的ミトコンドリア分解を正または負に制御しているかを解明してゆく。

Outline of Annual Research Achievements

余剰または不良ミトコンドリアの丸ごと隔離・除去は、進化的に保存された基本的な機構であり、オートファジーの仕組みを利用していることから、「マイトファジー」と呼ばれ、その破綻は様々な疾患を引き起こす可能性が提起されているが、詳細な分子機構は未だ多くの謎に包まれている。一方、タンパク質のユビキチン化および脱ユビキチン化は、タンパク質の翻訳後修飾の一つであり、細胞内で様々な役割を果たしているが、出芽酵母のマイトファジーやオートファジーとの関連は未解明な点が多い。本研究の目的は、出芽酵母のマイトファジーの制御において、ユビキチン関連経路がどのように機能しているかを明らかにすることである。とりわけ、脱ユビキチン化酵素(DUB)に着目し、それらの分子機能の解明を目指した。前年度までに、21種類のDUBをコードする遺伝子の破壊株を作成・解析し、Doa4およびUbp6の欠損細胞でマイトファジーが強く抑制されていることを見出した。

本年度の研究において、Doa4およびUbp6の酵素活性を失った変異体を発現する酵母株を作成・解析した結果、遺伝子欠損株と同様にマイトファジーが野生株の30-40%に低下することがわかった。また、小胞体やペルオキシソームの選択的オートファジー、バルクオートファジーにも、Doa4およびUbp6が寄与していることを明らかにした。一方、細胞質から液胞へタンパク質を輸送する選択的オートファジー(Cvt経路)については、Doa4およびUbp6の欠損細胞は野生株と同様であった。なお、過去の研究から、Doa4およびUbp6の欠損細胞で遊離ユビキチン量が減少していることが報告されている。そこで、これらの変異細胞でユビキチンを過剰発現したところ、マイトファジーが野生株の60-70%にまで回復した。以上の知見から、マイトファジーは遊離ユビキチンを必要とすることが示唆される。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Remarks (3 results)

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    • Author(s)
      Kubota Mitsutaka、Okamoto Koji
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 170 Issue: 2 Pages: 175-182

    • DOI

      10.1093/jb/mvab068

    • NAID

      40022722295

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  • [Journal Article] Mitochondrial dynamics and degradation in the oleaginous yeast Lipomyces starkeyi2021

    • Author(s)
      Duan Lan、Okamoto Koji
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 26 Issue: 8 Pages: 627-635

    • DOI

      10.1111/gtc.12875

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  • [Journal Article] Mitochondrial clearance: mechanisms and roles in cellular fitness2021

    • Author(s)
      Onishi Mashun、Okamoto Koji
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 595 Issue: 8 Pages: 1239-1263

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14060

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Regulatory mechanisms of mitophagy in yeast2021

    • Author(s)
      Liu Yang、Okamoto Koji
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1865 Issue: 5 Pages: 129858-129858

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2021.129858

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular mechanisms and physiological functions of mitophagy2021

    • Author(s)
      Onishi Mashun、Yamano Koji、Sato Miyuki、Matsuda Noriyuki、Okamoto Koji
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 40 Issue: 3 Pages: 1-1

    • DOI

      10.15252/embj.2020104705

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Selective autophagy of intracellular organelles: Recent research advances2021

    • Author(s)
      Li Wen、He Pengcheng、Huang Yuge、Li Yi-Fang、Lu Jiahong、Li Min、Kurihara Hiroshi、Luo Zhuo、Meng Tian、Onishi Mashun、Ma Changle、Jiang Lei、Hu Yongquan、Gong Qing、Zhu Dongxing、Xu Yiming、Liu Rong、Liu Lei、Yi Cong、Zhu Yushan、Ma Ningfang、Okamoto Koji、Xie Zhiping、Liu Jinbao、He Rong-Rong、Feng Du
    • Journal Title

      Theranostics

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 222-256

    • DOI

      10.7150/thno.49860

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  • [Journal Article] Detection of mitophagy in mammalian cells, mice, and yeast2020

    • Author(s)
      Calvelli Hannah、Krigman Judith、Onishi Mashun、Narendra Derek P.、Sun Nuo、Okamoto Koji
    • Journal Title

      Methods in Cell Biology

      Volume: 155 Pages: 557-579

    • DOI

      10.1016/bs.mcb.2019.10.006

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  • [Journal Article] Repression of mitochondrial metabolism for cytosolic pyruvate-derived chemical production in Saccharomyces cerevisiae2019

    • Author(s)
      Morita Keisuke、Matsuda Fumio、Okamoto Koji、Ishii Jun、Kondo Akihiko、Shimizu Hiroshi
    • Journal Title

      Microbial Cell Factories

      Volume: 18 Issue: 1 Pages: 177-177

    • DOI

      10.1186/s12934-019-1226-6

    • NAID

      120006734920

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Paf1 complex transcriptionally regulates the mitochondrial-anchored protein Atg32 leading to activation of mitophagy2019

    • Author(s)
      Zheng Liangde、Shu Wen-Jie、Li Yu-Min、Mari Muriel、Yan Chaojun、Wang Dehe、Yin Zhao-Hong、Jiang Wei、Zhou Yu、Okamoto Koji、Reggiori Fulvio、Klionsky Daniel J.、Song Zhiyin、Du Hai-Ning
    • Journal Title

      Autophagy

      Volume: 19 Issue: 8 Pages: 1-14

    • DOI

      10.1080/15548627.2019.1668228

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミトコンドリアを無標識で可視化する2021

    • Author(s)
      岡本 浩二、藤井 奏子、宮崎 淳
    • Organizer
      第20回日本ミトコンドリア学会年会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 巨大脂肪滴を形成する油脂酵母Lipomyces starkeyiのミトコンドリア分解2021

    • Author(s)
      Duan Lan、岡本 浩二
    • Organizer
      第54回酵母遺伝学フォーラム研究報告会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Endoplasmic reticulum-related pathways act in mitochondrial clearance2021

    • Author(s)
      Koji Okamoto
    • Organizer
      第73回日本細胞生物学会大会
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    • Invited
  • [Presentation] Regulation of mitophagy via endoplasmic reticulum membrane-bound factors2019

    • Author(s)
      Okamoto Koji
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia Conference on Mitochondria & Metabolism in Health and Disease
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of mitochondrial clearance via factors on the endoplasmic reticulum2019

    • Author(s)
      Okamoto Koji
    • Organizer
      The 16th Conference of Asian Society for Mitochondrial Research and Medicine
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The TORC1 signaling pathway regulates respiration-induced mitophagy in yeast2019

    • Author(s)
      Okamoto Koji
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
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    • Invited
  • [Remarks] 研究室紹介サイト(研究科ホームページ内)

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_group/detail/8

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  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/labs/okamoto/index.html

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  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/labs/okamoto/Okamoto_Lab/

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      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-11-29   Modified: 2024-03-26  

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