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Mathematical study for homeostasis in living systems based on network structure

Research Project

Project/Area Number 19H03196
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Mochizuki Atsushi  京都大学, 医生物学研究所, 教授 (10304726)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 青木 一洋  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 教授 (80511427)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2019: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Keywords反応ネットワーク / 制御ネットワーク / 数理理論 / 構造感度解析 / 構造分岐解析 / 細胞周期 / 恒常性 / ネットワーク / 感度解析 / 分岐解析 / チェックポイント制御 / ダイナミクス / 数理解析 / 構造理論 / 数理生物学
Outline of Research at the Start

多数の化学反応からなる複雑なネットワークのダイナミクスから、細胞の生理機能が生まれ、酵素の量や活性が制御されることで、恒常性などの生体調節機能が実現されると考えられる。複雑なシステムの理論解析の難しさから、生理機能や調節機能が生まれる機構はこれまで充分に理解されてこなかった。本研究では申請者らが開発した新しい数理理論によりこれらの問題を解決し、実際の生命システムにおいて恒常性が生まれる原理や破たんする機構の解明を目指す。恒常性やその破綻が起こる条件をネットワークレベルで決定し、未知の反応の存在などの予測を導く。実験生物学者と共同研究し、予測検証的に生命システムの恒常性の原理を解明する。

Outline of Final Research Achievements

It is thought that physiological functions of cells emerge from the dynamics of complex networks consisting of numerous chemical reactions, and that biological regulatory functions such as homeostasis are realized by regulation of the amount and activity of enzymes. Due to the difficulty of theoretical analysis of complex systems, the mechanisms that give rise to physiological and regulatory functions have not been fully understood. In this study, we aim to solve these problems using a new mathematical theory developed by our group, and to elucidate the principle of homeostasis and the mechanism of its breakdown in actual living systems. The theory we have developed will help to determine and predict the conditions under which homeostasis and its breakdown occur at the network level. We will collaborate with experimental biologists to study the principles of homeostasis in living systems through prediction and validation.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、ネットワーク構造だけからダイナミクスの振る舞いの解析を可能とする新しい理論を用いて、具体的な生命システムを数理的に解析し、恒常性が生まれる原理やそれが破たんする機構を解明する。これらの理論は以下の特徴を備えている。(i) 反応速度関数の形を仮定する必要がない。 (ii) 解を具体的に解く必要がない。本研究は、実験的に得られたネットワーク構造だけから、直接帰結を導けることが特徴であり、得られる結果は実験生物学的にも強力な情報となる。このような理論は他には無く、極めて独自性の高い研究となる。また、恒常性と破綻に注目することで、生命機能の維持や疾患の理解につなげられる可能性がある。

Report

(4 results)
  • 2022 Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2021 2020

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 9 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Using linkage logic theory to control dynamics of a gene regulatory network of a chordate embryo2021

    • Author(s)
      Kobayashi Kenji、Maeda Kazuki、Tokuoka Miki、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 4001-4001

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83045-y

    • NAID

      120006997057

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The gene regulatory system for specifying germ layers in early embryos of the simple chordate2021

    • Author(s)
      Tokuoka Miki、Maeda Kazuki、Kobayashi Kenji、Mochizuki Atsushi、Satou Yutaka
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Issue: 24

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf8210

    • NAID

      120007052732

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Quantitative analyses reveal extracellular dynamics of Wnt ligands in Xenopus embryos2021

    • Author(s)
      Mii Yusuke、Nakazato Kenichi、Pack Chan-Gi、Ikeda Takafumi、Sako Yasushi、Mochizuki Atsushi、Taira Masanori、Takada Shinji
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: 55108-55108

    • DOI

      10.7554/elife.55108

    • NAID

      120007041648

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems2021

    • Author(s)
      Okada Takashi、Mochizuki Atsushi、Furuta Mikio、Tsai Je-Chiang
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 103 Issue: 6 Pages: 062212-062212

    • DOI

      10.1103/physreve.103.062212

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] IRAK1-dependent Regnase-1-14-3-3 complex formation controls Regnase-1-mediated mRNA decay2021

    • Author(s)
      Akaki Kotaro、Ogata Kosuke、Yamauchi Yuhei、Iwai Noriki、Tse Ka Man、Hia Fabian、Mochizuki Atsushi、Ishihama Yasushi、Mino Takashi、Takeuchi Osamu
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10

    • DOI

      10.7554/elife.71966

    • NAID

      120007166024

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから解明する2021

    • Author(s)
      望月敦史
    • Organizer
      明治非線形サマーセミナー
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  • [Presentation] 遺伝子ネットワークの構造に基づく細胞運命の操作2021

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      望月敦史
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      MathHuB研究会
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  • [Presentation] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

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      望月敦史
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  • [Presentation] 化学反応ネットワークの構造に基づく振る舞いの解析 -基礎から生命機能まで-2021

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      望月敦史
    • Organizer
      開放系トポロジーの探求
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    • Invited
  • [Presentation] 生命のシステムの振る舞いをネットワーク構造だけから決定する2021

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      望月敦史
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  • [Presentation] Controlling cell fate specification system based on network structure2021

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      Atsushi Mochizuki
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    • Int'l Joint Research / Invited
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      望月敦史
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  • [Presentation] 生命システムの振る舞いをネットワークの形だけから予測する2020

    • Author(s)
      望月敦史
    • Organizer
      生物物理若手の会夏の学校
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      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 理論とデータの協働によるネットワークシステムの解明2020

    • Author(s)
      望月敦史
    • Organizer
      日本数理生物学会年会
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    • Invited
  • [Book] 理論生物学概論2021

    • Author(s)
      望月 敦史
    • Total Pages
      328
    • Publisher
      共立出版
    • ISBN
      9784320058309
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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