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試験管内再構成された環状DNA複製サイクルにおける転写翻訳反応の共役

Research Project

Project/Area Number 19J20097
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionRikkyo University

Principal Investigator

奈良 聖亜  立教大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2020: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywordsゲノム複製 / 自己複製
Outline of Research at the Start

生命の本質となる現象は、自身の遺伝情報を基に自己を増やす、即ち、自己複製することである。しかし、これまで、細胞が持つ自己複製の仕組みを試験管内で再構成した報告はなされていない。我々は、大腸菌ゲノムの複製システムを試験管内で再構成している。この再構成系は、ゲノムサイズの長大なDNAを増幅できる世界で唯一の複製系である。したがって、本研究では、この複製系と試験管内転写・翻訳反応の共役を行い、細胞が持つゲノムほどの遺伝情報を自己複製するシステムの構築を目指す。これによって、生命の自己複製における必要十分条件を明らかにしたい。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、試験管内で再構成した大腸菌ゲノム複製反応(RCR)と転写・翻訳反応(PURE system)を共役させることによって自己複製システムの構築を目指す。RCRは、25種のタンパク質を用いて大腸菌ゲノム複製システムを再構成した系であり、複製開始起点oriCを含む環状DNAを指数関数的に増幅する反応である。RCRとPURE systemの共役は、RCRに必要な複製タンパク質を遺伝子として有するoriC環状DNA(自己複製ゲノム)を鋳型に、PURE systemを用いて複製タンパク質を産生し、さらに、産生した複製タンパク質を用いて鋳型となった自己複製ゲノムの増幅を導くことで達成される。これまでに、RCRに含まれる複製タンパク質の1つ(複製開始タンパク質DnaA)について、この共役に成功していた。しかし、鋳型ゲノムDNA分子が多数含まれるバルクの反応系では、産生されたDnaA分子が自身の鋳型ゲノムDNA分子以外を複製する可能性があるため、真に自己複製が達成されているとは言い難かった。そこで、油中水滴エマルジョンを用いて反応系を区画化し、1分子の鋳型ゲノムDNA毎に共役反応を行うことを検討した。この時、1分子の鋳型ゲノムDNA上で複製と転写が同時に起こるため、複製装置と転写装置の衝突を解消することが課題であった。既にバルクの共役系において、大腸菌で働く複製と転写の衝突回避機構が鋳型ゲノムDNAの増幅を促進することが明らかになっており、この機構をエマルジョンを用いた共役系にも導入したところ鋳型ゲノムDNAの増幅促進が見られた。この結果は、生命システムの根幹となるゲノムの自己複製を達成するためには複製と転写の協調的な進行が重要になることを示しており、細胞が実際に行う1分子のゲノムDNAを基にした複製・転写・翻訳、すなわちセントラルドグマを試験管内で再現することに繋がる。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] In vitro amplification of whole large plasmids via transposon-mediated oriC insertion2021

    • Author(s)
      Nara, S. and Su'etsugu, M.
    • Journal Title

      BioTechniques

      Volume: 71 Issue: 4 Pages: 528-533

    • DOI

      10.2144/btn-2021-0068

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Amplification of Over 100 kbp DNA from Single Template Molecules in Femtoliter Droplets2021

    • Author(s)
      Ueno,H., Sawada,H., Soga,N., Sano,M., Nara,S., Tabata,K.V., Su’etsugu, M., Noji,H.
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 10 Issue: 9 Pages: 2179-2186

    • DOI

      10.1021/acssynbio.0c00584

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Overcoming the Challenges of Megabase-Sized Plasmid Construction in Escherichia coli2020

    • Author(s)
      Mukai Takahito、Yoneji Tatsuya、Yamada Kayoko、Fujita Hironobu、Nara Seia、Su’etsugu Masayuki
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 9 Issue: 6 Pages: 1315-1327

    • DOI

      10.1021/acssynbio.0c00008

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 大腸菌いらずのセルフリー長鎖DNAクローニング2020

    • Author(s)
      奈良聖亜, 末次正幸
    • Journal Title

      実験医学2020年4月号

      Volume: 38(6) Pages: 1023-1028

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌染色体複製と転写翻訳の協調的進行2022

    • Author(s)
      奈良聖亜、末次正幸
    • Organizer
      第16回日本ゲノム微生物学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Replication-Cycle Reaction法による環境試料からのプラスミドの収集と性状解析2022

    • Author(s)
      一瀬拓海、池田奈菜子、森光矢、奈良聖亜、末次正幸、金原和秀、新谷政己
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌染色体複製再構成系と転写・翻訳系との協調2021

    • Author(s)
      奈良聖亜、末次正幸
    • Organizer
      第17回21世紀大腸菌研究会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Replication-Cycle Reaction法による環境試料中からの環状DNAの収集・解析2021

    • Author(s)
      一瀬拓海、池田奈菜子、森光矢、奈良聖亜、末次正幸、金原和秀、 新谷政己
    • Organizer
      環境バイオテクノロジー学会2021年度大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Replication-Cycle Reaction法による環境試料からの環状DNAの収集・解析2021

    • Author(s)
      一瀬拓海、池田奈菜子、森光矢、奈良聖亜、末次正幸、金原和秀、新谷政己
    • Organizer
      日本微生物生態学会第34回大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Replication-Cycle Reaction法による環境試料中の環状DNAの検出とその塩基配列の解読2021

    • Author(s)
      森光矢、奈良聖亜、 末次正幸、 金原和秀、 新谷政己
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Novel plasmids isolated from natural environmental samples using Replication-Cycle Reaction2020

    • Author(s)
      森光矢、奈良聖亜、末次正幸、金原和秀、新谷政己
    • Organizer
      日本進化学会第22回オンライン大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Novel plasmids were isolated from natural environmental samples using Replication-Cycle Reaction (RCR)2020

    • Author(s)
      Mitsuya Mori, Seia Nara, Masayuki Su’etsugu, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani
    • Organizer
      FEMS Online Conference on Microbiology
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 大腸菌染色体複製サイクル再構成系を基盤とした自己複製システムの構築2020

    • Author(s)
      奈良聖亜, 長谷部友憲, 高田啓, 末次正幸
    • Organizer
      第14回日本ゲノム微生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Replication-Cycle Reaction (RCR) 法を利用した環境試料内に存在する環状プラスミドDNAの増幅とその塩基配列の解読2020

    • Author(s)
      森光矢,奈良聖亜,末次正幸,金原和秀,新谷政己
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 100 kbを超える長鎖環状DNAのセルフリークローニング2019

    • Author(s)
      奈良聖亜, 末次正幸
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Transposon-mediated insertion of oriC for the replication cycle amplification of large DNA2019

    • Author(s)
      Seia Nara and Masayuki Su'etsugu.
    • Organizer
      The 2nd Asian Synthetic Biology Association
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Megabase cloning by utilizing E. coli chromosome vectors2019

    • Author(s)
      Takahito Mukai, Tatsuya Yoneji, Kayoko Yamada, Seia Nara, Masayuki Su'etsugu
    • Organizer
      ICG-14
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複数の複製起点を持つ長鎖環状DNAの試験管内増幅反応における増殖効率について2019

    • Author(s)
      藤田裕寛, 奈良聖亜, 向井崇人, 末次正幸
    • Organizer
      第18回微生物研究会「微生物研究の新しい潮流」
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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