Elucidation of the human population history in boundary area between East Asia and Siberia based on ancient genome analysis
| Project/Area Number |
19H01356
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 03060:Cultural assets study-related
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
佐藤 丈寛 金沢大学, 医学系, 助教 (10558026)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
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| Keywords | 古代ゲノム / 古人骨 / 集団遺伝学 |
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| Outline of Research at the Start |
東アジアとシベリアの境界領域の東端にあたる北海道北部とサハリンでは、日本列島に由来する縄文系の文化が栄えた時期、東シベリアに起源をもつとされるオホーツク文化が栄えた 時期、そしてそれらの文化が混交した時期があることが考古学的研究により示唆されている。本研究では、古人骨のゲノム解析によって当該領域における人類集団の 変遷を解明することを目的とする。特に、シベリアに起源をもつと考えられるオホーツク文化人が在来の縄文系集団と混血していった過程をゲノムデータから明らかにするとともに、これまで一括りにされてきた「オホーツク文化人」が単一の起源をもつ集団なのかについて検証する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
礼文島浜中2遺跡から出土したオホーツク文化初期（5世紀頃）の人骨（NAT004）から抽出したDNAについてショットガンシーケンスを実施した。内在性DNA含有率は人骨の保存状態の良さに反して低く、最終的な平均深度は0.98×であった。mtDNAハプログループはD4m2aであった。取得できたデータがローカバレッジであったため、pseudohaplotypeをコールして集団遺伝学的解析を行った。主成分分析では、本個体は、同遺跡のオホーツク文化終末期（12世紀頃）の人骨（NAT002）のゲノムに比べて、縄文人的遺伝要素をより多くもつことを示唆する位置にプロットされた。Dテストにおいても同様のシグナルが得られた。qpAdmによる混合モデリングでは、NAT004は縄文祖先要素とカムチャツカ祖先要素の混合個体としてモデル化することができ、縄文・カムチャツカ・アムール3系統の祖先要素の混合としてモデル化されたNAT002とは異なる祖先要素割合を示した。NAT004は、NAT002のlocal ancestry tract長に基づく混合年代推定によると、ちょうどアムール盆地からの移住が起きた頃に相当する時代の個体である。これらのことから、NAT004はアムール盆地からの遺伝子流動をまだ受けていない個体であり、NAT002のゲノムから示唆されていた、アムール盆地からの移住が起きる前の北海道北部周辺地域における縄文祖先要素とカムチャツカ祖先要素の2系統の混合集団の存在を直接確認することができた。この結果は、続縄文時代人の地理的多様性について、従来よりきめ細やかな検討が必要であることを示唆する重要な成果と考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新型コロナウイルスCOVID-19感染症の蔓延により、予定していた資料収集活動が実施困難になったことで研究開始当初の計画より遅れている部分もあるものの、NAT004のゲノムからは予想していたよりも興味深い分析結果が得られたため、総合的に考えて、おおむね順調に進展していると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
新型コロナウイルスCOVID-19感染症の蔓延により停止していた新規資料収集活動を再開できる目処が立ってきたため、研究期間中にできる限りの資料収集に努めるとともに、現時点でデータを取得できている個体についてさらなる集団遺伝学的解析を進める。
NAT004のゲノムについては、deep sequencingを実施してハイカバレッジデータを取得することを目指していたが、内在性DNA含有率が想定していたよりもずっと低かったため、ハイカバレッジデータ取得は現実的ではないと判断し。ローカバレッジデータを用いた集団遺伝学的解析に方針を切り替える。
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Report
(4 results)
Research Products
(21 results)
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[Journal Article] RHEB is a potential therapeutic target in T cell acute lymphoblastic leukemia2022
Author(s)
Pham Loc Thi、Peng Hui、Ueno Masaya、Kohno Susumu、Kasada Atuso、Hosomichi Kazuyoshi、Sato Takehiro、Kurayoshi Kenta、Kobayashi Masahiko、Tadokoro Yuko、Kasahara Atsuko、Shoulkamy Mahmoud I.、Xiao Bo、Worley Paul F.、Takahashi Chiaki、Tajima Atsushi、Hirao Atsushi
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Journal Title
Biochemical and Biophysical Research Communications
Volume: 621
Pages: 74-79
DOI
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Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] The Role of Polygenic Susceptibility on Air Pollution-Associated Asthma between German and Japanese Elderly Women2022
Author(s)
Sara Kress, Akinori Hara, Claudia Wigmann, Takehiro Sato, Keita Suzuki, Kim-Oanh Pham, Qi Zhao, Ashtyn Areal, Atsushi Tajima, Holger Schwender, Hiroyuki Nakamura, Tamara Schikowski
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Journal Title
International Journal of Environmental Research and Public Health
Volume: 19(16)
Issue: 16
Pages: 9869-9869
DOI
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Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Exploring correlations in genetic and cultural variation across language families in Northeast Asia.2021
Author(s)
H. Matsumaea*, P. Ranacher*, P. E. Savage*, D. E. Blasig, T. E. Curriej, K. Kognebuchi, N. Nishidal, T. Sato, H. Tanabe, A. Tajima, S. Browno, M. Stoneking, K. K. Shimizua, H. Oota*, and B. Bickel*
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Journal Title
Science Advances
Volume: 7(34)
Issue: 34
Pages: 9223-9223
DOI
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[Presentation] The role of polygenic susceptibility on air pollution-associated asthma between Caucasian and Asian elderly women2022
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Sara Kress, Akinori Hara, Claudia Wigmann, Takehiro Sato, Keita Suzuki, Kim-Oanh Pham, Qi Zhao, Atsushi Tajima, Holger Schwender, Hiroyuki Nakamura, Tamara Schikowski
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