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Cultivation of unculitivated microorgasnisms and clarification of growth controling mechanisms by focusing on microbial interactions

Research Project

Project/Area Number 19H02873
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

Aoi Yoshiteru  広島大学, 統合生命科学研究科(先), 准教授 (40386636)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 金田一 智規  広島大学, 先進理工系科学研究科(工), 准教授 (10379901)
中尾 洋一  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (60282696)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2019: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Keywords微生物間相互作用 / 分離・培養 / 難培養性微生物 / 未培養微生物 / ナノ・マイクロ成型技術 / 微小ゲル粒子 / 休眠・覚醒 / GMD培養 / 増殖誘導 / 分離培養 / 増殖開始因子 / 実環境中での培養
Outline of Research at the Start

環境中のほとんどの微生物は培養困難であることが知られており、環境微生物の理解や利用の重大な妨げとなっている。なぜ培養困難なのか?もし普遍的な理由が存在し、そのメカニズムを解明できれば、現状では有効技術のない難培養性の未知微生物を培養化するための画期的な新戦略を導き出せる。しかし「培養できない理由」は全く解明されていない。そこで本研究では、1)微生物間相互作用を促進する革新的な培養手法を確立し、2)新規手法を用いて難培養性微生物を網羅的に獲得、3)それらを用いて多くの難培養性微生物の増殖を制御する微生物間相互作用(未知増殖制御メカニズム)を発見し解明することを目的とする。

Outline of Final Research Achievements

Over 99% of microorganisms in environment remain uncultured. However, very few attempts have been carried out for development of new microbial cultivation technology, and reason why most microorganisms resist cultivation has not been clarified so far. The objective of the study is to establish and apply new cultivation methods based on a new concept, and to discover previously unknown mechanism controlling growth of uncultivated microorganisms. In this study, first, we successfully applied several new cultivation methods to environmental sample for isolating bacteria. Methods are in situ cultivation, a fully automated microbial cultivation method, and Gel-Micro-Droplet (GMD)-aggregate cultivation (a new microbial cultivation platform providing extremely high inoculum cell density). Second, through testing isolates from above methods, it was shown that the microbial interactions clearly affect their growth.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

環境中の微生物の99%以上は未だ培養できない。このため、環境微生物の正しい理解に基づく「制御」や「バイオリソースとしての開拓」は、幅広い分野における重要課題であるにも関わらず, そのほとんどが未解明・未利用のまま残されている。一方で、従来法に替わる分離培養手法はほとんど登場していない、また培養できない理由やメカニズムについてもほとんど解明されていない。したがって本研究で明らかになった、新しいコンセプトに基づく新規分離培養手法の有効性や微生物間相互作用の重要性は、「環境微生物から得られる情報の質,量」,さらに「バイオリソースとしての可能性」を向上させるブレークスルーになると考えられる。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2021 2020 2019

All Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results)

  • [Presentation] Linking uncultivability of Nitrospira to their environmental adaptation2021

    • Author(s)
      Shingo Sadahiro, Atsushi Tamura, Chiho Murakami, Setsu Kato, Yutaka Nakashimada, Tomonori Kindaichi, Akiyoshi ohashi, Yoshiteru Aoi
    • Organizer
      International Conference on Nitrification 2021 - ICoN7
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 難培養性微生物とは何か?どうしたら培養できるのか?2021

    • Author(s)
      青井 議輝,Jung Dawoon, 町田光史、中尾洋一
    • Organizer
      日本生物工学会第73回大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 微生物間相互作用の促進は未培養微生物の培養化の鍵となるか?2021

    • Author(s)
      鈴木陸太,Eunyoung Seo,加藤節,中島田豊,青井議輝
    • Organizer
      日本微生物生態学会 第34回大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの環境適応戦略から難培養性の本質に迫る2021

    • Author(s)
      定廣 晋吾, 田村 淳, 村上 千穂, 加藤 節, 中島田 豊, 金田一 智規, 大橋 晶良, 青井 議輝
    • Organizer
      日本微生物生態学会 第34回大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Nitrospiraの生残戦略から難培養性の本質を紐解く2021

    • Author(s)
      定廣 晋吾, 田村 淳, 村上 千穂, 加藤 節, 中島田 豊, 金田一 智規, 大橋 晶良, 青井 議輝
    • Organizer
      第24回日本水環境学会シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] なぜ培養困難なのか?Nitrospiraの生存戦略と難培養性の関係性を解き明かす2021

    • Author(s)
      定廣 晋吾、田村 淳、村上 千穂、加藤 節、中島田 豊、金田一 智規、大橋 晶良、青井 議輝
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度京都大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ゲル微粒子の凝集培養を用いた難培養性細菌の単離方法の構築2021

    • Author(s)
      下村 有美、鈴木 陸太、Martinez Joval 、中島田 豊、加藤 節、青井 議輝
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度京都大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 増殖の開始を制御する微生物間相互作用ー環境中の微生物コミュニティが織りなす増殖制御ネットワーク2021

    • Author(s)
      鈴木陸太
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度仙台大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 分離培養手法の革新に向けて:さみしがり屋だけど人込みは嫌い2021

    • Author(s)
      青井議輝
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度仙台大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 増殖の開始を制御する微生物間相互作用:環境中の微生物コミュニティにおける増殖制御ネットワーク2020

    • Author(s)
      鈴木陸太
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度 中四国支部大会(第57回講演会)
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 固体培地上でコロニーを形成しない微生物の選択的獲得:未培養微生物への効率的アクセス2019

    • Author(s)
      馬場 啓彰, Jung Dawoon, 加藤 節, 中島田 豊, 青井 議輝
    • Organizer
      第71回日本生物工学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 微生物間相互作用の促進は増殖の開始を誘導する:難培養性微生物の獲得に向けた新しいアプローチ2019

    • Author(s)
      杉山 周, Eun Young, 鈴木 陸太, 加藤 節, 中島田 豊, 大橋 晶良, 金田一 智規, 青井 議輝
    • Organizer
      第71回日本生物工学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 微生物ダークマターへのアクセス:培養手法の革新と未知増殖制御メカニズムの解明2019

    • Author(s)
      青井 議輝
    • Organizer
      第71回日本生物工学会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 難培養微生物とは何か?環境中における未知増殖制御ネットワークを解き明かす2019

    • Author(s)
      鈴木陸太、杉山周、Eunyoung Seo、加藤節、中島田豊、青井議輝
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] なぜ多くの微生物は培養困難なのか?2019

    • Author(s)
      青井 議輝
    • Organizer
      第65回日本放線菌学会学術講演会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Invited

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-12-25  

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