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Elucidation of the regulatory mechanism of phase separation for transcliption by developing a correlative analysis method of nano-scale localization and dynamics

Research Project

Project/Area Number 19H03192
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

Tokunaga Makio  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (00192659)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2019: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Keywords生物物理 / バイオイメージング / 超解像顕微鏡 / 1分子イメージング / 生体分子計測 / ナノ定量解析 / 生細胞分子動態 / 生体分子機能 / 細胞情報・動態 / 超解像イメージング / 1分子イメージング軌跡追跡 / 移動部分軌跡解析法 / 動態・局在ナノ相関解析 / 液相分離
Outline of Research at the Start

超解像顕微鏡法と1分子イメージングの同時観察から得られる、10ナノメートルオーダーの局在・分子動態・分子間相互作用の定量データ群を、相関解析し統合的に関連付ける新しい方法として、“動態・局在ナノ相関解析法”を開拓する。
申請者らが開発した、1分子蛍光イメージングを用いた“移動部分軌跡解析法”は、分子動態と分子間相互作用を時間・空間の関数として定量することを可能にした。生細胞の高速超解像顕微鏡法等の独自技術を融合発展させ、従来に無い新しい種類の情報をもたらす。
ナノ相関解析法は、近年注目を集める液相分離研究に強力な新手法を提供する。遺伝子発現制御に適用し、液相の観点から新たな概念を創出する。

Outline of Final Research Achievements

We have pioneered a methodology for integrating and correlating quantitative data on molecular localization, molecular dynamics, and molecular interactions. We have developed a fluorescence microscope that enables simultaneous observation of super-resolution and single-molecule imaging in living cells, improving the accuracy in microscopy by modifying previous techniques. In both single-molecule imaging analysis and super-resolution analysis, various quantitative methods were introduced in addition to improvements of previously developed methods. They led to enable acquisition of many kinds of quantitative data. Using them, we have correlatively analyzed multicolor images of nano-localization, single-molecule imaging, and images of functional regions. Applying this method, we have characterized the features of transcriptional complexes, nucleolus, and heterochromatin from the viewpoint of liquid-liquid phase separation. Our method opens a new way to elucidate molecular functions.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

生体分子の機能を明らかし、生命の働きの分子機構を解明することは、生命現象を分子レベルで理解するために必須である。この理解は、健康な生活や疾病の予防・治療へとつながる。現在、遺伝子やタンパク質などの配列情報や、生体分子の原子座標レベルでの立体構造は、格段の技術的進歩により大きく解明されている。しかし、実際に生きている細胞の中で、どのように分子が動き、他分子と相互作用し、生命機能を実現しているのかという、動的な状態と機能との関係は、未解明の点が多く残されている。本研究の成果は、この問題解決に新たな手法を提示し、分子機能と機構の解明に飛躍知をもたらす礎となり、生命科学全般への波及効果が期待できる。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (28 results)

All 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 4 results) Presentation (22 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe.2022

    • Author(s)
      Uchino S, Ito Y, Sato Y, Handa T, Ohkawa Y, Tokunaga M, Kimura H.
    • Journal Title

      J Cell Biol.

      Volume: 221 Issue: 2 Pages: 1-23

    • DOI

      10.1083/jcb.202104134

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly2022

    • Author(s)
      Matsumori Haruka、Watanabe Kenji、Tachiwana Hiroaki、Fujita Tomoko、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Sakata-Sogawa Kumiko、Osakada Hiroko、Haraguchi Tokuko、Awazu Akinori、Ochiai Hiroshi、Sakata Yuka、Ochiai Koji、Toki Tsutomu、Ito Etsuro、Goldberg Ilya G、Tokunaga Kazuaki、Nakao Mitsuyoshi、Saitoh Noriko
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 5 Issue: 7 Pages: 1-18

    • DOI

      10.26508/lsa.202101045

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Visualizing looping of two endogenous genomic loci using synthetic zinc‐finger proteins with anti‐FLAG and anti‐HA frankenbodies in living cells2021

    • Author(s)
      Liu Yang、Zhao Ning、Kanemaki Masato T.、Yamamoto Yotaro、Sadamura Yoshifusa、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Stasevich Timothy J.、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 26 Issue: 11 Pages: 905-926

    • DOI

      10.1111/gtc.12893

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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Visualizing transcription sites in living cells using a genetically encoded probe specific for the elongating form of RNA polymerase II2021

    • Author(s)
      Uchino Satoshi、Ito Yuma、Sato Yuko、Handa Tetsuya、Ohkawa Yasuyuki、Tokunaga Makio、Kimura Hitoshi
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: 441582-441582

    • DOI

      10.1101/2021.04.27.441582

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    • Open Access
  • [Presentation] Live imaging of the initiation and elongation forms of RNA polymerase II using phosphorylation-specific probes2022

    • Author(s)
      Satoshi Uchino, Yuma Ito, Jessica Dai, Yuko Sato, Tetsuya Handa, Yasuyuki Ohkawa, Makio Tokunaga, Hiroshi Kimura
    • Organizer
      The 30th Hot Spring Harbor International Symposium
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      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Simultaneous single molecule imaging of RNA polymerase II dynamics and chromatin nanostructures in living cells2022

    • Author(s)
      Ito Y, Tokunaga M
    • Organizer
      66th Biophysical Society Annual Meeting
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Single-molecule imaging analysis of RNA-dependent dynamics of phase-separated nucleolar protens in living cells2021

    • Author(s)
      伊藤 由馬, Sirisukhodom Supanut, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Single-molecule super-resolution analysis for nano-scale interaction between RNA polymeraseII and chromatin2021

    • Author(s)
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Structural changes in heterochromatin involved in cell cycle using single-molecule and super-resolution imaging2021

    • Author(s)
      中野 真徳, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-molecule analysis of state-specific histone mobility in chromatin subcompartments with different epigenetic modifications2021

    • Author(s)
      廣瀬 仁教, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] A simulation study to evaluate improvement of three-dimensional localization precision of single molecule images using adaptive optics2021

    • Author(s)
      周 翔, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] 生細胞プローブを用いた不活性化X染色体動態と転写制御の解析2021

    • Author(s)
      佐藤 優子, 内野 哲志, 堀 真弥子, 伊藤 由馬, 前原 一満, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] RPL5 maintains spatial organization of the ribosomal DNA arrays through regulation of biophysical properties of the nucleolus2021

    • Author(s)
      斉藤 典子, 松森 はるか, 渡邉 健司, 立和名 博昭, 伊藤 由馬, 十川 久美子, 徳永 万喜洋, 粟津 暁紀, 中尾光善
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 転写伸長型RNAポリメラーゼII可視化プローブによる生細胞内における 転 写伸長部位の観察2021

    • Author(s)
      内野 哲志, 伊藤 由馬, Jessica Dai, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] リン酸化型RNAポリメラーゼII可視化プローブによる転写部位の生細胞観察2021

    • Author(s)
      内野 哲志, 伊藤 由馬, 佐藤 優子, 半田 哲也, 大川 恭行, 徳永 万喜洋, 木村 宏
    • Organizer
      第39回染色体ワークショップ・第20回核ダイナミクス研究会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 多色1分子イメージングによる免疫細胞活性化における中心体移動とマイクロクラスター形成の機構2020

    • Author(s)
      徳永 万喜洋
    • Organizer
      HiHA Webセミナー
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      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Quantification of dynamics and kinetics using single-molecule and super-resolution imaging in living cells2020

    • Author(s)
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Nano-scale localization analysis of histone variants in living cells using single-molecule super-resolution imaging2020

    • Author(s)
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Dynamics of Heterochromatin protein 1α inside and outside chromocenter domain in living cells using single-molecule imaging2020

    • Author(s)
      中野 真徳, 伊藤 由馬, 前田 高宏, 小布施 力史, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Light field simulation of single-molecule imaging for aberration correction using adaptive optics2020

    • Author(s)
      周 翔, 伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Multicolor single-molecule imaging analysis of the nucleolar proteins2020

    • Author(s)
      Sirisukhodom Supanut, 伊藤 由馬, 斉藤 典子, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-molecule super-resolution imaging of chromatin proteins for quantification of nanoscale dynamics and localization2019

    • Author(s)
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学大会 合同年次大会
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      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] A single-molecule localization approach to quantify the interaction between transcriptional machinery and chromatin structure2019

    • Author(s)
      伊藤 由馬, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
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    • Invited
  • [Presentation] Molecular localization and dynamics of Mediator regulating transcription elongation using single-molecule and super-resolution microscopy2019

    • Author(s)
      伊藤 由馬, 國見 慎之介, 高橋 秀尚, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
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      2019 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule dynamics and localization of nucleolar proteins in phase-separated compartments of nucleolus2019

    • Author(s)
      Sirisukhodom Supanut, 松本 大輝, 伊藤 由馬, 斉藤 典子, 十川 久美子, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Dynamics and localization of Heterochromatin protein 1α involved in phase separation using single-molecule and super-resolution imaging2019

    • Author(s)
      前田 高宏, 伊藤 由馬, 磯部 真也, 小布施 力史, 徳永 万喜洋
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
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  • [Remarks] 東京工業大学 生命理工学院 徳永研究室

    • URL

      http://www.toku.bio.titech.ac.jp/

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  • [Remarks] 東京工業大学 生命理工学研究科 生命情報専攻 徳永・十川研究室

    • URL

      http://www.toku.bio.titech.ac.jp/

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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