| Project/Area Number |
19J22686
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 45040:Ecology and environment-related
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| Research Institution | University of the Ryukyus |
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Principal Investigator |
小林 大純 琉球大学, 理工学研究科海洋環境学専攻, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2019-04-25 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
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| Keywords | 適応 / ノコギリハゼ科 / カワアナゴ科 / 系統 / 洞窟 / ハゼ目 / 両側回遊 / 洞窟性生物 / ゲノミクス / 退化 |
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| Outline of Research at the Start |
近年遺伝的同化が進化に果たした役割が再認識されつつあるが，これを野外で分子基盤を解明した研究はない．申請者の研究で，カワアナゴ科魚類には地上と洞窟の両環境に応じて表現型を変化させる種が存在し洞窟性種の進化に表現系可塑性が関与した可能性が示唆された．本研究では，本科魚類における遺伝的同化仮説を検証するため，まず本科各種の全ゲノム配列を決定し種系統樹を解明する．次に本科各種の表現型可塑性の程度を共通環境実験によって評価し可塑性の進化過程について考察する．さらに発現変動遺伝子解析を行い可塑性の進化の分子基盤を解明する．また適応形質の祖先形質推定を行い，洞窟性種の進化史における前適応の要否を検討する．
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は当時の社会状況の影響を受けて変更された研究計画に基づき，本研究対象のカワアナゴ科，ノコギリハゼ科の外群となる近縁種（7属12種）を琉球列島（沖縄島・石垣島・西表島）および日本本土（九州・本州）で収集し，うち特に近縁なカワアナゴ科とノコギリハゼ科7種（カワアナゴ属4種，ジャノメハゼ属3種）の全ゲノムリシーケンス配列を次世代シーケンサーによって新規で取得した．得られたリシーケンスデータおよび昨年までの解析で得られた4種（カワアナゴ属3種およびジャノメハゼ属1種）のリシーケンスデータを，昨年までに作成されたテンジクカワアナゴのリファレンスゲノムおよび先行研究で公開されている中国産ジャノメハゼのリファレンスゲノムにそれぞれマッピングし，各種のミトコンドリアゲノムと全ゲノムSNPsのデータをそれぞれ取得した．これらのデータを統合し，ゲノム規模での系統樹を各属で構築することやPSMCによる種ごとの集団動態推定を行うことができ，現在より詳細な解析を進めている．また，これらの解析の過程で，ジャノメハゼ属と関連する近縁な2属（ホシマダラハゼ属，Paloa属）にそれぞれ未記載種と日本未記録種が発見され，カワアナゴ，ジャノメハゼの各属内にもそれぞれ1種の隠蔽種が発見された．本年度はこれらについても分類学的再検討を完了し，上記の系統解析で洞窟性種と比較すべき集団の再定義と形態データの追加取得を行うことができた．
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| Research Progress Status |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和3年度が最終年度であるため、記入しない。
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