Computational studies on non-enzymatic stereoinversion mechanisms of amino acid residues in proteins
| Project/Area Number |
19J23595
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
|
| Allocation Type | Single-year Grants |
|---|
| Section | 国内 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 47020:Pharmaceutical analytical chemistry and physicochemistry-related
|
|---|
| Research Institution | Meijo University |
|---|
Principal Investigator |
仲吉 朝希 名城大学, 薬学研究科, 特別研究員(DC1)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2019-04-25 – 2022-03-31
|
| Project Status |
Declined (Fiscal Year 2021)
|
| Budget Amount *help |
¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2020: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
|
|---|
| Keywords | D-アミノ酸 / 非酵素的反応 / 量子化学計算 / 分子動力学シミュレーション |
|---|
| Outline of Research at the Start |
量子化学計算を用いてアミノ酸残基の立体反転経路の探索を行い、アミノ酸残基の立体反転機構を解明する。生体内には水分子やカルボン酸、無機リン酸などの低分子化合物、さらには金属イオンが有意量存在するため、これらの触媒能についても評価する。また、D-アミノ酸残基を含むタンパク質の立体構造を予測し、アミノ酸残基の立体反転がタンパク質の立体構造や柔軟性にどのような影響を及ぼすか検討する。さらに、タンパク質中のD-アミノ酸残基を認識してL-アミノ酸残基へ変換する修復酵素がD-アミノ酸残基を特異的に認識する機構について解明する。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
令和二年度は、Asp残基の両末端をアセチル (Ac) 基およびメチルアミノ (Nme) 基でそれぞれキャップした分子 (Ac-Asp-Nme) を用い、立体反転中間体であるスクシンイミド (Suc) 中間体が形成されるまでの反応機構を量子化学計算によって解析した。計算の結果、水2分子が触媒として作用することによって実験データを再現する活性化エネルギーで進行することが示された。反応計算は真空中と水中における場合の両方を行った。両者の活性化エネルギーに大きな差は見られなかったが、反応様式においてはいくつか異なる点が見出された。また、Asp残基のC末端側にグリシン (Gly) 残基とアラニン (Ala) 残基を追加したジペプチドにおけるSuc形成機構についても解析を行った。前者の場合、活性化エネルギーはAc-Asp-Nmeを用いた場合と同等であったが、後者の場合、活性化エネルギーはAc-Asp-Nmeを用いた場合よりかなり高い値となった。後者の活性化エネルギーについては実験値と乖離しているため、今後追加検討を行い、実験データを再現する反応経路の特定を行う予定である。
さらに、L-isoAsp, D-Asp含有ペプチドを基質として認識する酵素PIMT の基質認識機構の解析を試みた。L-isoAsp, D-Asp含有ペプチドをPIMTに対してドッキングし、得られた構造に対して分子動力学シミュレーションを行うことによって複合体の溶液構造を取得した。計算の結果、実験データを定性的に再現する結果を得ることができ、水素結合および疎水性接触の多寡がPIMTの基質認識や親和性に寄与することが示唆された。さらに、PIMTの基質とならないことが知られているL-Asp残基およびD-isoAsp残基についても同様の解析を行った結果、これらのペプチドとPIMTの間の水素結合および疎水性接触は基質ペプチドとPIMTの間水素結合および疎水性接触と比較して少なく、これらがL-Asp残基およびD-isoAsp残基がPIMTの基質とならない理由であると推定された。
|
| Research Progress Status |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
翌年度、交付申請を辞退するため、記入しない。
|
Report
(2 results)
Research Products
(57 results)
-
-
-
[Journal Article] Functional assessment of 12 rare allelic CYP2C9 variants identified in a population of 4773 Japanese individuals.2021
Author(s)
Kumondai M, Ito A, Gutierrez Rico EM, Hishinuma E, Ueda A, Saito S, Tadaka S, Kinoshita K, Nakayoshi T, Oda A, Maekawa M, Nariyasu M, Hirasawa N, Hiratsuka M.
-
Journal Title
J. Pers. Med.
Volume: 11
Issue: 2
Pages: 94-94
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Functional characterization of 40 CYP3A4 variants by assessing midazolam 1′-hydroxylation and testosterone 6β-hydroxylation.2021
Author(s)
Kumondai M, Gutierrez Rico EM, Hishinuma E, Ueda A, Saito S, Saigusa D, Tadaka S, Kinoshita K, Nakayoshi T, Oda A, Abe A, Maekawa M, Nariyasu M, Hirasawa N, Hiratsuka M.
-
Journal Title
Drug. Metab. Dispos.
Volume: 49
Issue: 3
Pages: 212-220
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] バヌアツ及びケニア人集団におけるCYP2D6遺伝子多型およびデキストロメトルファンO-脱メチル化活性によるバリアント酵素の機能変化解析2019
Author(s)
Evelyn Gutierrez Rico, Aoi Kikuchi, Takahiro Saito, Masaki Kumondai, Eiji Hishinuma, Akira Kaneko, Chim Wai Chan, Jesse Gitaka, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Sakae Saito, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Organizer
日本薬物動態学会第34年会
Related Report
-
-
-
