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集団遺伝学理論に基づいた水インフラによる胃腸炎ウイルス感染症制御の実現

Research Project

Project/Area Number 19J10800
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 22060:Environmental systems for civil engineering-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

門屋 俊祐  東北大学, 工学研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2020: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywords胃腸炎ウイルス / 集団遺伝学 / 水インフラ / 消毒 / 機械学習 / 階層ベイズモデル
Outline of Research at the Start

胃腸炎ウイルスによる感染事例は水インフラを備えた先進国においても散発的に報告されており、この原因は胃腸炎ウイルスの高い進化速度がもたらす適応能力にある。ウイルス進化をもたらす従来のファクターとして、遺伝子変異、宿主免疫による選択、ある変異が偶然により次世代の集団に固定される遺伝的浮動が挙げられる。本研究では、これらのファクターに加え、胃腸炎ウイルスの生活環に存在する消毒等の「水インフラによる選択」及び日光等の「自然環境ストレスによる選択」が胃腸炎ウイルスの進化に寄与している可能性を検証し、その適応メカニズムを解明することで胃腸炎ウイルスをヒト社会に侵入させない水インフラの構築を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

胃腸炎ウイルスによる感染症被害は、水処理場等の高度な衛生設備を有する先進国でさえ未だ制御しきれておらず、毎年感染報告がなされている。高い変異速度を示す胃腸炎ウイルスは、水処理や家庭等で様々な場面で使用されている消毒から逃れ、ヒト社会中に蔓延し続けている可能性がある。あるいは、統一的な消毒強度決定スキームの欠如のために、各水処理場においてウイルスが十分に不活化されていない可能性もある。本研究では、集団遺伝学に基づいて胃腸炎ウイルスの代表であるロタウイルスの消毒剤感受性が変化するかどうかを検証し、そのメカニズムの解明を試みた。さらに、処理場間で異なる水質を考慮した予測不活化モデルの構築を行なった。
ロタウイルス集団の消毒剤感受性変化を検証するために、塩素消毒を繰り返し曝露させ、各種表現型、塩素感受性及び集団遺伝学的特性の変化を追跡した。その結果、塩素曝露の有無にかかわらず、塩素低感受性集団がランダムに出現し、その外殻タンパク質遺伝子の塩基多様度は有意に高かった。低感受性集団中により多くの凝集体が含まれており、進化シミュレーションによって、遺伝的に多様な集団における低頻度個体間の「協力」により凝集体が形成され、塩素感受性を不安定化させることが示唆された。ウイルスの消毒剤感受性変化メカニズムを解明した例は報告されておらず、世界初の知見が得られたと言える。
予測不活化モデルの構築に関しては、水質情報を説明変数とした胃腸炎ウイルス予測不活化モデルを構築した。機械学習アルゴリズムの一つであるスパース推定法を適用すると、多くのモデルにおいてデータへの過剰適合を防ぐことが可能となり、且つ高い予測精度が得られた。処理場従事者が本モデルを用いて簡単にウイルス不活化効率を予測し、各処理場に適した消毒強度の決定を可能としたことから、本研究は極めて社会への還元性が高いと言える。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Predictive water virology using regularized regression analyses for projecting virus inactivation efficiency in ozone disinfection2021

    • Author(s)
      Kadoya Syun-suke、Nishimura Osamu、Kato Hiroyuki、Sano Daisuke
    • Journal Title

      Water Research X

      Volume: 11 Pages: 100093-100093

    • DOI

      10.1016/j.wroa.2021.100093

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regularized regression analysis for the prediction of virus inactivation efficiency by chloramine disinfection2020

    • Author(s)
      Kadoya Syun-suke、Nishimura Osamu、Kato Hiroyuki、Sano Daisuke
    • Journal Title

      Environmental Science: Water Research & Technology

      Volume: 6 Issue: 12 Pages: 3341-3350

    • DOI

      10.1039/d0ew00539h

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Bottleneck Size-Dependent Changes in the Genetic Diversity and Specific Growth Rate of a Rotavirus A Strain2020

    • Author(s)
      Kadoya S, Urayama S, Nunoura T, Hirai M, Takaki Y, Kitajima M, Nakagomi T, Nakagomi O, Okabe S, Nishi-mura O, Sano D
    • Journal Title

      Journal of Virology

      Volume: - Issue: 10 Pages: 1-17

    • DOI

      10.1128/jvi.02083-19

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Predictive Water Virology: Hierarchical Bayesian Modeling for Estimating Virus Inactivation Curve2019

    • Author(s)
      Kadoya Syun-suke, Nishimura Osamu, Kato Hiroyuki, Sano Daisuke
    • Journal Title

      Water

      Volume: 11 Issue: 10 Pages: 1-13

    • DOI

      10.3390/w11102187

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 下水処理水質の衛生工学的管理のための水中ウイルス消毒モデルの構築に関する研究2021

    • Author(s)
      石井敦大、門屋俊祐、佐野大輔
    • Organizer
      第55回日本水環境学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 水系感染症ウイルスの集団内遺伝的多様性がもたらす塩素感受性変化2020

    • Author(s)
      門屋俊祐、浦山俊一、布浦拓郎、中込治、中込とよ子、北島正章、岡部聡、西村修、佐野大輔
    • Organizer
      第23回日本水環境学会シンポジウム
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] スパース変数選択による水中胃腸炎ウイルスのオゾン不活化モデルの構築2020

    • Author(s)
      門屋俊祐、西村修、加藤裕之、佐野大輔
    • Organizer
      第57回下水道研究発表会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Genetic diversity and free chlorine susceptibility of a rotavirus A strain2020

    • Author(s)
      Syun-suke Kadoya
    • Organizer
      Interdisciplinary seminar on mucosal immunology at Tohoku University 2020
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 集団内の遺伝的多様性がもたらすロタウイルス株の遊離塩素感受性変化2020

    • Author(s)
      門屋俊祐、浦山俊一、布浦拓郎、北島正章、岡部聡、中込とよ子、中込治、西村修、佐野大輔
    • Organizer
      第54回日本水環境学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Free Chlorine Sensitivity of Rotavirus Exposed to Repeated Disinfection and Bottleneck Events2019

    • Author(s)
      S. Kadoya, S. Urayama, T. Nunoura, M. Kitajima, T. Nakagomi, O. Nakagomi, S. Okabe, O. Nishimura, D.
    • Organizer
      20th IWA Symposium on Health Related Water Microbiology
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Predictive Water Virology: Hierarchical Bayesian Modeling for Estimating Virus Inactivation Efficiency2019

    • Author(s)
      D. Sano. S. Kadoya
    • Organizer
      20th IWA Symposium on Health Related Water Microbiology
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 遊離・結合塩素による下水処理水中病原ウイルス消毒モデルの構築2019

    • Author(s)
      門屋俊祐, 西村修、加藤裕之、佐野大輔
    • Organizer
      第56回下水道研究発表会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] ウイルスの集団構造的ゆらぎを組み込んだ疫学モデルの構築2019

    • Author(s)
      門屋俊祐, 西村修、佐野大輔
    • Organizer
      第6回環境水質工学シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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