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Molecular Mechanisms of D-Amino Acid Signaling: Elucidation and Development

Research Project

Project/Area Number 19H02882
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Yoshimura Tohru  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (70182821)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 加藤 志郎  香川大学, 農学部, 准教授 (50547023)
中川 智行  岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (70318179)
北浦 靖之  名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (90442954)
笠嶋 めぐみ  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門, 上級研究員 (90458290)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥17,030,000 (Direct Cost: ¥13,100,000、Indirect Cost: ¥3,930,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2019: ¥6,890,000 (Direct Cost: ¥5,300,000、Indirect Cost: ¥1,590,000)
KeywordsD-セリン / セリンラセマーゼ / D-セリンデヒドラターゼ / D-アミノ酸 / 筋委縮性側索硬化症 / D-アミノ酸N-アセチルトランスフェラーゼ / カイコ / ALS / D-アミノ酸N-アセチルトランスフェラーゼ / 酵素 / バイオマーカー / D-アミノ酸生合成酵素 / D-セリン / 反応機構 / 腎疾患
Outline of Research at the Start

D-アミノ酸は哺乳動物にも広く存在し、シグナル分子として多様な生理機能を担う。例えば D-セリンはN-メチルD-アスパラギン酸レセプターのコアゴニストとして記憶や学習など脳の高次機能に関わる。D-アスパラギン酸は神経伝達や生殖に関係する可能性がある。本研究では未だ十全ではないD-アミノ酸のシグナル機能の分子レベルで解明を目指すとともに、D-アミノ酸を腎臓病の病態診断や筋萎縮性側索硬化症(ALS)の進行抑制へ応用する。さらに現在不分明のD-Asp合成酵素などの解明のためのツールとなる新奇D-アミノ酸生合成酵素遺伝子のファンクショナルスクリーニング系を開発する。

Outline of Final Research Achievements

We demonstrated that (1) serine racemase (SerR) catalyzes the dehydration of D-Ser without its racemization, (2) the PLP-binding lysine residue of mouse SerR was reacted with the substrate and converted to lysinoalanine, resulting in an increase in D-Ser dehydratase activity, and (3) administration of yeast D-serine dehydratase modified with polyethylene glycol reduces D-Ser levels in the spinal cord and blood of mice. We also attained that (4) identification of the gene for silkworm SerR and its enzymatic properties, (5) elucidation of the mechanism of Ser racemization by D-amino acid transaminase, (6) establishment of a functional screening method for D-amino acid biosynthetic enzyme genes, and (7) elucidation of the reaction mechanism of D-amino acid N-acetyltransferase.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

D-Serは哺乳類脳内で脳の高次機能に関わるN-メチルーD-アスパラギン酸レセプターのコアゴニストとして機能する。従って脳内D-Serの消長は記憶や学習の他、統合失調症や筋萎縮性側索硬化症(ALS)などの神経疾患と関連する。そのためD-Serの生合成を担うセリンラセマーゼ(SerR)は神経疾患に対する創薬の標的であり、SerRの構造機能相関の解明は喫緊の課題である。本研究の成果はSRの構造機能相関解明の一助をなす。また本研究ではマウスへのD-Serデヒドラターゼ投与により脊髄D-Ser濃度の低減を得たが、これは進行とともに脊髄でのD-Ser濃度が上昇するALSの病態解明に資するものである。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Mechanism of pyridoxine 5'-phosphate accumulation in pyridoxal 5'-phosohate-binding protein-deficiency2022

    • Author(s)
      Ito, T., Ogawa, H., Hemmi, H., Downs, D. M., & Yoshimura, T.
    • Journal Title

      Jornal of Bacteriology

      Volume: 204 Issue: 3

    • DOI

      10.1128/jb.00521-21

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Urinary L-erythro-β-hydroxyasparagine - a novel serine racemase inhibitor and substrate of the Zn2+-dependent D-serine dehydratase2021

    • Author(s)
      Ito T., Tono M., Kitaura Y., Hemmi H., Yoshimura T
    • Journal Title

      Bioscience Reports

      Volume: 41 Issue: 4

    • DOI

      10.1042/bsr20210260

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enzymatic determination of D-alanine with L-alanine dehydrogenase and alanine racemase2021

    • Author(s)
      Ashida, H., Sawa, Y., & Yoshimura, T.
    • Journal Title

      Bioscience, biotechnology, and biochemistry

      Volume: 85 Issue: 11 Pages: 2221-2223

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab148

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolution and properties of alanine racemase from Synechocystis sp. PCC6803.2021

    • Author(s)
      Ashida, H., Murakami, K., Inagaki, K., Sawa, Y., Hemmi, H., Iwasaki, Y. Yoshimura, T.
    • Journal Title

      Journal of Biochemistry

      Volume: mvab155 Issue: 4 Pages: 421-428

    • DOI

      10.1093/jb/mvab155

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inhibition of glycine cleavage system by pyridoxine 5′‐phosphate causes synthetic lethality in glyA yggS and serA yggS in Escherichia coli2020

    • Author(s)
      Ito Tomokazu、Hori Ran、Hemmi Hisashi、Downs Diana M.、Yoshimura Tohru
    • Journal Title

      Molecular Microbiology

      Volume: 113 Issue: 1 Pages: 270-284

    • DOI

      10.1111/mmi.14415

    • NAID

      120006812139

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mechanism of eukaryotic serine racemase-catalyzed serine dehydration2020

    • Author(s)
      Ito Tomokazu、Matsuoka Mai、Goto Masaru、Watanabe Soichiro、Mizobuchi Taichi、Matsushita Kazuma、Nasu Ryoma、Hemmi Hisashi、Yoshimura Tohru
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

      Volume: 1868 Issue: 9 Pages: 140460-140460

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2020.140460

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conserved Pyridoxal 5'-Phosphate Binding Protein YggS Impacts Amino Acid Metabolism through Pyridoxine 5'-Phosphate in Escherichia coli.2019

    • Author(s)
      Ito T, Yamamoto K, Hori R, Yamauchi A, Downs DM, Hemmi H, Yoshimura T.
    • Journal Title

      Appl Environ Microbiol.

      Volume: 11 Issue: 11

    • DOI

      10.1128/aem.00430-19

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] D-アミノ酸代謝関連酵素:その分子基盤と機能開発2021

    • Author(s)
      吉村徹
    • Organizer
      日本農芸化学会 中部支部 第 190 回例会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 酵素自殺基質反応様修飾によるマウスセリンラセマーゼの D-セリンデヒドラタ ーゼへの変換2021

    • Author(s)
      浜谷朱梨 、吉村 徹 、伊藤智和、小川拓哉 、栗原達夫、邊見 久
    • Organizer
      第16回D-アミノ酸学会学術講演会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] カイコセリンラセマーゼの同定と酵素学的性質の解析2021

    • Author(s)
      田中 優衣、伊藤 智和、邊見 久、吉村 徹
    • Organizer
      第16回D-アミノ酸学会学術講演会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Escherichia coliにおけるビタミンB6脱リン酸化酵素の同定2021

    • Author(s)
      松尾ひなの、伊藤智和、邊見久、吉村徹
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] PEG 修飾 D-セリンデヒドラターゼ腹腔内投与のマウス血中および脊髄中 D-セリ ン濃度への影響2021

    • Author(s)
      廣瀬 優太 、北浦 靖之、伊藤 智和 、森寿 、邊見 久 、吉村 徹
    • Organizer
      第16回D-アミノ酸学会学術講演会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 哺乳類のPLレダクターゼ同定に向けた取り組み2021

    • Author(s)
      西山尚来、伊藤智和、邊見久、吉村徹
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] D-アミノ酸生産酵素の新規in vivoスクリーニング法2020

    • Author(s)
      伊藤智和、吉村徹
    • Organizer
      日本分生生物学会2020年度大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] YggS/PROSCタンパク質ファミリーによるビタミンB6の恒常性維持機構2020

    • Author(s)
      小河ほのか、伊藤智和、邊見久、吉村徹
    • Organizer
      日本ビタミン学会第72回大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] PEG 修飾D-セリンデヒドラターゼの投与によるALSモデルマウスの D-セリン動態制御の試み2020

    • Author(s)
      廣瀬優太、北浦靖之、渡邊征爾、山中宏二、伊藤智和、邊見久、吉村徹
    • Organizer
      日本ビタミン学会第72回大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] A cell-based screening system for the identification of D-amino acid-metabolizing enzymes2020

    • Author(s)
      Ryoma Masu, Kitty Sompiyachoke, Tomokazu Ito, Natsumi Muto, Hisashi Hemmi, Tohru Yoshimura
    • Organizer
      日本ビタミン学会第72回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] D-SERINE METABOLISM AND ITS IMPLICATION OF DEVELOPMENT OF DYCTYOSTELIUM DISCOIDEUM2019

    • Author(s)
      Tohru YOSHIMURA,Tomokazu ITO, Natsuki HAMAUCHI,Taisuke HAGI,Naoya MOROHASHI, Hisashi HEMM,Yukie G. SATO,Tamao SAITO
    • Organizer
      The 4th International Conference of D-Amino Acid Research
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] YggS/PROSCタンパク質ファミリーによるビタミンB6恒常性維持機構2019

    • Author(s)
      小河 ほのか,伊藤智和,邊見 久,吉村 徹
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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