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Statistical mechanics of nonlinear evolutionary dynamics with a large degree of freedom

Research Project

Project/Area Number 19K03650
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 13010:Mathematical physics and fundamental theory of condensed matter physics-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Tokita Kei  名古屋大学, 情報学研究科, 教授 (00263195)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords腸内細菌叢 / 生態系 / 種間相互作用 / ネットワーク / ランダム行列 / 種の豊富さのパターン / 大自由度 / 非線形 / 進化力学系 / 相互作用 / 微生物叢 / カオス / Lotka-Volterra方程式 / レプリケーター・ミューテーター方程式 / 統計力学 / 進化ダイナミクス / 種個体数分布 / 生物多様性 / 多様性 / 進化 / ダイナミクス
Outline of Research at the Start

物理学、生物学、情報科学、社会科学、経済学などの様々な分野で研究されている巨大システムに注目し、多種多数の主体が複雑な相互作用を介して影響し合いながらその個体数などを変動させ時間発展する大自由度非線形進化力学系の巨視的性質を、統計力学的手法や計算物理学的手法を用いて解明する。特に、これまで申請者が進化力学系に適用してきた数理物理学的手法を適用することにより、生態系、免疫系、経済システムなどの様々な現実の進化力学系に共通に見出されてきた多様性のパターン、種個体数分布、種数面積関係などの巨視的なパターンが生み出されるメカニズム、特に環境や種などの性質を表すパラメータに対する依存性を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

We analyzed murine intestinal microbiota data and discovered characteristics of OTU interactions and the microbiota network. Furthermore, by simulating the replicator-mutator equation, we found that the species exhibit chaotic dynamics, including a resurgence after a decrease in abundance to below the detection limit. We also found that the abundance pattern of the species is of the geometric series type discovered by Isao Motomura in 1930. These results were presented as an invited talk at the International Conference on Biophysics (ICBP2023).

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

マウス腸内細菌叢のOTU間相互作用がこれまでさまざまな数理モデルで仮定されてきたランダム行列に近いものであることを示唆しており,統計力学,数理生物学における重要な仮説を検証したことになっている.また,各OTUの役割分担についても重要な示唆を得た.さらに,腸内細菌叢の種の豊富さのパターンが水系生態系等で観測されるものと同様の幾何級数型になることを強く示唆する結果を得た.これらの成果は,実証生物学,理論生物学,データ科学の融合領域における新たな発見という意味で学術的意義があると考えている.腸内細菌とホストの疾患との関係の探求に対しても重要な示唆を与えており,社会的意義は深いと考えている.

Report

(6 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (28 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 7 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 国立釜山大学(韓国)

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      Kei Tokita
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      Volume: 1 Pages: 1398-1401

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      時田恵一郎
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      Volume: 1 Pages: 1-4

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  • [Journal Article] Lattice protein design using Bayesian learning2021

    • Author(s)
      Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 104 Issue: 1

    • DOI

      10.1103/physreve.104.014404

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    • Author(s)
      時田恵一郎,佐藤純
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      第26回交通流と自己駆動粒子系シンポジウム論文集

      Volume: 26 Pages: 1-4

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  • [Journal Article] アリ・アブラムシ系の個体群ダイナミクス -共生と捕食のスイッチング-2020

    • Author(s)
      中井貴生,時田恵一郎
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      数理解析研究所講究録

      Volume: 2166 Pages: 54-58

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  • [Journal Article] 腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析2020

    • Author(s)
      田口優真,時田恵一郎
    • Journal Title

      数理解析研究所講究録

      Volume: 2166 Pages: 72-76

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  • [Presentation] Are the interactions in the bacterial flora network random?2023

    • Author(s)
      Kei Tokita
    • Organizer
      The 8th CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology
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  • [Presentation] Parameter Estimation of Population Dynamics of Bacterial Flora and Rank Abundance Relationships Using Real Data2023

    • Author(s)
      Kei Tokita, Kazuo Hashimi, Rie Sawado, Shuhei Takizawa, Miho Fujimori, Takumi Shinkai
    • Organizer
      International Conference on Biological Physics (ICBP2023) , Seoul, Korea
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  • [Presentation] 群集生態学理論と細菌叢データを用いた検証2023

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      時田恵一郎
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      2023年度 非平衡・多階層・複雑系研究会,早稲田大学
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  • [Presentation] 実データを用いた微生物相互作用の推定2023

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      時田恵一郎
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  • [Presentation] May’s dream: the interactions in biological networks were random matrices after all2023

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      Kei Tokita
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      AROB-ISBC-SWARM 2023
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  • [Presentation] 生物ネットワークの相互作用はランダムか?2023

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      時田恵一郎
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      2023年電子情報通信学会総合大会
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      Kei Tokita
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  • [Presentation] Cavity 法による格子タンパク質模型のデザイン2022

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      高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
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      日本物理学会第77回年次大会
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  • [Presentation] 進化の大規模モデルに対する統計力学的解析II2022

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      田口優真, 時田恵一郎
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      日本物理学会第77回年次大会
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  • [Presentation] 大規模群集モデルに対応したパラメータ推定手法2021

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      田口優真,時田恵一郎
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      第68回日本生態学会大会
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  • [Presentation] 水の効果を外場とした格子タンパク質の経験ベイズ法によるデザイン2021

    • Author(s)
      高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
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      日本物理学会第76回年次大会
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  • [Presentation] 大自由度非線形進化力学系への統計力学的手法の応用2021

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      田口優真,時田恵一郎
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      第6回数理生物学交流発表会
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  • [Presentation] 宍道湖・中海生態系の数理モデリング2021

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      時田恵一郎,川元琢,坂野鋭
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      第28回汽水域研究発表会
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  • [Presentation] 生物進化の渋滞モデルと種個体数分布2020

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      時田恵一郎,佐藤純
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      第26回交通流と自己駆動粒子系シンポジウム
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      田口優真,時田恵一郎
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  • [Presentation] 経験ベイズ推定を用いた水の効果の最適化によるタンパク質デザイン2020

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      高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
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      日本物理学会2020年秋季大会
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  • [Book] Creative Complex Systems2021

    • Author(s)
      Atsushi Yamauchi, Kei Tokita, Toshiyuki Namba, Tae-Soo Chon
    • Total Pages
      429
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      9789811644573
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  • [Remarks] 研究者総覧

    • URL

      https://profs.provost.nagoya-u.ac.jp/html/100006995_ja.html?k=%E6%99%82%E7%94%B0#item_knkyu_prsn_2

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URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2025-01-30  

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