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Development of novel reactive units that activate on higher-order structures of nucleic acids and their application to highly selective inhibitors

Research Project

Project/Area Number 19H02845
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 37030:Chemical biology-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Onizuka Kazumitsu  東北大学, 多元物質科学研究所, 准教授 (00707961)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥17,290,000 (Direct Cost: ¥13,300,000、Indirect Cost: ¥3,990,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2019: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Keywords核酸修飾 / アルキル化 / 誘起反応性 / G4 / RNA / 大規模解析 / DNA / 高次構造 / G四重鎖 / 核酸化学修飾 / 核酸 / G-四重鎖 / 核酸結合分子 / 核酸高次構造
Outline of Research at the Start

生体夾雑系における核酸高次構造の選択的な化学修飾は、生命現象の制御や解明にとって非常に重要である。一方で、生体夾雑物や標的以外の核酸との副反応の回避は非常に難しい課題である。本研究課題では標的とのみ反応する反応素子の創製を目指し、標的誘起反応性を有する新しい核酸修飾素子を提案する。標的に結合したときにのみ反応性がONになり、標的以外では反応が起こらない(OFF)、スマート反応素子の創製によりこれまでの問題点の克服を狙う。標的とする核酸高次構造は創薬ターゲットになり得るG-四重鎖、T-T/U-UミスマッチおよびRNA高次構造を設定した。新規反応素子の開発と各標的に対する強力な阻害剤開発を目指す。

Outline of Final Research Achievements

In this research, we aimed to create a reactive unit that selectively reacts with the target nucleic acid, and worked on the development of a novel nucleic acid modification unit with target-induced reactivity. As a result, we succeeded in ① discovering an excellent leaving group for target-induced reactivity, ② developing a G-quadruplex (G4) structure-selective reactant, and ③ developing a chemically modified RNA search system. In particular, in ②, we succeeded in developing a parallel G4 structure-selective reactant, and in ③, we succeeded in ranking the reacting RNA easily and on a large scale (1824 types of sequences).

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

開発した反応素子は、核酸との反応点が従来の反応素子とは異なり二本鎖構造の内部に存在する。さらに、標的誘起反応性をキーワードに分子の反応性を巧みに制御することで、目的の核酸構造で活性化し修飾できる選択性の高い分子を開発することに成功した。活性化のシグナルは標的核酸に結合すること、という非常にシンプルかつ新規性の高いものであり、学術的意義は高い。共有結合性薬剤や核酸の構造解析試薬への展開が期待される。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (28 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 2 results) Remarks (3 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Rapid Alkene-Alkene Photo-Cross-Linking on the Base-Flipping-Out Field in Duplex DNA2022

    • Author(s)
      Abdelhady Ahmed Mostafa、Onizuka Kazumitsu、Ishida Kei、Yajima Sayaka、Mano Eriko、Nagatsugi Fumi
    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: 87 Issue: 5 Pages: 2267-2276

    • DOI

      10.1021/acs.joc.1c01498

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selective alkylation of parallel G-quadruplex structure2021

    • Author(s)
      Onizuka Kazumitsu、Ganbold Erchissaran、Ma Yue、Sasaki Shogo、Hazemi Madoka E.、Chen Yutong、Sato Norihiro、Ozawa Mamiko、Nagasawa Kazuo、Nagatsugi Fumi
    • Journal Title

      Organic & Biomolecular Chemistry

      Volume: 19 Issue: 13 Pages: 2891-2894

    • DOI

      10.1039/d0ob02365e

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional G-Quadruplex Binding Molecules2020

    • Author(s)
      Nagatsugi Fumi、Onizuka Kazumitsu
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 49 Issue: 7 Pages: 771-780

    • DOI

      10.1246/cl.200214

    • NAID

      130007872516

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reactive OFF-ON type alkylating agents for higher-ordered structures of nucleic acids2019

    • Author(s)
      Onizuka Kazumitsu、Hazemi Madoka E、Sato Norihiro、Tsuji Gen-ichiro、Ishikawa Shunya、Ozawa Mamiko、Tanno Kousuke、Yamada Ken、Nagatsugi Fumi
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 47 Issue: 13 Pages: 6578-6589

    • DOI

      10.1093/nar/gkz512

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] RNA-蛍光指示薬間相互作用大規模解析情報を用いた疾患関連pre-miRNA結合分子の探索2022

    • Author(s)
      長澤瞭佑、鬼塚和光、小松リチャード馨、宮下映見、小澤眞美子、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
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  • [Presentation] 有機化学的視点からユニークな核酸化学ツールの創製を目指して2021

    • Author(s)
      鬼塚 和光
    • Organizer
      第3回ABC-InFO講演会 「生体適合化学の進歩」インタラクティブフォーラム
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    • Invited
  • [Presentation] Chemical reactions for nucleic acids research2021

    • Author(s)
      Kazumitsu Onizuka
    • Organizer
      Current Topics in Emergent Materials and Devices-Cooperated with Advanced Research Network in Materials and Devices in Japan 5-Star Alliance, CEFMS-NYCU
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNAアルキル化反応の大規模解析技術開発2021

    • Author(s)
      鬼塚和光、小松リチャード馨、石川竣也、Yutong Chen、小嶋かんな、村瀬裕貴、長澤瞭佑、小澤眞美子、宮下映見、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第15回年会
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  • [Presentation] RNA-小分子間化学シグナル大規模解析技術の展開2021

    • Author(s)
      鬼塚和光、小松リチャード馨、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      「化学コミュニケーションのフロンティア」第8回公開シンポジウム
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  • [Presentation] RNA結合性・アルキル化反応性の大規模解析技術開発2021

    • Author(s)
      鬼塚和光、小松リチャード馨、長澤瞭佑、Yutong Chen、宮下映見、石川竣也、小嶋かんな、村瀬裕貴、小澤眞美子、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] Novel reactivity modulable alkylating agents for higher-order structures of nucleic acids2021

    • Author(s)
      Yutong Chen, Kazumitsu Onizuka, Madoka E. Hazemi, Fumi Nagatsugi
    • Organizer
      有機合成化学夏季国際セミナー
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Reactivity modulation of reactive OFF-ON type alkylating reagents for higher-ordered structures of nucleic acids2021

    • Author(s)
      Yutong Chen, Kazumitsu Onizuka, Madoka E. Hazemi, Fumi Nagatsugi
    • Organizer
      ISNAC2021
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      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] RNA-蛍光指示薬間相互作用大規模解析を利用したRNA結合性低分子の探索2021

    • Author(s)
      長澤瞭佑、鬼塚和光、小松リチャード馨、宮下映見、小澤眞美子、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      令和3年度化学系学協会東北大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA標的低分子創薬を目指したRNA-蛍光指示薬間相互作用大規模解析2021

    • Author(s)
      長澤瞭佑、鬼塚和光、小松リチャード馨、宮下映見、小澤眞美子、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] RNAを標的としたアルキル化反応の大規模解析技術開発2021

    • Author(s)
      鬼塚和光、小松リチャード馨、石川竣也、Yutong Chen、小嶋かんな、村瀬裕貴、長澤瞭佑、小澤眞美子、宮下映見、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA結合分子のハイスループット探索に向けたRNA-蛍光指示薬間相互作用大規模解析2021

    • Author(s)
      長澤瞭佑、鬼塚和光、小松リチャード馨、宮下映見、小澤眞美子、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Reactivity modulation of reactive OFF-ON type G4-DNA alkylating reagents2021

    • Author(s)
      Yutong Chen, Kazumitsu Onizuka, Madoka E. Hazemi, Fumi Nagatsugi
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Alkene-alkene photo-cross-linking reaction on the flipping-out field in duplex DNA2021

    • Author(s)
      Ahmed Mostafa Abdelhady, Kazumitsu Onizuka, Sayaka Yajima, Kei Ishida, Eriko Mano, Fumi Nagatsugi
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 標的核酸塩基のフリップアウトを誘起する人工核酸の開発とその機能化2021

    • Author(s)
      佐々木まどか、鬼塚和光、矢島さやか、Ahmed Mostafa Abdelhady、石田圭、永次史
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] RNA 標的創薬を志向したRNA-小分子間相互作用大規模解析技術の開発2021

    • Author(s)
      鬼塚和光、小松リチャード馨、小嶋かんな、村瀬裕貴、石川竣也、小澤眞美子、長澤瞭佑、宮下映見、齊藤博英、永次史
    • Organizer
      日本薬学会第141年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 反応性OFF-ON型核酸高次構造選択的アルキル化剤の開発2019

    • Author(s)
      鬼塚 和光, Madoka E. Hazemi, 石川 竣也, 永次 史
    • Organizer
      第115回有機合成化学シンポジウム
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  • [Presentation] 核酸高次構造選択的アルキル化のための反応性OFF-ON型反応素子の開発2019

    • Author(s)
      鬼塚 和光, Madoka E. Hazemi, 石川 竣也, 永次 史
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第14回年会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of the alkylation reactions to the higher-ordered structures of nucleic acids2019

    • Author(s)
      K. Onizuka, M.E. Hazemi, N. Sato, G. Tsuji, S. Ishikawa, F. Nagatsugi
    • Organizer
      CISNAC 2019
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  • [Presentation] Base-flip-inducing oligo DNA and photo-crosslinking on the flipping-out field2019

    • Author(s)
      K. Onizuka, K. Ishida, S. Yajima, E. Mano, F. Nagatsugi
    • Organizer
      ISNAC 2019
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    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 永次研究室ホームページ

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/nagatsugi/html/index.html

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  • [Remarks] パラレル型グアニン四重鎖の選択的なアルキル化

    • URL

      http://five-star.tagen.tohoku.ac.jp/uploads/pdf/20210216_104704_1613440024.pdf

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  • [Remarks] DNAの特殊構造選択的な化学修飾に成功 反応性OFF-ON型核酸アルキル化剤を開発

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/news_press/20190620/

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  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNAの高次構造解析方法2021

    • Inventor(s)
      小松リチャード馨、宮下映見、鬼塚和光、永次史
    • Industrial Property Rights Holder
      小松リチャード馨、宮下映見、鬼塚和光、永次史
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2021-054713
    • Filing Date
      2021
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      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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