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Structural determination of the reaction intermediate of nitrile hydratase by XFEL and neutron beam

Research Project

Project/Area Number 19H02667
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionAkita University

Principal Investigator

Odaka Masafumi  秋田大学, 理工学研究科, 教授 (20224248)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 當舎 武彦  国立研究開発法人理化学研究所, 放射光科学研究センター, 専任研究員 (00548993)
松村 洋寿  秋田大学, 理工学研究科, 准教授 (60741824)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2020: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2019: ¥8,580,000 (Direct Cost: ¥6,600,000、Indirect Cost: ¥1,980,000)
Keywords遷移状態 / 反応中間体 / XFEL / 時分割結晶構造解析 / 中性子構造解析 / 触媒反応機構 / ニトリルヒドラターゼ / システインスルフェン酸 / 時間分解構造解析 / 翻訳後修飾 / 中性子線結晶構造解析 / シリアルフェムト秒X線結晶構造解析 / 中性子結晶構造解析
Outline of Research at the Start

鉄型ニトリルヒドラターゼが光活性化する性質を利用してシリアルフェムト秒X線結晶構造解析を行い,反応中間体の結晶構造を決定する。また,中性子構造解析によって水素結合ネットワークや触媒残基のプロトン化状態を決定し,これらの実験で得られた成果を計算科学で検証することにより,未知の反応中間体構造の解明に正面から取り組み,特異な活性中心による新規な触媒反応機構を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

We aimed to determine the structure of the reaction intermediate of nitrile hydratase by time-resolved serial femto-second X-ray crystallography using XFEL and by neutron crystallography. We optimized the methods to obtain small crystals (less than 30 micron) of Fe-type NHase reproducibly. Also, we determined the high-density carrying medium to be 30%(w/v) hydroxyethyl cellulose. For the neutron crystallography, we optimized the crystallization condition of Fe-type and Co-type nitrile hydratases.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ニトリルヒドラターゼはアクリルアミドやニコチンアミドの工業生産に利用される産業的に最も成功した酵素の一つである。また,申請者らが明らかにしたように,本酵素は,酸化修飾を受けたシステイン残基を配位子とする極めて特異な活性中心をもち,高い触媒活性を示すことがわかっている。本研究では,その特異な活性中心による触媒機構を最先端の結晶構造解析法で明らかにすることによって本酵素の新規な触媒機構を解明し,より低コストかつ高効率な触媒法の開発を目指すものである。

Report

(4 results)
  • 2022 Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2020 2019

All Presentation (15 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Presentation] ニトリルヒドラターゼの中性子結晶構造解析に向けた大型結晶作成2022

    • Author(s)
      和田凌太郎、仲本和義、松村洋寿、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • Organizer
      第35回秋田応用生命科学研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 中性子構造解析に向けた鉄型ニトリルヒドラターゼの精製と結晶化2022

    • Author(s)
      藤井康年、辻井啓夢、岩藤秀直、仲本和義、松村洋寿、日下勝弘、玉田太郎、尾髙雅文
    • Organizer
      第35回秋田応用生命科学研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 時間分割X線結晶構造解析に向けたPseudonocardia thermophila由来Co型Nitrile Hydratase変異体の作製と酵素活性比較2022

    • Author(s)
      福田拓都、 仲本和義、松村洋寿、 野口恵一、 養王田正文、 尾高雅文
    • Organizer
      第35回秋田応用生命科学研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Unveiling the catalytic mechanism of nitrile hydratase by time-resolved crystallography and neutron crystallography2020

    • Author(s)
      尾高雅文, 山中保明, 辻井広夢,岩藤秀直,林 英輝,松村洋寿,野村高志, 當舎武彦, 玉田太郎,日下勝弘,野口恵一,養王田正文
    • Organizer
      令和2年度化学系学協会東北大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Crystallization and preliminary neutron diffraction measurements of nitrile hydratase for neutron crystallography2020

    • Author(s)
      Tsujii, H., Matsumura, H., Tamada, T., Kusaka, K., Odaka, M.
    • Organizer
      令和2年度化学系学協会東北大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Crystallization of nitrile hydratase for XFEL crystallography2020

    • Author(s)
      Iwatoh, H., Tsujii, H., Matsumura, H., Tosha, T., Shiro, Y., Yamada, D., Kubo, M., Odaka, M.
    • Organizer
      令和2年度化学系学協会東北大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Purification of Co-type nitrile hydratase from Pseudonocardia thermophila2020

    • Author(s)
      Nakamoto, K., Sasaki, H., Matsumura, H., Odaka, M.
    • Organizer
      令和2年度化学系学協会東北大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ニトリル加水分解酵素の反応メカニズム解析2020

    • Author(s)
      仲本和義,佐々木春弥,松村洋寿,尾高雅文
    • Organizer
      生物工学若手研究者の集い 第二回オンラインセミナー
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] XFELを用いたNHase触媒反応解析に向けた微結晶の作製と構造解析2020

    • Author(s)
      岩藤秀直、林 英樹、松村洋寿、小川信明、野村高志、當舎武彦、城 宜嗣、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • Organizer
      生物工学若手研究者の集い 第二回オンラインセミナー
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] XFELを用いたNHase触媒反応解析に向けた微結晶の作製と構造解析2020

    • Author(s)
      岩藤秀直、林 英樹、松村洋寿、小川信明、野村高志、當舎武彦、城 宜嗣、野口恵一、養王田正文、尾高雅文
    • Organizer
      酵素工学研究会第82回講演会 2020年08月 - 2020年08月
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] XFELと中性子ビームを用いたニトリルヒドラターゼ触媒反応の遷移状態構造の解明2019

    • Author(s)
      尾高雅文
    • Organizer
      第24回iBIX研究会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] ニトリルヒドラターの中性子構造解析に向けた取り組み2019

    • Author(s)
      辻井啓夢,林 英輝,松村洋寿,野村高志,當舎武彦,玉田太郎,日下勝弘,久保 稔,城 宜嗣,尾高雅文
    • Organizer
      第46回生体分子科学討論会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ニトリルヒドラターゼの時間分解SFX解析と中性子構造解析に向けた取り組み2019

    • Author(s)
      林英輝,辻井啓夢,岩藤秀直,松村洋寿,當舎武彦,野村高志,玉田太郎,日下勝弘,尾高雅文
    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ニトリルヒドラターゼの中性子構造解析に向けた取り組み2019

    • Author(s)
      辻井啓夢,林 英輝,松村洋寿,野村高志,當舎武彦,玉田太郎,日下勝弘,久保 稔,城 宜嗣,尾高雅文
    • Organizer
      第71回日本生物工学会大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] XFELを用いたNHase触媒反応解析に向けた 微結晶の作製と構造解析2019

    • Author(s)
      岩藤秀直,林 英輝,松村洋寿,小川信明,野村高志,當舎武彦,城 宜嗣,野口恵一,養王田正文,尾高雅文
    • Organizer
      酵素工学研究会第82回講演会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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