Small RNA pathway analysis on C. elegans and the relatives
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19H03212
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 43050:Genome biology-related
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| Research Institution | The University of Tokyo (2021-2022)
University of Miyazaki (2019-2020) |
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Principal Investigator |
菊地 泰生 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (20353659)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
平形 樹生 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (40844791)
佐藤 薫 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (20548507)
塩見 美喜子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (20322745)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2019: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
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| Keywords | ゲノム構造変化 / C. elegans / 姉妹種 / トランスポゾン / ゲノム / small RNA / 進化 / ゲノム構造進化 / 比較ゲノム / トランポゾン / 近縁種 |
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| Outline of Research at the Start |
トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移活性はゲノム損傷ひいては致死を引き起こすため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。本研究ではモデル生物であるC. elegansと、近年発見された姉妹種C. inopinataの比較解析を行うことで、トランスポゾンによるゲノムの構造進化、さらにそれを制御するsmall RNA機構を明らかにすることを目的として行う。
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| Outline of Annual Research Achievements |
トランスポゾンは生物進化を助長する一方で、トランスポゾンの転移はゲノムの損傷の原因となり、生殖不全や致死など、生物にとって有害な影響をもたらす大きなリスクとなる。そのため、真核生物はSmall RNAによるRNAサイレンシング機構を駆使してトランスポゾンを抑制する。近年、石垣島で発見されたC. elegansの姉妹種C. inopinataは、C. elegansの約2倍の体サイズをもち、C. elegansとは大きく異なる生殖様式や生態を有している。C. elegansとのゲノム比較により、C. inopinataのゲノムにはトランスポゾンが特徴的に多く存在し、いくつかの重要な遺伝子がトランスポゾンにより損傷を受けていることが明らかとなった。さらに、トランスポゾンの活性化の一因として、C. inopinataでのSmall RNAパスウェイの変化が関連している可能性が示唆された。本研究では、C. elegans-C. inopinata比較解析系を用い、トランスポゾン転移を制御するsmall RNA機構を比較し、C. inopinataでのトランスポゾン活性化の要因を明らかにすることを目的とし、生物情報学と生化学、遺伝学的解析を行う。これまでに、C. inopinataの発達ステージごとのsmall RNA発現解析、野外分離株を用いたC. inopinataのゲノム進化解析を行い、C. inopinataにおけるsmall RNAプロファイルを明らかにし、C. inopinata野生株におけるトランスポゾンの動態を明らかにした。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Report
(4 results)
Research Products
(9 results)
