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エビのゲノムに残された化石ウイルスを復活させる

Research Project

Project/Area Number 19J21518
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 40040:Aquatic life science-related
Research InstitutionTokyo University of Marine Science and Technology

Principal Investigator

川戸 智  東京海洋大学, 海洋科学技術研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2020: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Keywordsクルマエビ / WSSV / 内在性ウイルス配列 / ニマウイルス科 / トランスポゾン / ゲノム / PRDV / PAV / EVE / 内在性ウイルス様配列 / シラエビ
Outline of Research at the Start

ホワイトスポットシンドロームウイルス (WSSV) は、クルマエビ類の養殖における最も深刻な病原体である。我々はこれまでに、クルマエビ類のゲノム中には、WSSVに近縁なウイルス (ニマウイルス)のゲノムが化石化して組み込まれていることを明らかにしてきた。本研究では、この化石ウイルスゲノムを遺伝子工学的手法により再構築し、ウイルス粒子の再生を試みる。これにより、WSSVの感染、複製、および病原性発揮の機構を解明する比較実験材料の確立を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本年度は甲殻類の内在性ウイルス配列探索と解析を中心に行った。
甲殻類複数種の全ゲノムショットガンシーケンスを行い、甲殻類ゲノム中の内在性ウイルス配列を計22本得た。比較解析の結果、宿主ゲノム中への組み込みはニマウイルス科内で広く生じており、とりわけクルマエビ類の内在性ウイルスからなる系統がニマウイルス科でもっとも初期に分岐したことが分かった。内在性ニマウイルスは、甲殻類ゲノム中の反復領域に選択的に組み込まれており、また宿主から獲得した複数の遺伝子をイントロンを保持したまま保有していた。ニマウイルス科の姉妹群とみられる、陸生甲殻類から見出されたウイルス配列も、クルマエビ類の内在性ウイルスと類似した特徴を示した。このことから、宿主ゲノム中への組み込みはニマウイルス科の祖先から受け継がれた性質であることが示唆された。
以上のことを踏まえると、甲殻類ゲノム中の内在性ニマウイルスは、宿主ゲノム中に自らを挿入し、親から子へ垂直伝播することで自己複製を図る、トランスポゾンに似たライフスタイルをとっていると考えられた。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Genome and transcriptome assemblies of the kuruma shrimp, <i>Marsupenaeus japonicus</i>2021

    • Author(s)
      Kawato Satoshi、Nishitsuji Koki、Arimoto Asuka、Hisata Kanako、Kawamitsu Mayumi、Nozaki Reiko、Kondo Hidehiro、Shinzato Chuya、Ohira Tsuyoshi、Satoh Noriyuki、Shoguchi Eiichi、Hirono Ikuo
    • Journal Title

      G3 Genes|Genomes|Genetics

      Volume: 11 Issue: 11

    • DOI

      10.1093/g3journal/jkab268

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome Sequence of Vibrio nigripulchritudo Strain TUMSAT-TG-2018, Isolated from Diseased Pacific White Shrimp, Litopenaeus vannamei2020

    • Author(s)
      Kawato Satoshi、Lu Jian、Nozaki Reiko、Kondo Hidehiro、Hirono Ikuo
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 9 Issue: 49 Pages: 1-3

    • DOI

      10.1128/mra.01206-20

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Draft Genome Sequences of Vibrio atypicus Strains DSM 25292T and TUMSAT12020

    • Author(s)
      Kawato Satoshi、Nozaki Reiko、Kondo Hidehiro、Hirono Ikuo
    • Journal Title

      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 9 Issue: 6 Pages: 1-2

    • DOI

      10.1128/mra.01526-19

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Journal Article] Phylogenetic Analysis with Complete Mitochondrial Genome Sequences of <i>Benedenia seriolae</i> Specimens Derived from Japanese <i>Seriola</i> spp.2019

    • Author(s)
      Kawato Satoshi、Kobayashi Keigo、Shirakashi Sho、Yanagi Soetsu、Fukuda Yutaka、Yamashita Hirofumi、Nozaki Reiko、Hirono Ikuo、Kondo Hidehiro
    • Journal Title

      Fish Pathology

      Volume: 54 Issue: 2 Pages: 27-33

    • DOI

      10.3147/jsfp.54.27

    • NAID

      130007687462

    • ISSN
      0388-788X, 1881-7335
    • Year and Date
      2019-06-15
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] クルマエビのドラフトゲノム2021

    • Author(s)
      川戸智、西辻光希、有本飛鳥、久田香奈子、川満真由美、野崎玲子、近藤秀裕、新里宙也、大平剛、佐藤矩行、將口栄一、廣野育生
    • Organizer
      第21回マリンバイオテクノロジー学会大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 日本産チョウ (ウオジラミ) Argulus japonicusの分子解析2021

    • Author(s)
      川戸智・野崎玲子・横田昌樹・原川明宏・廣野育生・近藤秀裕
    • Organizer
      令和3年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] オオグソクムシ Bathynomus doederleini のミトコンドリアゲノム配列2020

    • Author(s)
      川戸智, 野崎玲子, 近藤秀裕, 廣野育生
    • Organizer
      令和2年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Genomic footprints unveil the evolution of obscure crustacean virus family2019

    • Author(s)
      Satoshi Kawato, Reiko Nozaki, Hidehiro Kondo, Ikuo Hirono
    • Organizer
      Joint Conference of the 12th International Marine Biotechnology Conference and the 12th Asia Pacific Marine Biotechnology Conference
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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