Comprehensive understanding of mechanisms underlying the piRNA pathway

• Project/Area Number: 19H05466
• Research Category: Grant-in-Aid for Specially Promoted Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 塩見 美喜子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (20322745)
• Project Period (FY): 2019-04-23 – 2024-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥542,490,000 (Direct Cost: ¥417,300,000、Indirect Cost: ¥125,190,000); Fiscal Year 2023: ¥92,690,000 (Direct Cost: ¥71,300,000、Indirect Cost: ¥21,390,000); Fiscal Year 2022: ¥105,300,000 (Direct Cost: ¥81,000,000、Indirect Cost: ¥24,300,000); Fiscal Year 2021: ¥104,650,000 (Direct Cost: ¥80,500,000、Indirect Cost: ¥24,150,000); Fiscal Year 2020: ¥104,650,000 (Direct Cost: ¥80,500,000、Indirect Cost: ¥24,150,000); Fiscal Year 2019: ¥135,200,000 (Direct Cost: ¥104,000,000、Indirect Cost: ¥31,200,000)
• Keywords: piRNA / トランスポゾン / PIWI / サイレンシング / 生殖 / RNAサイレンシング

Outline of Research at the Start

生殖組織特異的小分子RNAであるpiRNAはトランスポゾンの利己的転移を抑制することにより生殖ゲノムをDNA 損傷から守る。piRNAの機能欠失は生殖組織の発生・分化阻害、卵子・精子の形成不全、ひいては不妊を引き起こす。piRNAの発見以降、piRNA機構の動作原理を解明する研究は国内外で精力的に行われているが、全容解明には至っていない。そこで本研究ではこれまでに培った知識や手法、発想などを十分に生かした研究を展開することによってpiRNA研究の集大成に挑む。本研究の成果は、piRNA機構の統合的理解のみならず、生殖システムの包括的理解、自己・非自己の識別分子機構の理解、ひいては生殖医療へと繋がる。

Outline of Annual Research Achievements

[RP-1]ヒト無精子病で見つかったArmi変異と同等のショウジョウバエArmiを解析したところpiRNA生合成因子Shuとの解離が困難になり、piRNA生合成に負の影響を及ぼすことが見出された（論文執筆中）。Daed-Armiの結合にはDaedのeCCドメインとSAM ドメインが独立して関わること、DaedのeCCドメインはArmiのミトコンドリアへの係留に、SAM ドメインはZucによるpiRNAの長さの規定に重要な役割を担うことが分かった（論文執筆中）。生殖細胞ではpiRNAはdual-strand piRNAクラスタからRhino依存的に生成されるが、その選択に関する知見は乏しかった。この問題を解決するために、通常はdual-strand piRNAクラスタやRhinoを発現しないOSCにRhinoを発現させChIP解析などを行ったところ、dual-strand piRNAクラスタ選択に重要な役割を担うRhino上流因子を同定することができた（論文改訂中）。[RP-2] piRNA生合成因子VasaのRNA結合と自己会合の両者がVasa bodyの形成に必須であること、また、VasaはpiRNAの前駆体となるトランスポゾン mRNAに好んで結合することが見出された［論文発表済Yamazaki et al. Nat. Commun. 2023）］。piRNA生合成に必須の因子であるGTSF1とGTSF2の機能の相違を明らかにした［論文発表済（Bronkhorst et al. EMBOJ 2023）］。[RP-5] マウス胎児期生殖細胞のクロマチン動態に関与する因子としてMorc1を同定した。Morc1の有無によるクロマチン動態変化、RNA発現の変化を解析したところ、Miwi2との相関が見出された［論文発表済（Uneme et al. PNAS 2024）］。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度は学術論文を３報発表した。それに加えて改訂中の論文が１報あり（dual-strand piRNAクラスタ選択に寄与する因子の同定に関する論文。これはBioRvixで既に公開済。Saito et al.）、執筆中の論文は２報ある。一報はDaedの機能に関する論文で2024年5月に投稿予定である（Koga et al.）。もう一報はShuの機能に関する論文で2024年夏に投稿予定である（Hirakata et al.）。昨年度の進捗状況で報告したL(3)mbtに挿入されたSpringerトランスポゾンに関する研究は、今年度も引き続いて行った。OSCゲノムのロングリードとiso-seqの結果を合わせて解析することによって、Springerは、約400程度のタンパク質をコードする遺伝子のイントロンに挿入されており、そのうちの40程度の遺伝子からは、OSC特有のisoformが発現していることが判明した。現在、これらOSC特有のisoformが翻訳されることによって生成されるタンパク質を解析している。Springer が挿入されるDNA部位のコンセンサス配列を特定することができた。ショウジョウバエLTR型トランスポゾンのゲノム転移に関する知見は少なく、よってこの研究をさらに発展させることによって、新規知見を蓄積する。OSCでSpringer がこれほどまでに活性化されている原因を探索したところ、OSCでpiRNAを生成する領域flam に大きな変異が生じており、それが機能性piRNAのpopulationに影響を及ぼしていることが判明した。Springer以外にも転移活性が上昇しているトランスポゾンに焦点を当てた解析も進めつつある。Minoのミトコンドリアへの局在に必要なドメインはalpha helixをとる。MinoはOSC以外の細胞では、TEドメインを持つisoformを発現しうるが、OSCでは敢えてこのisoformを発現しない。Minoはなぜ、OSCではTEドメインではなくalpha helixに依存してミトコンドリアに局在するのか、その謎を解くための解析を現在進めている。

Strategy for Future Research Activity

[RP-1] piRNA生合成因子Shuは翻訳後直後のPiwiに結合し、piRISC前駆体の形成場Yb bodyに運び、SoYB/Vret複合体にPiwiを引き渡す。この過程はPiwi-piRISC生合成の促進に重要である。これまでShuに関する様々な解析を行い、新知見が蓄積したため、論文としてまとめつつあり、それをR5年度に発表する。Minoのミトコンドリア局在とMino機能に関する新知見も蓄積してきたため、その成果をR5年度に発表する。piRNA生合成機構におけるShu、Mino、Daed機能に関する論文を発表するとともに、OSCのpiRNA生合成機構に関して総説を執筆、発表する予定である。これまでL(3)mbt結合因子として新たに２つの遺伝子の同定に成功した。R5年度はこれら因子の生化学的解析を進め、L(3)bmbt/Lint-O複合体による下流遺伝子の制御機構を明らかにする。並行して脳におけるLint-O機能の解析を展開する。[RP-2] piRNA生合成因子Qinに関する実験結果が蓄積したため、論文を執筆する。BmN4細胞では、大半のトランスポゾンはSpn-E依存的に生成されたpiRNAによって抑制されるが、トランスポゾンCDはQin依存的に生成されたpiRNA依存的に抑制される。Qinが欠損した状態ではCD はカプシドを形成する。そこに含まれるRNAを解析したところ、CD自身のRNAとともに、宿主の特定のRNAも取り込まれていることが判明した。この現象の生理的意義を解析する。Vasaは核と細胞質をシャトルすることが見出され、VasaのNLS及びNESの同定にも成功した。今後は、Vasaの核局在の生理的意義を、複数の変異体を作成しそれらに結合するRNAを解析することによって明らかにする。 [RP-4] トランスポゾンCDのカプシドの立体構造解析を進める。[RP-5]Morc1を異所的に3T3細胞に発現することによって3T3に及ぼす影響を探索し、Morc1がgonocyteが以外の全ての細胞で発現抑制されていることの生理的意義を解明する。

Assessment Rating

Interim Assessment Comments (Rating)

A: In light of the aim of introducing the research area into the research categories, the expected progress has been made in research.

Research Products

• [Journal Article] Morc1 reestablishes H3K9me3 heterochromatin on piRNA-targeted transposons in gonocytes (2024)
  • Author(s): Uneme Yuta、Maeda Ryu、Nakayama Gen、Narita Haruka、Takeda Naoki、Hiramatsu Ryuji、Nishihara Hidenori、Nakato Ryuichiro、Kanai Yoshiakira、Araki Kimi、Siomi Mikiko C.、Yamanaka Soichiro
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences Volume: 121 Issue: 13
  • DOI: 10.1073/pnas.2317095121
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] ADMA-histones define genomic loading of Rhino at the initial step of piRNA cluster formation (2024)
  • Author(s): Raku Saito, Hirotsugu Ishizu, Ritsuko Harigai, Kensaku Murano, Mikiko C. Siomi
  • Journal Title: BioRxiv Volume: -
  • DOI: 10.1101/2024.03.15.585151
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] An extended Tudor domain within Vreteno interconnects Gtsf1L and Ago3 for piRNA biogenesis in Bombyx mori (2023)
  • Author(s): Bronkhorst AW, Lee CY, Mockel MM, Ruegenberg S, Domingues AM, Sadouki S, Piccinno R, Sumiyoshi T, Siomi MC, Stelzl L, Luck K, Ketting RF.
  • Journal Title: EMBO J. Volume: 421942 Issue: 24
  • DOI: 10.15252/embj.2023114072
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Bombyx Vasa sequesters transposon mRNAs in nuage via phase separation requiring RNA binding and self-association (2023)
  • Author(s): Yamazaki Hiroya、Namba Yurika、Kuriyama Shogo、Nishida Kazumichi M.、Kajiya Asako、Siomi Mikiko C.
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 14 Issue: 1 Pages: 1942-1942
  • DOI: 10.1038/s41467-023-37634-2
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Lint‐O cooperates with L(3)mbt in target gene suppression to maintain homeostasis in fly ovary and brain (2022)
  • Author(s): Yamamoto‐Matsuda Hitomi、Miyoshi Keita、Moritoh Mai、Yoshitane Hikari、Fukada Yoshitaka、Saito Kuniaki、Yamanaka Soichiro、Siomi Mikiko C
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 23 Issue: 10
  • DOI: 10.15252/embr.202153813
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis (2022)
  • Author(s): Yamada Hiromi、Nishida Kazumichi M.、Iwasaki Yuka W.、Isota Yosuke、Negishi Lumi、Siomi Mikiko C.
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 13 Issue: 1 Pages: 1518-1518
  • DOI: 10.1038/s41467-022-29193-9
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells (2022)
  • Author(s): Namba Yurika、Iwasaki Yuka W.、Nishida Kazumichi M.、Nishihara Hidenori、Sumiyoshi Tetsutaro、Siomi Mikiko C.
  • Journal Title: iScience Volume: 25 Issue: 3 Pages: 103914-103914
  • DOI: 10.1016/j.isci.2022.103914
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] T-hairpin structure found in the RNA element involved in piRNA biogenesis (2022)
  • Author(s): Takase Naomi、Otsu Maina、Hirakata Shigeki、Ishizu Hirotsugu、Siomi Mikiko C.、Kawai Gota
  • Journal Title: RNA Volume: 28 Issue: 4 Pages: 541-550
  • DOI: 10.1261/rna.078967.121
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] piRNA‐ and siRNA‐mediated transcriptional repression in <i>Drosophila</i> , mice, and yeast: new insights and biodiversity (2021)
  • Author(s): Onishi Ryo、Yamanaka Soichiro、Siomi Mikiko C
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 22 Issue: 10
  • DOI: 10.15252/embr.202153062
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Hamster PIWI proteins bind to piRNAs with stage-specific size variations during oocyte maturation (2021)
  • Author(s): Ishino Kyoko、Hasuwa Hidetoshi、Yoshimura Jun、Iwasaki Yuka W、Nishihara Hidenori、Seki Naomi M、Hirano Takamasa、Tsuchiya Marie、Ishizaki Hinako、Masuda Harumi、Kuramoto Tae、Saito Kuniaki、Sakakibara Yasubumi、Toyoda Atsushi、Itoh Takehiko、Siomi Mikiko C、Morishita Shinichi、Siomi Haruhiko
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 49 Issue: 5 Pages: 2700-2720
  • DOI: 10.1093/nar/gkab059
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] DEAD‐box polypeptide 43 facilitates piRNA amplification by actively liberating RNA from Ago3‐piRISC (2021)
  • Author(s): Murakami Ryo、Sumiyoshi Tetsutaro、Negishi Lumi、Siomi Mikiko C
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 22 Issue: 4
  • DOI: 10.15252/embr.202051313
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The piRNA pathway in <i>Drosophila</i> ovarian germ and somatic cells (2020)
  • Author(s): SATO Kaoru、SIOMI Mikiko C.
  • Journal Title: Proceedings of the Japan Academy, Series B Volume: 96 Issue: 1 Pages: 32-42
  • DOI: 10.2183/pjab.96.003
  • NAID: 130007783757
  • ISSN: 0386-2208, 1349-2896
  • Year and Date: 2020-01-10
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Piwi suppresses transcription of Brahma-dependent transposons via Maelstrom in ovarian somatic cells (2020)
  • Author(s): Onishi Ryo、Sato Kaoru、Murano Kensaku、Negishi Lumi、Siomi Haruhiko、Siomi Mikiko C.
  • Journal Title: Science Advances Volume: 6 Issue: 50
  • DOI: 10.1126/sciadv.aaz7420
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Siwi levels reversibly regulate secondary piRISC biogenesis by affecting Ago3 body morphology in Bombyx mori (2020)
  • Author(s): Nishida KM, Sakakibara K, Sumiyoshi T, Yamazaki H, Mannen T, Kawamura T, Kodama T, Siomi MC.
  • Journal Title: The EMBO Journal Volume: 39 Issue: 20
  • DOI: 10.15252/embj.2020105130
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The Mi-2 nucleosome remodeler and the Rpd3 histone deacetylase are involved in piRNA-guided heterochromatin formation (2020)
  • Author(s): Mugat Bruno、Nicot Simon、Varela-Chavez Carolina、Jourdan Christophe、Sato Kaoru、Basyuk Eugenia、Juge Fran?ois、Siomi Mikiko C.、P?lisson Alain、Chambeyron S?verine
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 11 Issue: 1 Pages: 108-120
  • DOI: 10.1038/s41467-020-16635-5
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Crystal structure of Drosophila Piwi. (2020)
  • Author(s): Yamaguchi, S., Oe, A., Nishida, KM., Yamashita, K., Kajiya, A., Hirano, S., Matsumoto, N., Dohmae, N., Ishitani, R., Saito, K., Siomi, H., Nishimasu, H., Siomi, MC., and Nureki, O.
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 11 Issue: 1 Pages: 858-858
  • DOI: 10.1038/s41467-020-14687-1
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Armitage determines PiwiーpiRISC processing from precursor formation and quality control to inter‐organelle translocation (2019)
  • Author(s): Yamashiro Haruna、Negishi Mayu、Kinoshita Tatsuki、Ishizu Hirotsugu、Ohtani Hitoshi、Siomi Mikiko C
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 21 Issue: 2
  • DOI: 10.15252/embr.201948769
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Assembly and Function of Gonad-Specific Non-Membranous Organelles in Drosophila piRNA Biogenesis (2019)
  • Author(s): Hirakata Shigeki、Siomi Mikiko C.
  • Journal Title: Non-Coding RNA Volume: 5 Issue: 4 Pages: 52-52
  • DOI: 10.3390/ncrna5040052
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Essential roles of Windei and nuclear monoubiquitination of Eggless/ SETDB 1 in transposon silencing (2019)
  • Author(s): Osumi Ken、Sato Kaoru、Murano Kensaku、Siomi Haruhiko、Siomi Mikiko C
  • Journal Title: EMBO reports Volume: 20 Issue: 12
  • DOI: 10.15252/embr.201948296
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Nuclear RNA export factor variant initiates piRNA-guided co-transcriptional silencing (2019)
  • Author(s): Murano, K., Iwasaki Y.W., Ishizu H., Mashiko, A., Shibuya, A., Kondo, S., Adachi, S., Suzuki, S., Saito, K., Natsume, T., Siomi, M.C., Siomi, H.
  • Journal Title: The EMBO Journal Volume: 印刷中 Issue: 17 Pages: 1-20
  • DOI: 10.15252/embj.2019102870
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Distinct and collaborative functions of Yb and Armitage in transposon-targeting piRNA biogenesis (2019)
  • Author(s): Hirotsugu Ishizu, Tatsuki Kinoshita, Shigeki Hirakata, Chihiro Komatsuzaki, and Mikiko C. Siomi
  • Journal Title: Cell Reports Volume: 27 Issue: 6 Pages: 1822-1835
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2019.04.029
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Requirements for multivalent Yb body assembly in transposon silencing in Drosophila (2019)
  • Author(s): Shigeki Hirakata, Hirotsugu Ishizu, Aoi Fujita, Yumiko Tomoe, Mikiko C. Siomi
  • Journal Title: EMBO Reports Volume: 印刷中 Issue: 7
  • DOI: 10.15252/embr.201947708
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] Analysis of molecular contribution of mitochondrial scaffold protein Daed to piRISC maturation (2024)
  • Author(s): Yuica Koga, Shigeki Hirakata, Mayu Negishi, Mikiko C. SIomi
  • Organizer: JST-EMBO Matchmaking Workshop
• [Presentation] LTR-type transposon Springer invasion in the L(3)mbt gene leads to the production of an isoform unique to cultured Drosophila ovarian somatic cells (2024)
  • Author(s): Mai Moritoh, Toru Morita, Chikara Takeuchi, Yuka W. Iwasaki, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: JST-EMBO Matchmaking Workshop
• [Presentation] Mechanisms and roles of nuclear granule formation by the transposon repressor Morc1 (2024)
  • Author(s): Yosuke Isota, Hiroya Yamazaki, Gen Nakayama, Soichiro Yamanaka, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: JST-EMBO Matchmaking Workshop
• [Presentation] トランスポゾン転移による生殖系体細胞OSC特異的アイソフォームの産生機構 (2024)
  • Author(s): 盛藤舞, 森田亨, 竹内力, 岩崎由香, 塩見美喜子
  • Organizer: 第4回有性生殖研究会
• [Presentation] H3K4メチル化修飾から紐解く，胎仔期の雄性生殖細胞における発生プログラム (2024)
  • Author(s): 藤澤達也, 前田隆, 采女優太, 塩見美喜子, 山中総一郎
  • Organizer: 第4回有性生殖研究会
• [Presentation] ゴノサイトにおけるポリコームとDNAメチル化の遺伝子共同制御機構 (2024)
  • Author(s): Peilin Li, Tatsuya Fujisawa, Haruka Narita, Yuta Uneme, Mikiko C Siomi, Soichiro Yamanaka
  • Organizer: 第4回有性生殖研究会
• [Presentation] piRNA生合成機構におけるQin依存的なpiRNA前駆体選別のしくみの解明 (2023)
  • Author(s): 難波祐里香, 西田知訓, 小野幸輝, 岩崎由香, 黒田由惟, 浅井潔, 塩見美喜子
  • Organizer: 先進ゲノム支援2023年度拡大班会議
  • Invited
• [Presentation] The process of defining piRNA clusters involves histone arginine methylation (2023)
  • Author(s): 齋藤絡, 針谷律子, 石津大嗣, 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Analysis of molecular contribution of mitochondrial scaffold protein Daed to piRISC maturation (2023)
  • Author(s): 古賀結花, 平形樹生, 根岸茉由, 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] LTR型トランスポゾンSpringerが引き起こすショウジョウバエ培養細胞株OSC特異的なL(3)mbtアイソフォーム産生機構 (2023)
  • Author(s): 盛藤舞, 森田亨, 竹内力, 岩崎由香, 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ショウジョウバエCG42360は卵巣体細胞においてトランスポゾンの発現を抑制する (2023)
  • Author(s): 山野智寛
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] アルギニンメチル化によるRNAサイレンシングの多角的制御 (2023)
  • Author(s): 坂根由都, 齋藤絡, 針谷律子, 小迫英尊, 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 新規LTR型レトロトランスポゾンCountdownの解析 (2023)
  • Author(s): 黒田由惟, 難波祐里香, 西田知訓, 信藤知子, 芝田晋介, 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] トランスポゾン転写産物がVasa bodyへと濃縮するメカニズムの解明 (2023)
  • Author(s): 福田瑞希, 山﨑啓也. 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] トランスポゾン抑制関連タンパク質Morc1の核内顆粒形成とヒストン修飾を介したトランスポゾン抑制機構の解明 (2023)
  • Author(s): 中里大瑚, 礒田洋祐, 山﨑啓也, 塩見美喜子
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 雄性生殖細胞特異的クロマチンタンパク質であるMorc1はトランスポゾン上でのヘテロクロマチン形成を介して宿主遺伝子の適切な発現状態を可能にする (2023)
  • Author(s): 前田隆, 采女優太, 中山弦, 成田晴香, 竹田直樹, 平松竜司, 西原秀典, 中戸隆一郎, 金井克晃, 荒木善美, 塩見美喜子, 山中総一郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] マウスゴノサイトにおけるポリコームの不活化は遺伝子の異所的な発現を誘導する (2023)
  • Author(s): 成田晴香, 李沛霖, 采女優太, 藤澤達也, 青木愛珠, メングエンフウ, 行川賢, 井上梓, 塩見美喜子, 山中総一郎
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
  • Invited
• [Presentation] LTR-type Springer Invaded in the L(3)mbt Gene Leads to the Production of an Isoform Unique to Cultured Drosophila Ovarian Somatic Cells (2023)
  • Author(s): Mai Moritoh, Chikara Takeuchi, Yuka W. Iwasaki, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: KEYSTONE SYMPOSIA: Transposable Elements at the Crossroads of Evolution, Health and Disease (F2)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] piRNAs protect the germline genome from transposon invasion (2023)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 2023Taiwan-Japan Bilateral Meetiong on RNA and Biofunction
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Analysis of molecular contribution of mitochondrial scaffold protein Daed to piRISC maturation (2023)
  • Author(s): Yuica Koga, Shigeki Hirakata, Mayu Negishi, Mikiko C. SIomi
  • Organizer: The 34th Tokyo RNA Club
• [Presentation] LTR型レトロトランスポゾンspringerのゲノム転移によるL(3)mbt遺伝子の機能発現への影響 (2023)
  • Author(s): 盛藤舞
  • Organizer: The 34th Tokyo RNA Club
• [Presentation] Elucidation of the molecular function of Qin in the germline piRNA pathway (2023)
  • Author(s): Yurika Namba, Kazumichi M. Nishida, Yukiteru Ono, Yui Kuroda, Kiyoshi Asai, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
• [Presentation] ミトコンドリア外膜上足場タンパク質DaedのpiRNA成熟化への寄与の解析 (2023)
  • Author(s): 古賀結花, 根岸茉由, 藤澤達也, 平形樹生, 塩見美喜子
  • Organizer: 第22回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] LTR型トランスポゾンspringerと宿主ゲノムの共生と攻防戦 (2023)
  • Author(s): 盛藤舞, 山田紘実, 塩見美喜子
  • Organizer: 第22回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] The piRNA pathway in Drosophila-How does the molecular machinary protect the genome from transposon invasion in the germline? (2023)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: The Now and Future of RNA Therapeutics
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] ミトコンドリア外膜上足場タンパク質DaedのpiRNA成熟化への寄与の解析 (2023)
  • Author(s): 古賀結花, 根岸茉由, 平形樹生, 塩見美喜子
  • Organizer: WINGS-LST発表会
• [Presentation] Coexistence and arms race between LTR-type retrotransposon springer and the host genome (2023)
  • Author(s): Mai Moritoh, Hiromi Yamada, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: WINGS-LST発表会
• [Presentation] piRNAs protect the germline genome from transposon invasion (2023)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第75回日本細胞生物学会大会
  • Invited
• [Presentation] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるpiRNA生合成の場Yb bodyへのPiwi局在化機構とその制御 (2023)
  • Author(s): 平形樹生, 藤田あおい, 塩見美喜子
  • Organizer: 第75回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] Mechanism and regulation of Piwi localization to Yb body, the site of piRNA biogenesis in Drosophila ovarian somatic cells (2023)
  • Author(s): Shigeki Hirakata, Aoi Fujita, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: The 28th Annual Meeting of the RNA Society
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Germline-specific DEAD-box RNA helicase Vasa sequesters transposon mRNAs in nuage via phase separation requiring RNA binding and self-association (2023)
  • Author(s): Hiroya Yamazaki, Yurika Namba, Shogo Kuriyama, Kazumichi M. Nishida, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: The 28th Annual Meeting of the RNA Society
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Analysis of the mechanism of nuclear granule formation mediated by phase separation of the transposon repressor Morc1 (2023)
  • Author(s): Yosuke Isota, Hiroya Yamazaki, Gen Nakayama, Soichiro Yamanaka, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: The 28th Annual Meeting of the RNA Society
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるpiRNA生合成の場Yb bodyへのPiwi局在化のメカニズムとその制御 (2022)
  • Author(s): 平形樹生、藤田あおい、巴裕美子、塩見美喜子
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] piRNA生合成機構におけるQinの分子機能解析 (2022)
  • Author(s): 難波祐里香、西田知訓、小野幸輝、岩崎由香、鍛治屋麻子、浅井潔、塩見美喜子
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 脳腫瘍抑制因子L(3)mbtによるpiRNA増幅システムの制御機構の解明 (2022)
  • Author(s): 山田紘実、黒田李花子、塩見美喜子
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ミトコンドリア上足場タンパク質Gasz/Daedヘテロ複合体のpiRISC成熟化への寄与の解析 (2022)
  • Author(s): 古賀結花、根岸茉由、藤澤達也、平形樹生、塩見美喜子
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] トランスポゾン抑制因子Morc1の相分離を介した顆粒形成メカニズムの解析 (2022)
  • Author(s): 礒田洋祐、山﨑啓也、中山弦、山中総一郎、塩見美喜子
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] DNA結合タンパク質Morc1はマウスゴノサイトにおいてレトロトランスポゾンにH3K9me3を導入する (2022)
  • Author(s): 采女優太、中山弦、前田隆、塩見美喜子、山中総一郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Mechanism and regulation of Piwi localization to Yb bodies the piRNA biogenesis center in Drosophila ovarian somatic cells (2022)
  • Author(s): Shigeki Hirakata, Aoi Fujita, Yumiok Tomoe, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Characterization of the germline-specific DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granules (2022)
  • Author(s): Hiroya Yamazaki, Yurika NAMBA, Kazumichi M. Nishida, Ryo Murakami, Shogo Kuriyama, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Maelstrom functions in the production of Siwi-piRISC capable of regulating transposons in Bombyx germ cells (2022)
  • Author(s): Yurika NAMBA, Yuka W. Iwasaki, Kazumichi M. Nishida, Hidenori Nishihara, Tetsutaro Sumiyoshi, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Analysis of the mechanism underlying Piwi-piRISC production via phasing in Drosophila ovarian somatic cells (2022)
  • Author(s): Yuica Koga, Mayu Negishi, Shigeki Hirakata, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis (2022)
  • Author(s): Hiromi Yamada, Kazumichi M. Nishida, Yuka W. Iwasaki, Yosuke Isota, Lumi Negishi, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] Lint-O cooperates with L(3)mbt in gene regulation to maintain homeostasis in Drosophila ovary and brain (2022)
  • Author(s): Keita Miyoshi, Hitomi Yamamoto-Matsuda, Mai Moritoh, Hikari Yoshitane, Yoshitaka Fukuda, Kuniaki Saito, Soichiro Yamanaka, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第23回日本RNA学会年会
• [Presentation] ヘテロ複合体足場タンパク質によるpiRNA前駆体ミトコンドリア繋留機構の解析 (2022)
  • Author(s): 古賀 結花
  • Organizer: 第21回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] piRNA biogenesis and its regulation in Drosophila (2021)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ショウジョウバエ卵巣体細胞におけるPiwiタンパク質のYb body局在機構の解析 (2021)
  • Author(s): 平形樹生、巴裕美子、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] SiwiはPar-1キナーゼと協調して、PapiによるSiwi-piRISC生合成の自己抑制効果を解消する (2021)
  • Author(s): 山田紘実、西田知訓、岩崎由香、礒田洋祐、根岸瑠美、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 生殖細胞においてMaelstromは転移因子を効率的に抑制するSiwi-piRISCの生合成に寄与する (2021)
  • Author(s): 難波祐里香、岩崎由香、西田知訓、住吉哲太朗、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granule, which is the piRNA biogenesis center in ovarian germ cells (2021)
  • Author(s): Hiroya Yamazaki, Kazumichi M. Nishida, Ryo Murakami, Shogo Kuriyama, Asako Kajiya, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ゴノサイト一過的なクロマチン弛緩を駆動する分子機構の解明 (2021)
  • Author(s): 名取達哉、関真秀、鈴木穣、塩見美喜子、山中総一郎
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ヘテロ二量体足場タンパク質によるpiRISC前駆体ミトコンドリア繋留機構の解析 (2021)
  • Author(s): 古賀結花、根岸茉由、平形樹生、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ゴノサイトにおいてDNAメチル化関連因子Morc1タンパク質が担う核内動態 (2021)
  • Author(s): 中山弦、塩見美喜子、山中総一郎
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] piRNAクラスターの選択性に関わる因子群の核局在と顆粒形成 (2021)
  • Author(s): 久保田博和、平形樹生、齋藤絡、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] piRNA生合成機構におけるQinの分子機能解析 (2021)
  • Author(s): 西田知訓、難波祐里香、岩崎由香、鍛治屋麻子、塩見春彦、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] 脳腫瘍抑制因子L(3)mbtによるpiRNA因子群の転写制御機構の解明 (2021)
  • Author(s): 山本瞳、山中総一郎、盛藤舞、吉種光、深田吉孝、塩見美喜子
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ショウジョウバエLint-Oは体細胞において生殖細胞特異的遺伝子群の発現を抑制する (2021)
  • Author(s): 三好啓太、山中総一郎、塩見美喜子、齋藤都暁
  • Organizer: 第44回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Siwi cooperates with Par-1 kinase to resolve the autoinhibitory effect of Papi for Siwi-piRISC biogenesis (2021)
  • Author(s): Hiromi Yamada
  • Organizer: EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of germ granules (2021)
  • Author(s): Hiroya Yamazaki
  • Organizer: EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Maelstrom ensures production of Siwi-piRISC capable of regulating transposon expression in germ cells (2021)
  • Author(s): Yurika Namba
  • Organizer: EMBL Symposium: The Non-Coding Genome
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Characterization of the DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated formation of nuage, which is the piRNA biogenesis center in ovarian germ cells (2021)
  • Author(s): Hiroya Yamazaki
  • Organizer: 第22回日本RNA学会年会
• [Presentation] 1.Characterization of DEAD-box RNA helicase Vasa in LLPS-mediated nuage formation in ovarian germ cells. (2020)
  • Author(s): Yamazaki H, Murakami R, Kuriyama S, Kajiya A, and Siomi MC.
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会（MBSJ）
• [Presentation] 2.Siwi levels reversibly regulate secondary piRISC biogenesis by affecting Ago3 body morphology in Bombyx mori. (2020)
  • Author(s): Nishida KM, Sakakibara K, Sumiyoshi T, Yamazaki H, Mannen T, Kawamura T, Kodama T, and Siomi MC.
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会（MBSJ）
• [Presentation] 3.Elucidation of transcriptional regulatory mechanism of piRNA factors by tumor suppressor gene lethal(3) malignant brain tumor. (2020)
  • Author(s): 山本瞳、山中総一郎、佐藤薫、吉種光、深田吉孝、塩見美喜子
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会（MBSJ）
• [Presentation] 4.Piwi suppresses transcription of Brahma-dependent transposons via Maelstrom in ovarian somatic cells (2020)
  • Author(s): 大西遼、佐藤薫、村野健作、根岸瑠美、塩見春彦、塩見美喜子
  • Organizer: 第43回日本分子生物学会年会（MBSJ）
• [Presentation] Analysis of processing mechanism of piRNA precursors in piRNA biogenesis in Drosophila (2020)
  • Author(s): Haruna Yamashiro, Mayu Negishi, Tatsuki Kinoshita, Hirotsugu Ishizu, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: Noncoding RNA:Mechanism,Function and Therapies
• [Presentation] Piwi suppresses transcription of Brahma-dependent transposons via Maelstrom in the piRNA pathway (2020)
  • Author(s): Ryo Onishi, Kaoru Sato, Kensaku Murano, Lumi Negishi,Haruhiko Siomi, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: Noncoding RNA:Mechanism,Function and Therapies
• [Presentation] Analysis of processing mechanism of piRNA precursors in piRNA biogenesis in Drosophila (2020)
  • Author(s): Tatsuki Kinoshita, Hirotsugu Ishizu, Shigeki Hirakata, Limi Negishi, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: Noncoding RNA:Mechanism,Function and Therapies
• [Presentation] 第一次piRNA生成経路におけるQinの分子機能解析 (2020)
  • Author(s): 西田知訓、鍛治屋麻子、宮田祐実、岩崎由香、塩見春彦、塩見美喜子
  • Organizer: 先端モデル動物支援プラットフォーム
• [Presentation] piRNA Biogenesis and functions in Drosophila (2019)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 【ISEV2019】International Society for Extracellular Vesicles
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] piRNA Biogenesis and functions in Drosophila (2019)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: Cell Symposia Regulatory RNAs
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] piRNA Biogenesis and functions in Drosophila (2019)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: The RNA Localization and Local Translation Conferrence
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Analysis of ping-pong dependent piRNA biogenesis (2019)
  • Author(s): 住吉哲太朗、榊原和洋、西田知訓、塩見美喜子
  • Organizer: 第11回日本RNAi研究会
• [Presentation] Analysis of processing mechanism of piRNA precursors in piRNA biogenesis in Drosophila (2019)
  • Author(s): 木下達貴、山城はるな、根岸茉由、石津大嗣、塩見美喜子
  • Organizer: 第11回日本RNAi研究会
• [Presentation] ショウジョウバエ卵巣においてYb bodyはゲノムをトランスポゾンから保護する (2019)
  • Author(s): 平形樹生、石津大嗣、藤田あおい、巴裕美子、塩見美喜子
  • Organizer: AdAMS若手支援技術講習会
• [Presentation] Functional analysis of Gtsf1 in the Piwi-piRISC-mediated transcriptional silencing (2019)
  • Author(s): Horikoshi Mina, Onishi Ryo, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2019
• [Presentation] piRNA前駆体のオルガネラ間輸送機構の解明 (2019)
  • Author(s): 根岸茉由、山城はるな、塩見美喜子
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2019
• [Presentation] カイコpiRNA生合成経路におけるQin及びSpn-Eの機能解析 (2019)
  • Author(s): 鍛治屋麻子、西田知訓、宮田祐実、吉種光、深田吉孝、塩見美喜子
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2019
• [Presentation] Molecular function of Qin in piRNA biogenesis in silkworm ovarian germ cells (2019)
  • Author(s): Kazumichi Nishida, Yumi Miyata, Asako Kajiya, Yuka W. Iwasaki, Haruhiko Siomi, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: Japanese-Russian Symposium on piRNA Silencing
• [Presentation] PiwiはMaelstromを介してBrm依存的なトランスポゾンの転写を抑制する (2019)
  • Author(s): 大西遼、佐藤薫、村野健作、堀越美菜、根岸瑠美、塩見春彦、塩見美喜子
  • Organizer: 第6回北陸エピジェネティクス研究会
• [Presentation] piRNA biogenesis and function (2019)
  • Author(s): Mikiko C. Siomi
  • Organizer: EMBO Member's Meeting2019
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Molecular mechanism underlying inter-organelle translocation of piRNA precursor (2019)
  • Author(s): Haruna Yamashiro, Mayu Negishi, Tatsuki Kinoshita, Hirotsugu Ishizu, Mikiko C. Siomi
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] RNAヘリカーゼBmVasaによるnuage形成機構の解明 (2019)
  • Author(s): 栗山渉吾、村上僚、塩見美喜子
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] カイコpiRNA生合成経路におけるQinの機能解析 (2019)
  • Author(s): 西田知訓、宮田祐実、鍛治屋麻子、岩崎由香、塩見春彦、塩見美喜子
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ショウジョウバエpiRNA経路におけるYb bodyの機能と形成機構 (2019)
  • Author(s): 平形樹生、石津大嗣、藤田あおい、巴裕美子、塩見美喜子
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] カイコpiRNA因子GTSFに対する抗体作製とそれを用いた生化学的解析 (2019)
  • Author(s): 住吉哲太朗、Walter Bronkhorst、Rene Ketting、西田知訓、塩見美喜子
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Presentation] カイコ卵巣由来生殖細胞のpiRNA生合成機構におけるPapiリン酸化修飾の生物学的意義 (2019)
  • Author(s): 山田紘実、西田知訓、根岸瑠美、塩見美喜子
  • Organizer: 第42回日本分子生物学会年会
• [Remarks] SIOMI Laboratory
  • URL: http://www-siomilab.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/index.html
• [Remarks] 東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻 塩見研究室
  • URL: http://www-siomilab.biochem.s.u-tokyo.ac.jp/index.html