Global impact of marine secondary chloroplast estimated from the function of diatom pyrenoid.

• Project/Area Number: 19H01153
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Review Section: Medium-sized Section 63:Environmental analyses and evaluation and related fields
• Research Institution: Kwansei Gakuin University
• Principal Investigator: 松田 祐介 関西学院大学, 生命環境学部, 教授 (30291975)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 田中 厚子 琉球大学, 理学部, 准教授 (40509999) ; 原田 尚志 鳥取大学, 工学研究科, 准教授 (50640900) ; 嶋川 銀河 関西学院大学, 生命環境学部, 助教 (60853885) ; 米田 広平 関西学院大学, 理工学部, 助教 (10829104) ; 辻 敬典 京都大学, 生命科学研究科, 助教 (40728268)
• Project Period (FY): 2019-04-01 – 2024-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥45,240,000 (Direct Cost: ¥34,800,000、Indirect Cost: ¥10,440,000); Fiscal Year 2023: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000); Fiscal Year 2022: ¥7,670,000 (Direct Cost: ¥5,900,000、Indirect Cost: ¥1,770,000); Fiscal Year 2021: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000); Fiscal Year 2020: ¥9,620,000 (Direct Cost: ¥7,400,000、Indirect Cost: ¥2,220,000); Fiscal Year 2019: ¥12,870,000 (Direct Cost: ¥9,900,000、Indirect Cost: ¥2,970,000)
• Keywords: 海洋性珪藻 / 二次葉緑体 / ピレノイド / 一次生産 / 光合成 / 海洋遺伝子ビッグデータ

Outline of Research at the Start

微細藻である珪藻は、地球全体の光合成による有機物生産量のおよそ20%を担う。珪藻は、二回の共生進化によって、葉緑体を獲得し（二次葉緑体）、この内部には光合成の“主要な場”と考えられるピレノイドと呼ばれるタンパク質塊を持つ。本研究では、珪藻二次葉緑体について、謎の多いピレノイド構成成分を探索し、その正確な位置と働きを決定する。この知見から、珪藻二次葉緑体の働きを立体的な分子モデルであらわす。このモデルから重要と考えられるコア成分の役割を、膨大な海洋遺伝子データを用いて、地球レベルで調べることを目的とする。発展的に、未来環境予測や珪藻を用いた物質生産などの分野に役立つ知見を得ることを目標とする。

Outline of Annual Research Achievements

海洋性珪藻類の葉緑体ピレノイド構造・機能と地球生態系への影響を定量する分子モデルを羽状目Phaeodactylum　tricornutum（Pt）および中心目Thalassiosira pseudonana（Tp）を用いて構築した。
①両珪藻のPyShellに相互作用する因子のなかにあった2つは未知天然変性タンパク質に対し、CRSPR/Cas9によるゲノム編集を行い、現在選抜中である。一方、Bestおよびθ型炭酸脱水酵素（CA）の相互作用因子として、プロトン輸送体候補、酸化還元因子、天然変性タンパク質と考えられる因子が得られた。現在これらの局在解析とゲノム編集破壊を行っている。②①で取得した新規相互作用タンパク質の局在解析の結果、天然変性タンパク質は葉緑体周辺に検出されたが、GFPによる局在不良の可能性があった。③CRISPR/Cas9により、TpBest1の破壊株は野生型に比べて30％程度低い光合成親和性を示した。PtBest1破壊株も高CO2生育野生株と同レベルの低親和性光合成を示した。ピレノイド型PtβCA1,2を同時に破壊することに成功したが、この変異体はPtθCA1およびTpPyshellの破壊株と同様、抑制レベルを通り越してCCMがほぼ機能しないことが分かり、珪藻のピレノイド機能が0.2％程度の高CO2でも必要であることが判明した。葉緑体包膜因子であるι型CAのゲノム編集破壊を行ったが、光合成効率および生育速度に変化は見られなかった。④珪藻ピレノイドは中心を貫通するチラコイド膜をもち、Pyshellがその構造を形成する。このチラコイド膜がBestとβおよびθCAの働きで、CO2発生装置としてRubiscoにCO2を供給し、ピレノイドCAがCO2漏出バリアとなる分子モデルが完成した。⑤上記ピレノイド因子は海洋メタゲノム解析から、世界の海洋で高発現することが分かった。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Int'l Joint Research] CEA(フランス)
• [Int'l Joint Research] University of Konstanz(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] University of Basel(スイス)
• [Int'l Joint Research] University of Konstanz(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] CEA(フランス)
• [Int'l Joint Research] University of Basel(スイス)
• [Int'l Joint Research] University of Konstanz(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] CEA(フランス)
• [Int'l Joint Research] University of Basel(スイス)
• [Int'l Joint Research] University of Konstanz(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] Ecole Normale Superieure(フランス)
• [Int'l Joint Research] University of Konstanz/Plant Ecophysiology(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] Ecole Normale Superieure/Institute of Biology(フランス)
• [Int'l Joint Research] CNRS/Light-Photosynthesis & Metabolism (LP&M)(フランス)
• [Journal Article] Crosstalk between photosynthesis and respiration in microbes (2024)
  • Author(s): Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke、Burlacot Adrien
  • Journal Title: Journal of Biosciences Volume: 49 Issue: 2 Pages: 5-5
  • DOI: 10.1007/s12038-023-00417-4
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Low-CO2-inducible bestrophins outside the pyrenoid sustain high photosynthetic efficacy in diatoms (2024)
  • Author(s): Nigishi Minori、Shimakawa Ginga、Yamagishi Kansei、Amano Ryosuke、Ito Shun、Tsuji Yoshinori、Nagasato Chikako、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Plant Physiology Volume: - Issue: 2 Pages: 1432-1445
  • DOI: 10.1093/plphys/kiae137
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Extra O2 evolution reveals an O2-independent alternative electron sink in photosynthesis of marine diatoms (2024)
  • Author(s): Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Photosynthesis Research Volume: 159 Issue: 1 Pages: 61-68
  • DOI: 10.1007/s11120-023-01073-3
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A new combined measurement of single cell periplasmic oxygen and carbonate chemistry revealed the rule enforcing diatom adaptation of seawater bicarbonate utilization (2024)
  • Author(s): Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Journal of Phycology Volume: 60 Issue: 1 Pages: 26-28
  • DOI: 10.1111/jpy.13429
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Algal chloroplast pyrenoids: Evidence for convergent evolution (2024)
  • Author(s): Long Benedict Michael、Matsuda Yusuke、Moroney James V.
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences Volume: 121 Issue: 14
  • DOI: 10.1073/pnas.2402546121
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Diatom pyrenoids are encased in a protein shell that enables efficient CO2fixation (2023)
  • Author(s): Shimakawa Ginga、Demulder Manon、Flori Serena、Kawamoto Akihiro、Tsuji Yoshinori、Benjamin Engel、Matsuda Yusuke et al
  • Journal Title: bioRxiv Volume: -
  • DOI: 10.1101/2023.10.25.564039
  • Int'l Joint Research
• [Journal Article] Coordinated phosphate uptake by extracellular alkaline phosphatase and solute carrier transporters in marine diatoms (2023)
  • Author(s): Matsui Hiroaki、Harada Hisashi、Maeda Kanako、Sugiyama Toshiki、Fukuchi Yohei、Kimura Nanae、Nawaly Hermanus、Tsuji Yoshinori、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: New Phytologist Volume: 241 Issue: 3 Pages: 1210-1221
  • DOI: 10.1111/nph.19410
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure and function of the pyrenoid in marine diatoms (2023)
  • Author(s): Matsui Hiroaki、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: PLANT MORPHOLOGY Volume: 35 Issue: 1 Pages: 29-33
  • DOI: 10.5685/plmorphol.35.29
  • ISSN: 0918-9726, 1884-4154
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stramenopile-Type Lipid Droplet Protein Functions as a Lipid Droplet Scaffold Protein in the Marine Diatom Phaeodactylum tricornutum (2023)
  • Author(s): Yoneda Kohei、Oishi Reika、Yoshida Masaki、Matsuda Yusuke、Suzuki Iwane
  • Journal Title: Plant And Cell Physiology Volume: 64 Issue: 7 Pages: 803-813
  • DOI: 10.1093/pcp/pcad040
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pyrenoid-core CO2-evolving machinery is essential for diatom photosynthesis in elevated CO2 (2023)
  • Author(s): Shimakawa Ginga、Okuyama Akane、Harada Hisashi、Nakagaito Shuko、Toyoshima Yui、Nagata Kazuya、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Plant Physiology Volume: 193 Issue: 4 Pages: 2298-2305
  • DOI: 10.1093/plphys/kiad475
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mapping of subcellular local pH in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum (2023)
  • Author(s): Shimakawa Ginga、Yashiro Emi、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Physiologia Plantarum Volume: 175 Issue: 6
  • DOI: 10.1111/ppl.14086
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Localization and characterization θ carbonic anhydrases in Thalassiosira pseudonana (2023)
  • Author(s): Nawaly Hermanus、Tanaka Atsuko、Toyoshima Yui、Tsuji Yoshinori、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Photosynthesis Research Volume: ー Issue: 2 Pages: 217-229
  • DOI: 10.1007/s11120-023-01007-z
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Different Responses of Photosynthesis to Nitrogen Starvation Between Highly Oil-Accumulative Diatoms, Fistulifera solaris and Mayamaea sp. JPCC CTDA0820 (2023)
  • Author(s): Nakayasu Mana、Amano Momoka、Tanaka Tsuyoshi、Shimakawa Ginga、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Marine Biotechnology Volume: ー Issue: 2 Pages: 272-280
  • DOI: 10.1007/s10126-023-10203-w
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Multiple plasma membrane SLC4s contribute to external HCO3- acquisition during CO2 starvation in the marine diatom Phaeodactylum tricornutum (2022)
  • Author(s): Nawaly Hermanus、Matsui Hiroaki、Tsuji Yoshinori、Iwayama Kazufumi、Ohashi Hiroki、Nakajima Kensuke、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Journal of Experimental Botany Volume: 74 Issue: 1 Pages: 296-307
  • DOI: 10.1093/jxb/erac380
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mitochondrial phosphoenolpyruvate carboxylase contributes to carbon fixation in the diatom Phaeodactylum tricornutum at low inorganic carbon concentrations (2022)
  • Author(s): Yu Guilan、Nakajima Kensuke、Gruber Ansgar、Rio Bartulos Carolina、Schober Alexander F.、Lepetit Bernard、Yohannes Elizabeth、Matsuda Yusuke、Kroth Peter G.
  • Journal Title: New Phytologist Volume: 235 Issue: 4 Pages: 1379-1393
  • DOI: 10.1111/nph.18268
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Immobilization of a Broad Range of Polypeptides on the Frustule of the Diatom Thalassiosira pseudonana (2022)
  • Author(s): Shimakawa Ginga、Katayama Shota、Tsuji Yoshinori、Yoneda Kohei、Fukuda Wakao、Fujiwara Shinsuke、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Applied and Environmental Microbiology Volume: 88 Issue: 21 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1128/aem.01153-22
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Physiological Roles of Flavodiiron Proteins and Photorespiration in the Liverwort Marchantia polymorpha. (2021)
  • Author(s): Ginga Shimakawa, Hitomi Hanawa, Shinya Wada, Guy T. Hanke, Yusuke Matsuda, Chikahiro Miyake
  • Journal Title: Frontiers of Plant Science Volume: 3389 Pages: 668805-668805
  • DOI: 10.3389/fpls.2021.668805
  • NAID: 120007177530
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Carboxylesterases for the hydrolysis of acetoacetate esters and their applications in terpenoid production using Escherichia coli (2021)
  • Author(s): Hisashi Harada, Daiki Senda, Takanori Shima, Chika Nakane
  • Journal Title: Applied Microbiology and Biotechnology Volume: 105 Issue: 14-15 Pages: 5821-5832
  • DOI: 10.1007/s00253-021-11447-z
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Rapid and precise genome editing in a marine diatom, Thalassiosira pseudonana by Cas9 nickase (D10A) (2020)
  • Author(s): Nawaly Hermanus、Tsuji Yoshinori、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Algal Research Volume: 47 Pages: 101855-101855
  • DOI: 10.1016/j.algal.2020.101855
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Uncovering the hidden world of the Molecular Life of Diatoms (2019)
  • Author(s): Tsuji Yoshinori、Matsuda Yusuke
  • Journal Title: Perspectives in Phycology Volume: - Issue: 1-2 Pages: 51-58
  • DOI: 10.1127/pip/2019/0087
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Metabolic Innovations Underpinning the Origin and Diversification of the Diatom Chloroplast (2019)
  • Author(s): Nonoyama、Kazamia、Nawaly、Gao、Tsuji、Matsuda、Bowler、Tanaka、Dorrell
  • Journal Title: Biomolecules Volume: 9 Issue: 8 Pages: 322-322
  • DOI: 10.3390/biom9080322
  • NAID: 120006713550
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumのピレノイド局在β炭酸脱水素酵素の機能解析 (2024)
  • Author(s): 米原朋希、Nawaly Hermsnus、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 珪藻細胞質局在θ型炭酸脱水素酵素の機能解析 (2024)
  • Author(s): 大澤敦喜、永田和也、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaのチラコイド型重炭酸輸送体候補TpBSTの機能解析 (2024)
  • Author(s): 山下温大、仁岸みのり、天野凌輔、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 海洋性珪藻における細胞内ローカルpHのマッピング (2024)
  • Author(s): 嶋川銀河、屋代愛美、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 異なる波長の光照射下における珪藻Phaeodactylum tricornutumの光合成特性とred-shift FCPの機能 (2024)
  • Author(s): 豊島正和、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 海洋性珪藻におけるRh因子の探索および機能解析 (2024)
  • Author(s): 松井啓晃、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 窒素飢餓下における海洋性珪藻のCCM発現応答 (2024)
  • Author(s): 天野桃花、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 第65回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 海洋性珪藻におけるCas13dを利用したepisome導入型RNA編集 (2024)
  • Author(s): 内山琴音、小山菜々子、松田祐介、原田尚志
  • Organizer: 日本農芸化学会中四国支部第67回講演会
• [Presentation] Mapping of subcellular local pHs in marine diatoms (2023)
  • Author(s): Ginga Shimakawa, Emi Yashiro, Yusuke Matsuda
  • Organizer: 第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
• [Presentation] 異なる波長の光照射下における珪藻Phaeodactylum tricornutumの光質応答 (2023)
  • Author(s): 豊島正和、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
• [Presentation] 海洋性珪藻の光合成においてBestrophinがCO2濃縮および光防御に担う生理的役割 (2023)
  • Author(s): 仁岸みのり、松田祐介
  • Organizer: 第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
• [Presentation] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaにおいてLhcXタンパク質が光防御に担う役割 (2023)
  • Author(s): 中安真菜、松田祐介
  • Organizer: 第13回日本光合成学会年会およびシンポジウム
• [Presentation] Structure and function of diatom pyrenoid. (2023)
  • Author(s): Yusuke Matsuda
  • Organizer: The Molecular Life of Diatoms, San Diego, USA
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Pyrenoid-core CO2 evolving machinery is essential for diatom photosynthesis in current and elevated CO2 world. (2023)
  • Author(s): Ginga Shimakawa, Yusuke Matsuda
  • Organizer: The Molecular Life of Diatoms, San Diego, USA
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] CO2-concentrating mechanism in marine diatoms. (2023)
  • Author(s): Yusuke Matsuda
  • Organizer: 8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Mapping of subcellular local pHs in marine diatoms. (2023)
  • Author(s): Ginga Shimakawa, Yusuke Matsuda
  • Organizer: 8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] The role of Lhcx isoforms in photoprotection mechanism in the diatom, Thalassiosira pseudonana. (2023)
  • Author(s): Mana Nakayasu, Yusuke Matsuda
  • Organizer: 8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Bestrophin-knock out gave an impaired CCM phenotype in marine diatom, Phaeodactylum tricornutum. (2023)
  • Author(s): Minori Nigishi, Yusuke Matsuda
  • Organizer: 8th European Phycological Cogress (EPC8), Brest, France
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Photosynthesis of diatoms in seawater - Mechanisms based on the unique chloroplast structure. (2023)
  • Author(s): Yusuke Matsuda
  • Organizer: CMBC Life Science Seminar, TU Dresden, Germany
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 海洋性珪藻におけるepisome 導入型RNA 編集 (2023)
  • Author(s): 内山琴音、小山菜々子、Hermanus Nawaly、嶋川銀河、松田祐介、原田尚志
  • Organizer: 日本植物学会第87回大会
• [Presentation] Detailed observation of secondary chloroplast division in Phaeodactylum tricornutum. (2023)
  • Author(s): Atsuko Tanaka
  • Organizer: 8th European Phycological Congress (EPC8), Brest, France
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 海洋性珪藻 Thalassiosira pseudonana において Lhcxタンパク質が光防御に担う役割 (2023)
  • Author(s): 中安真菜，米田広平，嶋川銀河，松田祐介
  • Organizer: 第64回日本植物生理学会
• [Presentation] Oil高蓄積珪藻Fistulifera solaris及びMayamaea sp. JPCC CTDA0820の窒素飢餓応答 (2023)
  • Author(s): 天野桃花，中安真菜，嶋川銀河，田中剛，松田祐介
  • Organizer: 第64回日本植物生理学会
• [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumのピレノイド因子PyShellの機能解析 (2023)
  • Author(s): 上田浩平，嶋川銀河，松田祐介
  • Organizer: 第64回日本植物生理学会
• [Presentation] Evolution and diversity of photosynthetic organisms based on the strategy for P700 oxidation. (2023)
  • Author(s): 嶋川銀河
  • Organizer: 第64回 日本植物生理学会年会 シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Biophysical CCM in diatoms based on their chloroplast and pyrenoid structures. (2022)
  • Author(s): 松田祐介
  • Organizer: The 10th International Symposium on Inorganic Carbon Utilization by Aquatic Photosynthetic Organisms
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 珪藻ピレノイドの構成因子とその機能 (2022)
  • Author(s): 松田祐介
  • Organizer: 日本植物学会第86回大会 シンポジウム「ピレノイド：植物の相分離オルガネラのカッティング・エッジ」
  • Invited
• [Presentation] 海洋性珪藻Thalassiosira pseudonanaにおけるピレノイド構成因子Pyshellの機能解明 (2022)
  • Author(s): 大田 惟善，辻 敬典，大久保 亮佑，森島 菜摘，Hermanus Nawary，嶋川 銀河，松井 啓晃，松田 祐介
  • Organizer: 日本植物学会第86回大会
• [Presentation] Pyrenoid-based CO2-concentrating mechanism in diatoms. (2022)
  • Author(s): 嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Photosynthesis in the diatom impaired in chloroplast division. (2022)
  • Author(s): 嶋川銀河、田中凛、田中厚子、松田祐介
  • Organizer: International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 海洋性珪藻チラコイド膜の重炭酸輸送体候補因子PtBestsおよびTpBestsの環境応答解析 (2022)
  • Author(s): 仁岸みのり、山岸寛征、天野凌輔、伊藤駿、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 近畿植物学会第11回講演会
• [Presentation] Oil高蓄積珪藻Fistulifera solaris及びMayamaea sp. JPCC CTDA0820の窒素飢餓応答 (2022)
  • Author(s): 中安真菜、天野桃花、嶋川銀河、田中剛、松田祐介
  • Organizer: 近畿植物学会第11回講演会
• [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumには細胞質炭酸脱水酵素は存在するか？ (2022)
  • Author(s): 豊島由衣、嶋川銀河、松田祐介
  • Organizer: 近畿植物学会第11回講演会
• [Presentation] 二次共生を経た葉緑体ピレノイドと付属構造の形態 (2022)
  • Author(s): 田中厚子
  • Organizer: 日本植物学会第86回大会 シンポジウム「ピレノイド:植物の相分離オルガネラのカッティング・エッジ」
  • Invited
• [Presentation] 観ることから始まる藻類研究 (2022)
  • Author(s): 田中厚子
  • Organizer: 植物電顕若手ワークショップ
  • Invited
• [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumにおける葉緑体ACCase1の機能解析 (2022)
  • Author(s): 奥田 創、岡田 祐也、松田 祐介
  • Organizer: 第63回日本植物生理学会
• [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutumにおけるCas9 nickase（Cas9n）を利用したエピソーム型ゲノム編集 (2022)
  • Author(s): 上河 ほのか、北川 諒治、米井 龍、坂田 大季、岡本 賢治、原田 尚志
  • Organizer: 日本農芸化学会2022年度大会
• [Presentation] Regulation mechanisms of phosphate uptake in Phaeodactylum tricornutum and Thalassiosira pseudonana (2021)
  • Author(s): Hiroaki Matsui, Toshiki Sugiyama, Yohei Fukuchi, Nanae Kimura, Kanako Maeda, Hermanus Nawaly, Yoshinori Tsuji, Hisashi Harada, Yusuke Matsuda
  • Organizer: The Molecular Life of Diatoms, UC San Diego
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] The acquisition strategies of external bicarbonate by three plasma membrane SLC4 transporters under changing levels of CO2 limitation in the diatom, Phaeodactylum tricornutum (2021)
  • Author(s): Hermanus Nawaly, Yoshinori Tsuji, Kazufumi Iwayama, Hiroki Ohashi, Hiroaki Matsui, Kensuke Nakajima, Yusuke Matsuda
  • Organizer: The Molecular Life of Diatoms, UC San Diego
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Photosynthesis of marine diatoms based on their peculiar pyrenoid structure (2021)
  • Author(s): Yusuke Matsuda
  • Organizer: Japan-Finland Seminar 2021
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Molecular aspects of diatom photosynthesis based on transporters, carbonic anhydrases, and the pyrenoid (2021)
  • Author(s): Yusuke Matsuda
  • Organizer: Scientific annual meeting of the algology group of the Italian botanical society 2021
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 珪藻 Phaeodactylum tricornutum の二酸化炭素濃縮機構を担う葉緑体ピレノイドの微細構造 (2021)
  • Author(s): 田中厚子，Malgorzata Hall, 松田祐介，Bruno Humbel
  • Organizer: 日本植物学会第85回大会
• [Presentation] 海洋性珪藻Phaeodactylum tricornutum におけるθ 型カルボニックアンヒドラーゼの機能同定 (2021)
  • Author(s): 永田 和也、米田 広平、菊谷 早絵、辻 敬典、松田 祐介
  • Organizer: 第62回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 海洋性珪藻Pheodactylum tricornutum のチラコイド膜陰イオンチャネルの機能について (2021)
  • Author(s): 伊藤 駿、山岸 寛征、宮武 愛、米田 広平、辻 敬典、松田 祐介
  • Organizer: 第62回日本植物生理学会年会
• [Presentation] 珪藻Phaeodactylum tricornutumのセレン添加による高温耐性の獲得 (2020)
  • Author(s): 前兼久 郁、辻 敬典、米田 広平、松田 祐介、田中 厚子
  • Organizer: 日本植物学会第84回大会
• [Presentation] ストラメノパイル生物が持つ油滴タンパク質の一般性と独自性 (2020)
  • Author(s): 米田広平
  • Organizer: 第23回 原生生物・寄生虫・進化セミナー
  • Invited
• [Presentation] Characterization of putative thylakoidal anion channels in the marine diatom, Phaeodactylum tricornutum (2020)
  • Author(s): 伊藤駿、山岸寛征、宮武愛、米田広平、辻敬典、松田祐介
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会 大阪大学吹田キャンパス
• [Presentation] 海洋性珪藻 Phaeodactylum tricornutumにおけるθ型カルボニックアンヒドラーゼの機能同定 (2020)
  • Author(s): 永田和也、有水楓花、米田広平、菊谷早絵、辻敬典、松田祐介
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会 大阪大学吹田キャンパス
• [Presentation] 海洋性珪藻 Phaeodactylum tricornutum のピレノイド構成因子の構造と機能の同定 (2020)
  • Author(s): 上田浩平、青井麻唯子、森島菜摘、米田広平、菊谷早絵、辻敬典、松田祐介
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会 大阪大学吹田キャンパス
• [Presentation] 珪藻Phaeodactylum tricornutum のセレン添加による高温耐性の獲得 (2020)
  • Author(s): 前兼久郁、辻 敬典、米田 広平、松田 祐介、田中 厚子
  • Organizer: 日本藻類学会第44回大会 鹿児島大学
• [Presentation] 珪藻Phaeodactylum triconutum の葉緑体ピレノイドの構造 (2020)
  • Author(s): 田中 厚子、前兼久郁
  • Organizer: 日本藻類学会第44回大会 鹿児島大学
• [Presentation] 海洋性珪藻における四重包膜葉緑体分裂機構 (2020)
  • Author(s): 脇野 大介、米田 広平、田中 厚子、松田 祐介
  • Organizer: 第61回日本植物生理学会年会 大阪大学吹田キャンパス
• [Presentation] The pyrenoid based CO2-concentrating mechanism in marine ditoms. (2019)
  • Author(s): Yusuke Matsuda
  • Organizer: EMBO work shop, The molecular life of diatoms, University of East Anglia, Norwich, UK
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Genome-editing targeting θ-type carbonic anhydrase by CRISPR/Cas9 nickase (D10A) in the marine diatom Thalassiosira pseudonana. (2019)
  • Author(s): Hermanus Nawal, Yoshinori Tsuji, Yusuke Matsuda
  • Organizer: EMBO work shop, The molecular life of diatoms, University of East Anglia, Norwich, UK
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Knock out of a major lipid droplet protein in diatom by 2A peptide-combined Cas9 expression system. (2019)
  • Author(s): Kohei Yoneda, Masaki Yoshida, Makoto M. Watanabe, Yusuke Matsuda, Iwane Suzuki
  • Organizer: EMBO work shop, The molecular life of diatoms, University of East Anglia, Norwich, UK
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Phosphate uptake by SLC-type transporters in marine diatoms. (2019)
  • Author(s): Kanako Maeda, Nanae Kimura, Yohei Fukuchi, Toshiki Sugiyama, Kensuke Nakajima, Yoshinori Tsuji, Yusuke Matsuda
  • Organizer: EMBO work shop, The molecular life of diatoms, University of East Anglia, Norwich, UK
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Function of thylakoid anion transporters in marine diatoms (2019)
  • Author(s): Ryosuke Amano, Kansei Yamagishi, Yoshinori Tsuji, Yusuke Matsuda
  • Organizer: EMBO work shop, The molecular life of diatoms, University of East Anglia, Norwich, UK
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 海洋性珪藻CO2センシング機構におけるアデニル酸シクラーゼの役割 (2019)
  • Author(s): 清水由紀、松田祐介
  • Organizer: 第83回日本植物学会 東北大学川内北キャンパス
• [Presentation] 洋性珪藻における四重包膜葉緑体分裂機構 (2019)
  • Author(s): 脇野大介、松田祐介
  • Organizer: 第83回日本植物学会 東北大学川内北キャンパス
• [Presentation] 珪藻殻分泌シグナルを利用したタンパク質提示発現の条件検討 (2019)
  • Author(s): 林日佳里、松田祐介
  • Organizer: 第83回日本植物学会 東北大学川内北キャンパス
• [Presentation] 海洋性珪藻のピレノイドにおけるCCMと光化学系機能連携の解明 (2019)
  • Author(s): 天野凌輔、山岸寛征、米田広平、松田祐介
  • Organizer: 第10回 日本光合成学会、京都産業大学
• [Presentation] Knock out of a major lipid droplet protein in diatom by 2A peptide-combined Cas9 expression system (2019)
  • Author(s): Kohei Yoneda, Masaki Yoshida, Makoto M. Watanabe, Yusuke Matsuda, Iwane Suzuki
  • Organizer: 日米二国間セミナー 京都
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Inorganic carbon transporters in lower photosynthetic organisms (2019)
  • Author(s): Vandana Deopa, Kohei Yoneda, Sandhya Mehrotra, Yusuke Matsuda
  • Organizer: 日米二国間セミナー 京都
  • Int'l Joint Research
• [Book] 微生物を活用した有用物質の製造技術・大腸菌によるカロテノイド生産 (2023)
  • Author(s): 原田尚志、竹村美保、三沢典彦
  • Total Pages: 290
  • Publisher: CMC出版
  • ISBN: 9784781317403
• [Book] Carbnic anhydrase. In Gontero B, Maberly S Ed. Blue planet, red and green photosynthesis: productivity and carbon cycling in aquatic ecosystem (2022)
  • Author(s): Yusuke Matsuda, Hermanus Nawaly, Kohei Yoneda
  • Total Pages: 317
  • Publisher: ISTE Wiley
  • ISBN: 9781789450828
• [Book] II-14 「藻類の葉緑体構造と海洋一次生産 」光合成 日本光合成学会編 (2021)
  • Author(s): 松田祐介
  • Total Pages: 213
  • Publisher: 朝倉書店
  • ISBN: 9784254171761
• [Book] II-15 「藻類のCO2濃縮機構」 光合成 日本光合成学会編 (2021)
  • Author(s): 松田祐介
  • Total Pages: 213
  • Publisher: 朝倉書店
  • ISBN: 9784254171761
• [Book] Chapter 19 "Carbohydrate metabolism" The Molecular Life of Diatoms, Falciatore A, Mock T Ed. (2021)
  • Author(s): Peter Kroth, Yusuke Matsuda
  • Total Pages: 808
  • Publisher: Springer-Nature
  • ISBN: 9783030924980
• [Book] Advances in Experimental Medicine and Biology; Carotenoids: Biosynthetic and Biofunctional Approaches Ch.10 Pathway engineering using Escherichia coli to produce commercialized carotenoids. (2020)
  • Author(s): Hisashi Harada
  • Publisher: Springer
• [Remarks] 関西学院大学 生命環境学部 海洋生命理工学研究室 Matsuda Laboratory
  • URL: https://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp/~matsuda/