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A novel genome engineering technology to create a huge number of genomic diversity by splitting chromosomes and applicataion to breeding in yeast

Research Project

Project/Area Number 19H02878
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionSojo University

Principal Investigator

HARASHIMA Satoshi  崇城大学, 生物生命学部, 教授 (70116086)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 笹野 佑  崇城大学, 生物生命学部, 教授 (90640194)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥17,030,000 (Direct Cost: ¥13,100,000、Indirect Cost: ¥3,930,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2019: ¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Keywords酵母 / ゲノムの再編成技術 / 人工ゲノム / ゲノム工学 / 染色体工学 / ゲノム編集 / 出芽酵母 / ゲノムの再編成 / 染色体複数部位の同時操作 / 複数ガイドRNAの同時発現 / 同時操作 / PCR / ゲノム干渉 / ゲノムの多様性 / 染色体複数部位の同時分断 / 染色体複数領域の同時部分重複 / 染色体複数領域の同時欠失 / ゲノムの多様性創出 / 人口ゲノム / 育種
Outline of Research at the Start

目的の有用物質の生産に最適なゲノム(”ベストゲノム”と呼ぶ)を自在に創製する技術の開発は育種工学者の夢である。しかしベストゲノムを設計できる知見が十分でない現在、可能な戦略のひとつは、既存のゲノムを持つ生物から出発して天文学的な種類のゲノム組成を持つ細胞集団を誘導し、それから目的生産物の生産に最適なベストゲノムを持つ細胞をスクリーニングすることであろう。もしこうした戦略を取るのであれば、ゲノムの多様性を創出できる技術開発が不可欠である。本研究では、酵母を材料として、この目的を実現する「ゲノムの再編成技術」を開発し、これまで分離されたことのない種々の変異株を分離できる新規育種技術を確立する。

Outline of Final Research Achievements

We have developed a novel breeding method called "Genome Reorganization Technology" in yeast. The technology consists of creation of master strain harboring a variety of artificial chromosomes by splitting natural chromosome. For example, twenty split chromosomes have a potential to generate one million kinds of genomic diversity by combinatorics. Based upon this idea, we have developed efficient chromosome splitting method which enables simultaneous splitting of multiple chromosomal sites by a single transformation. Master strain thus constructed was cultivated in the presence of reagent accelerating chromosome non-disjunction under a variety of conditions depending upon the purposes. Then, desired mutant was screened through random loss of split chromosomes during mitotic growth. We believe that this novel technology could be a useful tool kit to obtain unprecedented mutants which have never been isolated in previous study.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

どのような生物を対象としても、今後のゲノム操作、特に「合成生物工学」では、1回の形質転換操作で、多数の遺伝子を同時に、しかも効率よく操作・改変できる技術が重要になってくるであろう。本研究で開発を試みた「ゲノムの再編成技術」は、酵母を対象としたものではあるが、そのプロトタイプであると考えている。また「ゲノムの再編成技術」の中心的な要素技術である染色体の分断技術の効率化は、染色体任意領域の欠失や重複、置換の効率化をも同時に可能とする。さらに、生産効率が非常に高い細胞が持つゲノムの解析によって、将来ベストゲノムを合理的に設計できる理論を確立するための有用な知見が得られることも期待できる。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 7 results) Presentation (7 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] PCR-mediated One-day Synthesis of Guide RNA for the CRISPR/Cas9 System.2022

    • Author(s)
      Hassan N, Easmin F, Ekino K, Harashima S.
    • Journal Title

      Bio Protocol

      Volume: 11 Issue: 13

    • DOI

      10.21769/bioprotoc.4082

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 酵母における染色体任意領域の欠失・置換ゲノム工学技術:CRISPR-PCDおよびCRISPR-PCRepの開発2021

    • Author(s)
      笹野 佑、浴野圭輔、田口久貴、原島 俊
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 100 Pages: 76-76

    • NAID

      130008163652

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  • [Journal Article] 醸造酵母の非接合性から"超"高次倍数体酵母の育種技術へ2021

    • Author(s)
      原島 俊
    • Journal Title

      日本醸造協会誌

      Volume: 116 Pages: 727-727

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      2021 Annual Research Report
  • [Journal Article] 出芽酵母において"超" 高次倍数体の育種はどこまで可能か2021

    • Author(s)
      廣田冴香、浴野圭輔、原島 俊
    • Journal Title

      アグリバイオ

      Volume: 4 Pages: 49-52

    • NAID

      40022574197

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  • [Journal Article] CRISPR-PCDup: a novel approach for simultaneous segmental chromosomal duplication in Saccharomyces cerevisiae2020

    • Author(s)
      Hassan Naim、Sasano Yu、Kimura Shunta、Easmin Farhana、Ekino Keisuke、Taguchi Hisataka、Harashima Satoshi
    • Journal Title

      AMB Express

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 27-27

    • DOI

      10.1186/s13568-020-0957-4

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Systematic approach for assessing whether undeletable chromosomal regions in Saccharomyces cerevisiae are required for cell viability.2020

    • Author(s)
      Hassan N, Easmin F, Sasano Y, Ekino K, Taguchi H, Harashima S.
    • Journal Title

      AMB Express

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 73-73

    • DOI

      10.1186/s13568-020-01001-x

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 出芽酵母における染色体工学の最先端と応用2020

    • Author(s)
      笹野 佑、原島 俊
    • Journal Title

      アグリバイオ

      Volume: 10 Pages: 41-44

    • NAID

      40022636814

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  • [Journal Article] 出芽酵母における染色体工学の最先端と応用2020

    • Author(s)
      笹野 佑、原島 俊
    • Journal Title

      細胞

      Volume: 7 Pages: 53-57

    • NAID

      40022636814

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  • [Journal Article] CRISPR-PCD and CRISPR-PCRep: Two novel technologies for simultaneous multiple segmental chromosomal deletion/replacement in Saccharomyces cerevisiae2020

    • Author(s)
      Easmin Farhana、Sasano Yu、Kimura Shunta、Hassan Naim、Ekino Keisuke、Taguchi Hisataka、Harashima Satoshi
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 129 Issue: 2 Pages: 129-139

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2019.08.004

    • NAID

      40022159677

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  • [Journal Article] CRISPR-PCDup: a novel approach for simultaneous segmental chromosomal duplication in Saccharomyces cerevisiae.2020

    • Author(s)
      Hassan N, Sasano Y, Kimura S, Easmin F, Ekino K, Taguchi H, Harashima S.
    • Journal Title

      AMB Express.

      Volume: 10

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      2019 Annual Research Report
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  • [Journal Article] gRNA-transient expression system for simplified gRNA delivery in CRISPR/Cas9 genome editing.2019

    • Author(s)
      Easmin F, Hassan N, Sasano Y, Ekino K, Taguchi H, Harashima S.
    • Journal Title

      J Biosci Bioeng

      Volume: 印刷中 Issue: 3 Pages: 373-378

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2019.02.009

    • NAID

      40022010876

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      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] キシロース発酵性酵母 Spathaspora passalidarum における遺伝子破壊法の確立2021

    • Author(s)
      豊留 あいり、 山城 裕孝、 笹野 佑、 田口久貴
    • Organizer
      日本生物工学会第73回大会
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  • [Presentation] 酵母の染色体異数性が清酒醸造に与える影響と酵母育種への応用2019

    • Author(s)
      堀田夏紀、小高裕貴、野口英樹、松村憲吾、杉山峰崇、笹野 佑、原島 俊、秦 洋二
    • Organizer
      日本生物工学会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 酵母の染色体異数性が清酒醸造に与える影響2019

    • Author(s)
      堀田夏紀、小高裕貴、野口英樹、松村憲吾、杉山峰崇、笹野 佑、原島 俊、秦 洋二、石田博樹
    • Organizer
      日本農芸化学会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Spathaspora passalidarum 由来キシロース還元酵素を発現するSaccharomyces cerevisiae2019

    • Author(s)
      立山陽子、藤井菜穂、笹野 佑、田口久貴
    • Organizer
      第26回日本生物工学会九州支部大会
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  • [Presentation] 複数染色体領域の欠失による発酵阻害物質耐性出芽酵母菌株の育種2019

    • Author(s)
      豊留あいり、高田和真、高木佑希子、笹野 佑、田口久貴
    • Organizer
      第26回日本生物工学会九州支部大会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 出芽酵母における任意領域の選書k受胎外環状DNA化技術の開発2019

    • Author(s)
      生田宗一郎、久冨 歩、笹野 佑、田口久貴
    • Organizer
      第71回 日本生物工学会大会
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  • [Presentation] 嫌気環境での高効率キシロース発酵に向けたSpathaspora 属酵母のキシロース代謝2019

    • Author(s)
      笹野 佑
    • Organizer
      公益財団法人発酵研究所 第13回女性研究報告会
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  • [Book] 遺伝学の百科事典2022

    • Author(s)
      原島 俊 他120名
    • Total Pages
      690
    • Publisher
      丸善出版
    • ISBN
      9784621306604
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      2021 Annual Research Report
  • [Remarks] 崇城大学 研究業績データベース

    • URL

      http://rsrch.ofc.sojo-u.ac.jp/sjuhp/KgApp?resId=S000280

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      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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