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計算-実験統合型アプローチによる含窒素ヘテロ環式化合物の酵素的合成法の確立

Research Project

Project/Area Number 19J23697
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Review Section Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
Research InstitutionUniversity of Shizuoka

Principal Investigator

本山 智晴  静岡県立大学, 薬食生命科学総合学府, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2019-04-25 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
KeywordsTDH / KBL / Cupriavidus necator / EDMP / Pyrazine synthesis / L-threonine / 含窒素ヘテロ環式化合物 / ピラジン / 3-エチル-2,5-ジメチルピラジン / L-スレオニン / L-スレオニン脱水素酵素 / 2-アミノ-3-ケトブチル酸CoAリガーゼ / ピラジン化合物 / X線結晶構造解析
Outline of Research at the Start

生物に広く存在し、香料や医薬品でもあるピラジン化合物は、非酵素的に産生されると考えられていた。しかし、いくつかの細菌において、ピラジン生合成経路の存在が示唆されている。その生合成経路に関わる酵素を同定・応用利用することができれば、酵素法によりピラジンなどの含窒素ヘテロ環式化合物を合成することが可能になる。
申請者は、短鎖型L-スレオニン脱水素酵素 (TDH) に加え、新たにピラジン合成酵素 (PyrS) を複数の細菌のゲノム上に見出し、PyrSがTDHの代謝物からピラジンを合成することを発見した。そこで本研究では、これら酵素を組み合わせて含窒素ヘテロ環式化合物の酵素的合成法の確立を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

Cupriavidus necator由来L-threonine 3-dehydrogenase (CnTDH) および2-amino-3-ketobutyrate CoA ligase (CnKBL) が関与する、L-Thrを起点とした3-ethyl-2,5-dimethylpyrazine (EDMP) 合成機構の解明およびその知見をもとにしたピラジンの化学酵素的合成を目指した研究を行った。2021年度は、1. 二機能性を有するCnKBLの反応速度論解析、2. CnKBLのX線結晶構造解析による二機能性の起源の解明、3. TDHとKBLが関与するL-Thrを起点としたEDMP合成機構の推定、4. 化学酵素的に合成されるEDMPの収率の決定、5. 一連の研究から得られた知見をもとにした多様なピラジンの化学酵素的合成を行った。
今年度の研究およびこれまでの研究成果を総合することで、L-Thrを起点とするEDMP合成機構の解明および多様なピラジンの化学酵素的合成に成功した。さらに、他の生物種由来のKBLもCnKBLと同様にKBL活性とTA活性の二機能性を有していることを確認しているため、TDHとKBLが関与するEDMP合成機構は、tdhおよびkbl遺伝子が保存されている生物種において共通する機構であると考えられる。以上の研究成果は、申請者が筆頭著者としてCommunications Chemistry誌に発表済みである。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Chemoenzymatic synthesis of 3-ethyl-2,5-dimethylpyrazine by L-threonine 3-dehydrogenase and 2-amino-3-ketobutyrate CoA ligase/L-threonine aldolase2021

    • Author(s)
      3)Motoyama T., Nakano, S., Hasebe F., Miyata, R., Kumazawa, S., Miyoshi, N., and Ito, S.
    • Journal Title

      Communications Chemistry

      Volume: 4 Pages: 108-108

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Protein Sequence Selection Method That Enables Full Consensus Design of Artificial l-Threonine 3-Dehydrogenases With Unique Enzymatic Properties2020

    • Author(s)
      Motoyama T., Hiramatsu N., Asano Y., Nakano S., Ito S.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Issue: 40 Pages: 3823-3833

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00570

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] L-スレオニンを起点とするピラジン生合成機構の解明とその応用2021

    • Author(s)
      本山智晴、中野祥吾、長谷部文人、宮田椋、熊澤茂則、三好規之、伊藤創平
    • Organizer
      日本生物工学会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Chemoenzymatic reaction to synthesize alkylpyrazines from metabolites of L-threonine2021

    • Author(s)
      Motoyama Tomoharu, Nakano Shogo, Hasebe Fumihito, Miyoshi Noriyuki, Ito Sohei
    • Organizer
      Pacifichem
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] L-アミノ酸を起点とするピラジン合成酵素群の発見とその解析2019

    • Author(s)
      本山智晴、中野祥吾、山本雄大、常盤広明、浅野泰久、伊藤創平
    • Organizer
      第71回日本生物工学会大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Elucidation of product release mechanism associated with structural changes in L-threonine 3-dehydrogenase2019

    • Author(s)
      Tomoharu Motoyama, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Hiroaki Tokiwa, Yasuhisa Asano, Sohei Ito
    • Organizer
      ACS Fall 2019 National Meeting & Exposition
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2019-05-29   Modified: 2024-03-26  

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