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Chemical evolution induced by water -in situ observation of formation of prebiotic RNA by high-resolution AFM-

Research Project

Project/Area Number 19H02015
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 17050:Biogeosciences-related
Research InstitutionKanazawa University (2022)
Ritsumeikan University (2019-2021)

Principal Investigator

Araki Yuki  金沢大学, 数物科学系, 助教 (50734480)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 古川 善博  東北大学, 理学研究科, 准教授 (00544107)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords水和構造 / 前生物的RNA / 周波数変調原子間力顕微鏡 / 重合反応 / 固液界面 / 周波数原子間力顕微鏡 / 水和 / 粘土 / 生命起源 / 吸着 / 触媒 / RNA / 周波数変調型原子間力顕微鏡
Outline of Research at the Start

RNAは、遺伝情報の蓄積と生体反応の触媒の両方を担う分子として、生命の起源に最も重要な生体高分子と考えられている。初期地球におけるRNA(前生物的RNA)の形成は、粘土鉱物や金属イオンを触媒として起こったと考えられているが、その形成過程や環境について統一的な見解が得られていない。本研究では、高分解能の原子間力顕微鏡(FM-AFM)を用いてRNA形成(ヌクレオチドの重合)過程における水の挙動を分子スケールで観察する。ヌクレオチド表面が金属イオンによって局所的に脱水すること、水の存在によって粘土表面にヌクレオチドが秩序的に吸着することを明らかにし、生命起源における水の重要なはたらきを明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

The purpose of this study is to reveal the behavior of water on mineral surfaces and the effect of dissolved ions on the interfacial water by atomic-scale observations in order to elucidate whether RNA formation, a dehydration reaction, can occur in the primitive ocean. The adsorption of nucleotides on the surface of catalytic minerals and the hydration structure of the mineral surface during the adsorption process were observed in situ at high resolution using frequency modulation atomic force microscopy, which revealed that dissolved magnesium ions significantly increase the adsorption of nucleotides and change the hydration structure of the mineral surfaces.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

マグネシウムは生体内の酵素活性、結石の析出防止剤、整腸剤など水溶液中で起こる現象に非常によく使われている。マグネシウムが用いられる必然性は明らかにされていないが、本研究で着目した「物質表面の水への影響」がこれらの機構に関わっている可能性が高い。身近な物質であるため、近年、マグネシウムは石油掘削の潤滑剤や生分解性材料等、新たな活路を見出されており、マグネシウムが固体表面の水に及ぼす影響を継続して研究することで、これらの応用技術への波及効果が期待できる。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 6 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] <i>In Situ</i> Observation of Hydration Structure in the Process of Phase Transition of Calcium Carbonate Crystal2022

    • Author(s)
      荒木優希,塚本勝男,高木良介,宮下知幸,大藪範昭,小林圭,山田啓文
    • Journal Title

      Vacuum and Surface Science

      Volume: 65 Issue: 11 Pages: 520-525

    • DOI

      10.1380/vss.65.520

    • ISSN
      2433-5835, 2433-5843
    • Year and Date
      2022-11-10
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 周波数変調原子間力顕微鏡による液中、大気中の界面水のその場計測2022

    • Author(s)
      荒木優希
    • Organizer
      神戸大学 界面科学コロキウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] マグネシウムイオンによる水和構造変化に起因する 粘土上へのヌクレオチド吸着2021

    • Author(s)
      荒木優希、古川善博
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2021年大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 周波数変調原子間力顕微鏡による 固液界面その場観察 -鉱物-水-生命の関係を原子スケールで紐解く-2021

    • Author(s)
      荒木優希
    • Organizer
      WaTUSイブニングセミナー
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] バイオミネラリゼーションにおける 界面のミクロ構造研究の重要性2021

    • Author(s)
      荒木優希
    • Organizer
      第4回日本表面真空学会若手部会研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 添加物による水和構造への影響2020

    • Author(s)
      荒木優希, 小林圭, 山田啓文
    • Organizer
      第49回日本結晶成長学会国内会議
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Prebiotic RNA evolution in liquid environment -in situ observation by FM-AFM-2020

    • Author(s)
      Yuki Araki
    • Organizer
      Virtual ELSI Colloquium
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Influence of interface water of clay minerals on ion adsorption2019

    • Author(s)
      Yuki Araki,Masahiko Okumura,Yasunobu Ando,Kei Kobayashi,Hirofumi Yamada
    • Organizer
      12th International Symposium on Atomic Level Characterizations for New Materials and Devices ‘19 (ALC’19)
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Atomic-scale Visualization of Ion Behavior on Clay Minerals2019

    • Author(s)
      Yuki Araki,Masahiko Okumura,Yasunobu Ando,Kei Kobayashi,Hirofumi Yamada
    • Organizer
      International Conference on Crystal Growth and Epitaxy (ICCGE-19)
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 周波数変調原子間力顕微鏡による粘土表面のセシウム吸着の原子スケールその場観察2019

    • Author(s)
      荒木優希,奥村勝彦,安藤康伸,小林圭,山田啓文
    • Organizer
      第47回可視化情報シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Remarks] 立命館大学メゾスコピック物理研究室

    • URL

      https://mesoscopic.site

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Remarks] 中田研究室

    • URL

      http://mesoscopic.site

    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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