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DNA反応拡散系による階層的なパターンの形成と制御および形態形成への発展

Research Project

Project/Area Number 19J20990
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

安部 桂太  東北大学, 工学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
KeywordsDNAナノエンジニアリング / 分子ロボティクス / DNAコンピューティング / パターン形成 / ハイドロゲル / 分子サイバネティクス
Outline of Research at the Start

パターン形成とは自律的に規則的な模様が現れる現象である.生物の発生過程では複雑なパターン階層的に形成され,生物の体を形作る過程(形態形成)に重要な役割を果たしていることが知られている.本研究ではハイドロゲル中に反応拡散系を構築し,人工的に階層的なパターン形成を行う手法を開発するとともにそのパターンを基とする形態形成の実現を目指す.材料として,反応のプログラムが可能な合成DNAを使用し,DNAによる多段階的な分子計算や拡散の速さが違うDNAとの相互作用をプログラムすることで階層的なパターン形成を実現する.さらに,ハイドロゲルの架橋とDNAの反応を関連付けることで形態形成を実現する.

Outline of Annual Research Achievements

本研究はDNAの相互作用により反応拡散系を構築し,階層的なパターン形成を実現させること,そして形成させたDNAの濃度勾配パターンを形態形成に発展させ,パターン形状に応じたハイドロゲルを構築することで自己組織化による人工物の作製方法を確立することを目的としている.申請時の計画では,本年度は2年目までに構築したパターン形成技術を発展させた形態形成技術の開発を予定していた.
本年度は前年度報告時点で確立したパターン形成の手法を用いた実験結果を整理し,さらにシミュレーション結果と比較した.その成果は現在学術論文としてRoyal Society of Chemistryが企画する雑誌Soft Matterへ投稿し,現在オープンアクセス論文として公開されている.また,この成果に関して複数の国際学会で報告し,研究の発展へ向けた情報収集と意見交換を行った.
さらに,目標としていた形態形成手法への発展のため実験系,材料,ゲル化や拡散制御の手法等のさらなる検討とシミュレーション・実験を重ねた.結果として,拡散の制御やDNAハイドロゲルといった既存の技術との組み合わせによる発展の可能性を調査するとともに,その実証に必要な新たな検証を可能にする実験系を構築することに成功した.
よって本年度は,目標としていた形態形成技術の実現はかなわなかったものの,これまでの実験結果を広く周知して情報交換と新たな手法の検討に尽力し,形態形成技術へと発展させるうえで有用となりうる研究成果が得られた.

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 25 Issue: 25 Pages: 6160-6167

    • DOI

      10.1039/d1sm00296a

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Online Biomolecular Design Competition Across University Boundaries2021

    • Author(s)
      MURATA Satoshi、KUZUYA Akinori、FUJIWARA Kei、TAIRA Junichi、KAWAMATA Ibuki、SATO Yusuke、TAKINOUE Masahiro、M. NOMURA Shin-ichiro、KAKUGO Akira、HORI Yutaka、ABE Keita
    • Journal Title

      Journal of JSEE

      Volume: 69 Issue: 4 Pages: 4_31-4_39

    • DOI

      10.4307/jsee.69.4_31

    • NAID

      130008070459

    • ISSN
      1341-2167, 1881-0764
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Programming Methods for DNA-Based Reaction-Diffusion Systems2020

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata
    • Journal Title

      New Generation Computing

      Volume: 38 Issue: 2 Pages: 379-393

    • DOI

      10.1007/s00354-020-00094-z

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Programming methods for DNA based reaction-diffusion systems (Tutorial Paper), New Generation computing2020

    • Author(s)
      Keita Abe, Murata Satoshi
    • Journal Title

      New Generation computing

      Volume: 未定(受理済み)

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Journal Article] DNA 反応拡散系によりゲル媒質中にパターンを形成するシステムの開発とその発展2019

    • Author(s)
      安部桂太
    • Journal Title

      計測と制御

      Volume: 58 Pages: 816-816

    • NAID

      130007732501

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Cascaded pattern formation in DNA based Reaction-diffusion system2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • Organizer
      FNANO 2021: the 18th Annual Conference on the Foundations of Nanoscience
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cascaded Pattern Formation in DNA-based Reaction-Diffusion System2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • Organizer
      27th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA-based reaction-diffusion system for cascaded pattern formation2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 合成DNAによる反応拡散系のプログラムを用いたハイドロゲル中でのパターン形成2020

    • Author(s)
      安部桂太
    • Organizer
      第3回 非線形科学オンライン研究会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAの重合反応を応用した反応拡散系のプログラムによるハイドロゲル中でのパターン形成2020

    • Author(s)
      安部桂太
    • Organizer
      SICE分子ロボティクス研究会第2回オンライン定例研究会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA反応拡散系におけるパターン形成のカスケード化2020

    • Author(s)
      安部桂太,村田智,川又生吹
    • Organizer
      第4回分子ロボティクス年次大会(併催分子ロボット倫理シンポジウム)
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] Cascaded Pattern Formation in Hydrogel using Reaction-Diffusion System2020

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • Organizer
      26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNAの重合反応を用いた反応拡散系におけるパターン形成2020

    • Author(s)
      Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura and Satoshi Murata
    • Organizer
      第3回分子ロボティクス年次大会(開催予定だったが,中止)
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Programmable DNA reaction-diffusion system for a Voronoi pattern formation in hydrogel2019

    • Author(s)
      Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura and Satoshi Murata
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Programmable DNA reaction-diffusion system for a Voronoi pattern formation in hydrogel2019

    • Author(s)
      Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura and Satoshi Murata
    • Organizer
      CBI学会2019年大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 合成DNAを用いて構築した反応拡散系によるパターン形成2019

    • Author(s)
      Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shin-ichiro M. Nomura and Satoshi Murata
    • Organizer
      第29回非線形系反応と協同現象研究会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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