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Development of practical use of useful bacteria by understanding their behavior in the environment

Research Project

Project/Area Number 19H02865
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Nagata Yuji  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (30237531)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 大坪 嘉行  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (40342761)
加藤 広海  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (90727265)
津田 雅孝  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (90172022)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2019: ¥8,320,000 (Direct Cost: ¥6,400,000、Indirect Cost: ¥1,920,000)
Keywords環境細菌 / 極貧栄養環境 / 細菌コミュニティ / バイオレメディエーション / 炭酸固定
Outline of Research at the Start

有用細菌の実環境利用における問題の主因は、細菌の環境での生き様が十分に理解されていないことによる。本研究では、環境汚染物質分解細菌株をモデルとして、極貧栄養条件下での適応・増殖戦略と、当該物質分解コミュニティに共在するが分解能を持たない他細菌株との関係性に着目し、環境細菌の実環境での生き様の理解を深める。さらに、分解細菌の効果を最大限に発揮するための具体的接種方法を提示し、実環境での有用細菌株の効率的利用のための理論的基盤を構築する。

Outline of Final Research Achievements

An organochlorine pesticide gamma-HCH-degrading bacterium, which is a heterotrophic bacterial strain, was found to grow under oligotrophic conditions with CO2 fixation by high expression of the adhX gene encoding an alcohol dehydrogenase. The mechanism of this phenomenon was further inferred using a novel qTn-Seq technology, etc. On the other hand, we found that a non-degrading Cupriavidus strain is the key to the formation of gamma-HCH-degrading bacterial community. We also found a hitchhiking phenomenon in which a mobile Paenibacillus strain expand the habitat of a non-migratory gamma-HCH-degrading bacterial strain, and this phenomenon improves the survivability of a gamma-HCH-degrading bacterial strain in the soil environment.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌株をモデルとして、環境汚染物質分解細菌の低栄養環境下での新奇適応現象を見出すと共に、その機構解明に繋がる知見を得た。また、分解細菌単独よりも、非分解細菌を含むコミュニティの方が長期持続的な分解活性を維持する現象を見出し、その鍵となる細菌株を同定した。これら知見は基礎学問的に新奇な知見であるだけでなく、バイオレメディエーションなどの微生物の実環境利用や、微生物の効率的利用による物質生産などにも応用可能である。

Report

(4 results)
  • 2022 Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (81 results)

All 2023 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 15 results,  Open Access: 11 results) Presentation (66 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Genome evolution related to γ-hexachlorocyclohexane metabolic function in the soil microbial population2022

    • Author(s)
      Kato Hiromi、Su Lijun、Tanaka Ayami、Katsu Honami、Ohtsubo Yoshiyuki、Otsuka Shigeto、Senoo Keishi、Nagata Yuji
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 86 Issue: 6 Pages: 800-809

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac042

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    • Author(s)
      Yang Dailin、Kato Hiromi、Kawatsu Kazutaka、Osada Yutaka、Azuma Toyohiro、Nagata Yuji、Kondoh Michio
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: 10 Issue: 5

    • DOI

      10.1128/spectrum.02748-22

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    • Author(s)
      Ohtsubo Yoshiyuki、Hirose Yuu、Nagata Yuji
    • Journal Title

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      Volume: 86 Issue: 6 Pages: 693-703

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac032

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    • Author(s)
      永田 裕二、加藤 広海、大坪 嘉行
    • Journal Title

      Journal of Environmental Biotechnology

      Volume: 22 Issue: 1 Pages: 9-13

    • DOI

      10.50963/jenvbio.22.1_9

    • ISSN
      1347-1856, 2436-5041
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      Kawamoto Y, Kato H, Nagata Y, and Urabe J
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      Volume: 16 Issue: 2 Pages: e0247220-e0247220

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0247220

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      Marek M, Chaloupkova R, Prudnikova T, Sato Y, Rezacova P, Nagata Y, Smatanova IK, Damborsky J
    • Journal Title

      Computational and Structural Biotechnology Journal

      Volume: 18 Pages: 1352-1362

    • DOI

      10.1016/j.csbj.2020.05.019

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      Miyakoshi Masatoshi、Ohtsubo Yoshiyuki、Nagata Yuji、Tsuda Masataka
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 11 Pages: 1125-1125

    • DOI

      10.3389/fmicb.2020.01125

    • NAID

      120007165442

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      Research in Microbiology

      Volume: 171 Issue: 8 Pages: 319-330

    • DOI

      10.1016/j.resmic.2020.06.005

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      Nagata Y
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    • DOI

      10.3390/microorganisms8040487

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      永田裕二
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      Shinnosuke Inaba, Hironori Sakai, Hiromi Kato, Takayuki Horiuchi, Hirokazu Yano, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, and Yuji Nagata
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: 166 Issue: 6 Pages: 531-545

    • DOI

      10.1099/mic.0.000908

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      Natsumi Ogawa, Hiromi Kato, Kouhei Kishida, Eikichi Ichihashi, Taichiro Ishige, Hirofumi Yoshikawa, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: 印刷中 Issue: 6 Pages: 625-637

    • DOI

      10.1099/mic.0.000801

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      Ohtsubo Yoshiyuki、Sakai Keiichiro、Nagata Yuji、Tsuda Masataka
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 2 Issue: 1 Pages: 409-409

    • DOI

      10.1038/s42003-019-0660-7

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    • Author(s)
      Kishida Kouhei、Nonoyama Shouta、Lukas Tim、Kawahara Shotaro、Kudo Koji、Nagata Yuji、Ohtsubo Yoshiyuki、Tsuda Masataka
    • Journal Title

      Applied and Environmental Microbiology

      Volume: 85 Issue: 24

    • DOI

      10.1128/aem.01850-19

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      Nagata Yuji、Kato Hiromi、Ohtsubo Yoshiyuki、Tsuda Masataka
    • Journal Title

      Environmental Microbiology Reports

      Volume: 11 Issue: 5 Pages: 630-644

    • DOI

      10.1111/1758-2229.12762

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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