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Comprehensive omics analysis and genome editing for early stage of secondary endosymbiosis

Research Project

Project/Area Number 19J15617
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 44030:Plant molecular biology and physiology-related
Research InstitutionNagahama Institute of Bio-Science and Technology

Principal Investigator

嶺井 隆平  長浜バイオ大学, バイオサイエンス研究科, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥2,100,000 (Direct Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Keywords藻類 / 細胞内共生 / クロレラ / ミドリゾウリムシ / 次世代シーケンサー / ゲノム / トランスクリプトーム / 植物化現象 / 共生クロレラ / 次世代シーケンサー(NGS)
Outline of Research at the Start

植物化現象は、生態的・経済的に重要な珪藻・渦鞭毛藻、ワカメ・コンブなどの褐藻、ユーグレナ藻などを含む、多種多様な光合成真核生物を生み出してきた進化の重要な原動力である。植物化現象のきっかけは宿主の生物と藻類の細胞内共生であるが、本研究では、植物化現象の初期段階であるとされる、ミドリゾウリムシとクロレラの細胞内共生系に対して、次世代シーケンサーから得られる大量のDNA情報の網羅解析とゲノム編集技術を応用することにより、植物化現象のきっかけとなった細胞内共生の遺伝子レベルでのメカニズムの解明を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

生態的・経済的に重要な多種多様な藻類を生み出してきた進化の原動力は植物化現象である。本研究は、植物化現象のきっかけとなった、原生生物と藻類の細胞内共生(二次共生)の初期ステージにおける遺伝子レベルでのメカニズム解明を目的とする。
本年度は、昨年度において共生藻Chlorella variabilisのゲノムとトランスクリプトームを合わせた解析から示唆された、植物化現象のきっかけとなった細胞内共生に関与する各遺伝子について、RNA-seqを用いたトランスクリプトーム解析などから、より詳細な機能についての解析を実施した。本研究では、実験室環境下において非共生状態で、つまり宿主と共生体それぞれ単独での培養方法が確立されており、宿主と共生体の共生関係についての多くは生理学的な知見であるが先行研究が豊富な、宿主ミドリゾウリムシParamecium bursariaとその共生体、共生クロレラC. variabilisの共生系をモデルとして採用している。また、昨年度までは共生体側からのアプローチが中心であったが、P. bursariaのトランスクリプトームを取得することにより、宿主側から共生関係にアプローチできることが可能になった。その結果、パスウェイ・ネットワーク単位でP. bursariaからC. variabilisへの窒素源の供給・同化、C. variabilisのクロロフィルおよびアンテナ色素タンパク質複合体の合成促進、炭素固定の亢進、そしてC. variabilisからP. bursariaへのマルトースの大量供給へといたるメカニズムが明らかになってきた。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2020

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] The Draft Genome Dataset of the Asian Cricket Teleogryllus occipitalis for Molecular Research Toward Entomophagy2020

    • Author(s)
      Kataoka Kosuke、Minei Ryuhei、Ide Keigo、Ogura Atsushi、Takeyama Haruko、Takeda Makio、Suzuki Takeshi、Yura Kei、Asahi Toru
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 11 Pages: 470-470

    • DOI

      10.3389/fgene.2020.00470

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A novel circular ssDNA virus of the phylum Cressdnaviricota discovered in metagenomic data from otter clams (Lutraria rhynchaena)2020

    • Author(s)
      Kim Oanh T. P.、Kagaya Yuki、Tran Hoang S.、Minei Ryuhei、Tran Trang T. H.、Duong Ha T. T.、Le Binh T. N.、Dang Lua T.、Kinoshita Kengo、Ogura Atsushi、Yura Kei
    • Journal Title

      Archives of Virology

      Volume: 165 Issue: 12 Pages: 2921-2926

    • DOI

      10.1007/s00705-020-04819-9

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genomic and Transcriptomic Analyses of Bioluminescence Genes in the Enope Squid Watasenia scintillans2020

    • Author(s)
      Yoshida Masa-aki、Imoto Junichi、Kawai Yuri、Funahashi Satomi、Minei Ryuhei、Akizuki Yuki、Ogura Atsushi、Nakabayashi Kazuhiko、Yura Kei、Ikeo Kazuho
    • Journal Title

      Marine Biotechnology

      Volume: 22 Issue: 6 Pages: 760-771

    • DOI

      10.1007/s10126-020-10001-8

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ロングリードシーケンサーを用いたToxoplasma gondii日本分離株の病原性遺伝子解析2020

    • Author(s)
      谷口 裕二、小倉 淳、嶺井 隆平、永宗 喜三郎、松崎 素道、福本 隼平、鬼頭 克也、高島 康弘
    • Organizer
      第89回日本寄生虫学会大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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