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反応分子動力学法を用いた炭素構造体中の過冷却水のダイナミクス解析

Research Project

Project/Area Number 19K05209
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 28030:Nanomaterials-related
Research InstitutionKyoto Institute of Technology

Principal Investigator

水口 朋子  京都工芸繊維大学, 材料化学系, 准教授 (90758963)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsカーボンナノチューブ / 動的反応力場 / 分子動力学シミュレーション / 反応分子動力学法 / 炭素構造体 / ナノ空間 / 閉じ込め系 / 過冷却水
Outline of Research at the Start

疎水性細孔中における過冷却水の構造およびダイナミクスを、化学反応を取り入れた分子動力学シミュレーションで解析する。親水性のシリカ細孔における結果と比較することで、界面の性質が過冷却水の物性に及ぼす影響を、原子レベルで明らかにする。シミュレーションの結果を実験へとフィードバックすることで、細孔内実験で得られた結果のより正確な解釈を可能とし、今後の細孔材料の開発に役立てることを目指す。界面の影響を考慮した上で低温の水の性質を調べることにより、細孔内実験で観測される過冷却水の異常な振る舞いのメカニズム解明に繋げる。

Outline of Annual Research Achievements

多くの理論的・実験的研究により、閉じ込められた水の特性はバルク水の特性と大きく異なることが分かっている。イオンチャネルやドラッグデリバリーなど様々な応用のために、閉じ込めが水に与える影響を適切に評価することは重要である。本課題では、炭素構造体中の過冷却水を対象とした分子動力学(MD)シミュレーションを実行し、界面の水への影響を明らかにすることで、細孔内実験で観測される過冷却水の異常な振る舞いのメカニズム解明を目指す。まずは、炭素構造体として単層カーボンナノチューブ(SWCNT)を用い、動的反応力場(ReaxFF)による計算を行った。ReaxFFは量子化学計算レべルで作られたパラメータを用いることで、原子間結合の開裂・再結合の古典MDにおける取り扱いを可能にし、界面を含めたシステムを精度良く計算することができる。今年度は、本格的な計算に入る前に、4つのReaxFFパラメータの比較を行い、その適性を確認した。水中にSWCNTを配置して、300 K,1気圧で計算を実施したところ、パラメータによって水がSWCNT内に流入する速度が違うことを明らかにした。2つの力場では速やかにSWCNT内に水が流入した。残る2つの力場の一方は、時間をかけてゆっくりと水が流入していく様子が見られた。最後の力場は水が流入しなかったため、水をCNT内に詰めた状態から始めたところ、水が流出した。実験によると、水は自発的にCNT内に流入することが分かっている。このことから、最後の力場はCNT内の水を扱うモデルとしては適切でないと判断した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究の目的は、細孔内実験で観測される過冷却水の異常な振る舞いのメカニズム解明に向けて、界面の水に対する影響を精緻に明らかにすることである。そのために、疎水性細孔のモデルとしての炭素構造体中の水のシミュレーションを行う。まずは、炭素構造体としてカーボンナノチューブ(CNT)を採用し、動的反応力場(ReaxFF)を使用して簡単な計算を行った。その目的は妥当な力場を選択するためである。申請者は、本課題に関連した研究として、すでに親水性細孔のモデルとしてメソポーラスシリカを用いたReaxFFシミュレーションを行っている。その中で、実験値を再現するのに力場パラメータの選択が非常に重要であることが分かっている。そこで、CNTでの本計算を始める前に、複数の力場パラメータを用いてCNT内への水の流入速度の比較を行った。その結果から、本格的な計算を始める前に、今回の系に適切な力場を選択することに成功した。今後は、選んだ力場を用いて、計算を実行するのみである。

Strategy for Future Research Activity

適切な力場が選択できたため、今後は長時間のシミュレーションを実行し、親水性細孔に使用した解析手段を用いて、界面からの影響を調べる。まずは、常温の水についての解析を行い、実験値と比較する。次に、温度を下げていき、過冷却水で実験と同じ現象が見られるかを確認する。さらに、界面からの水への影響が、温度とともにどう変わるかを明らかにする。その際、水素結合ネットワークの変化に着目する。親水性細孔でも水素結合の解析を行ったが、ネットワークの解析は難しいため、浅い理解に留まっていた。本課題では、機械学習を利用した水素結合ネットワークの解析を試みる予定である。また、炭素構造体の別のモデルとして、ダイヤモンドライクカーボン(DLC)構造体を作成する。自ら作成したDLC構造体の構造については、妥当性について検証が必要である。実験との比較だけでは不十分であるので、第一原理的な計算と組み合わせる。DLCは、炭素原子の結合形式や水素原子の含有量によって性質が大きく変わるため、複数の構造でシミュレーションを行うことによって、界面の性質の違いが水へ与える影響について、体系的に理解することが可能であると考える。

Report

(1 results)
  • 2019 Research-status Report

Research Products

(8 results)

All 2019

All Journal Article Presentation

  • [Journal Article] Hydrogen bond analysis of confined water in mesoporous silica using the reactive force field2019

    • Author(s)
      Mizuguchi Tomoko、Hagita Katsumi、Fujiwara Susumu、Yamada Takeshi
    • Journal Title

      Molecular Simulation

      Volume: 45 Pages: 1437-1446

    • DOI

      10.1080/08927022.2019.1652740

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular dynamics study on DNA damage by tritium disintegration2019

    • Author(s)
      Nakamura Hiroaki、Miyanishi Hisanori、Yasunaga Takuo、Fujiwara Susumu、Mizuguchi Tomoko、Nakata Ayako、Miyazaki Tsuyoshi、Otsuka Takao、Kenmotsu Takahiro、Hatano Yuji、Saito Shinji
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 59 Issue: SA Pages: SAAE01-SAAE01

    • DOI

      10.7567/1347-4065/ab460d

    • ISSN
      0021-4922, 1347-4065
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Icosahedral order in liquid and glassy phases of cyclohexane2019

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Soichi Tatsumi, and Susumu Fujiwara
    • Organizer
      The 5th International Conference on Molecular Simulation
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Hydrogen bond analysis of confined water in mesoporous silica using the reactive force field2019

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Katsumi Hagita and Susumu Fujiwara
    • Organizer
      The 5th International Conference on Molecular Simulation
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Icosahedral order in liquid and glassy phases of cyclohexane2019

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Soichi Tatsumi and Susumu Fujiwara
    • Organizer
      2019 International Workshop on Glass Physics in Beijing
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] メソポーラスシリカ中の水に関する反応分子動力学計算2019

    • Author(s)
      水口朋子、萩田克美、藤原進
    • Organizer
      プラズマシミュレータシンポジウム2019
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Hydrogen bond analysis of confined water in nanoporoussilica using molecular dynamics simulations2019

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Katsumi Hagita and Susumu Fujiwara
    • Organizer
      APSMR 2019 Annual Meeting
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Hydrogen bond analysis of confined water in nanoporous silica using the reactive force field2019

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Katsumi Hagita, Susumu Fujiwara and Takeshi Yamada
    • Organizer
      XXVI Sitges Conference on Statistical Mechanics
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2021-01-27  

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