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Dynamics in polypeptides and its regulation: Cell transport and amyloid formation

Research Project

Project/Area Number 19K05394
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionHimeji Dokkyo University

Principal Investigator

岡村 恵美子  姫路獨協大学, 薬学部, 教授 (00160705)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 安岐 健三  姫路獨協大学, 薬学部, 助教 (50714945)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords超精密計測 / 生物物理 / リアルタイム解析 / NMR / アミロイド形成 / 細胞輸送
Outline of Research at the Start

本研究ではNMRを「生きた」細胞に応用して、細胞への薬物輸送の非侵襲計測法を確立する。磁場勾配で細胞の内外を識別し、薬物の結合量を“その場”定量する。時間分解計測により、薬物の輸送過程をリアルタイムで捉える。そのうえで、薬物の「結合・解離速度」、「拡散速度」、「透過速度」を明らかにする。ポリペプチドを対象とした薬物輸送ライブラリーを構築し、NMRと計算による細胞への「薬物輸送の予測・制御」を行う。さらに、アミロイドの形成過程をNMRでリアルタイム計測する。「凝集初期中間体の捕捉とその動態」、「線維形成の制御機構」を原子レベルで明らかにし、線維化を阻害する新たな創薬のシーズを探索する。

Outline of Annual Research Achievements

1. アミロイド形成初期過程のNMR計測
前年度までの研究で明らかになったフッ素核を用いたNMR(19F NMR)の利点を引き続き活用し、令和5年度は、アミロイドβ (Aβ)フラグメントと同様に線維化を引き起こし、パーキンソン病の発症に関係すると言われるタンパク質・αシヌクレイン71-82フラグメントを用いて、19F NMR で繊維化の引き金となる初期凝集過程の計測および部位による凝集挙動を解析した。前年度に、αシヌクレイン71-82フラグメント中に存在するバリン残基のうちバリン77残基をフッ素化アミノ酸で置換すると初期凝集が著しく抑えられることを見出したことから、バリン77をアラニンに置換した配列(V77A)がαシヌクレイン71-82フラグメントの凝集を阻害するのではないかと予測して検証を行なった。N末端をフッ素化アミノ酸でラベルしたαシヌクレイン71-82フラグメントを用いて、19F NMR計測を行ったところ、V77Aを加えるとシヌクレインの凝集の進行が格段に遅くなることがリアルタイムで明らかとなった。この結果は創薬の手がかりになると予想されることから、今後、成果を論文にまとめる予定である。

2. In-cell NMRによる膜透過
本年度は、前年度に引き続き、良好な細胞膜透過性を有し、かつ、毒性の低いペプチド配列の設計をめざしたペネトラチンアナログについて19F NMRによる検討を継続した。その結果、細胞毒性を小さくするため のアミノ酸配列を見出した。今後、さらに膜透過性の向上を目指した配列の設計を行う予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究期間中にコロナ禍で研究室への出入りが制限され、当初の研究計画に遅れが生じたが、令和4年度以降は研究の進展が見られ、遅れは徐々に解消されつつある。

Strategy for Future Research Activity

1. αシヌクレイン フラグメントペプチドの初期凝集を阻害する条件と創薬に向けた阻害物質の検討
NMRリアルタイム計測を用いて、αシヌクレイン71-82フラグメントペプチドを対象に、線維形成を阻害する過程を解析し、阻害物質が凝集に至るどの過程を制御するのかを明らかにしていく。

2. In-cell 19F NMRによる有効で毒性の少ない膜透過ペプチドの開発
疎水性のアミノ酸残基を含む塩基性ペプチドをデザインして、良好な細胞膜透過性を有し、かつ、毒性の低いペプチド配列について引き続き検討する。令和5年度に行った研究において、細胞毒性を小さくするため のアミノ酸配列を見出したことから、今後、さらに膜透過性の向上を目指した配列の設計を行う予定である。

Report

(5 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2023 2022 2021 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Real-Time 1H NMR Reveals Position and Sequence Dependences of Amino Acid Isomerization in Amyloid Beta Fragments in Situ2022

    • Author(s)
      K. Aki, E. Okamura
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 364 Pages: 120050-120050

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2022.120050

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Real-Time in-Situ 1H NMR of Reactions in Peptide Solution: Preaggregation of Amyloid-beta Fragments Prior to Fibril Formation2020

    • Author(s)
      E. Okamura, K. Aki
    • Journal Title

      Pure and Applied Chemistry

      Volume: 92 Issue: 10 Pages: 1575-1583

    • DOI

      10.1515/pac-2019-1201

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Side-chain conformers to allow conversion from normal to isoaspartate in age-related proteins and peptides2020

    • Author(s)
      K. Aki, E. Okamura
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta-Proteins and Proteomics

      Volume: 1868 Issue: 11 Pages: 140483-140483

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2020.140483

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isomerization of aspartyl residue in amyloid beta fragments: The kinetics by real-time 1H NMR under neutral and basic conditions2020

    • Author(s)
      K. Aki, E. Okamura
    • Journal Title

      Journal of Solution Chemistry

      Volume: 49 Issue: 11 Pages: 1293-1303

    • DOI

      10.1007/s10953-020-01018-7

    • Related Report
      2020 Research-status Report 2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Cell entry of amphiphilic membrane-permeable peptides and its analogs by real-time 19F NMR2023

    • Author(s)
      Emiko Okamura, Kenzo Aki
    • Organizer
      13th International Congress on Membranes and Membrane Processes (ICOM2023)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞膜透過機構の解明を目指した実験と溶液理論の接点の一例2022

    • Author(s)
      ◯原野雄一、安岐健三、岡村恵美子
    • Organizer
      日本膜学会第44年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Real-time 19F NMR of peptides in solution ~ Preaggregation of amyloid-β and α-synuclein, and cell entry of membrane-permeable peptides ~2022

    • Author(s)
      Emiko Okamura
    • Organizer
      37th International Conference on Solution Chemistry
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 両親媒性ペプチド・ペネトラチンとその置換体の細胞への取り込み :In-cell NMRによる検討2022

    • Author(s)
      ◯岡村恵美子、安岐健三
    • Organizer
      膜シンポジウム2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ペプチドが関与する反応のリアルタイム in-situ NMR:溶液系から細胞系まで2021

    • Author(s)
      安岐健三・○岡村恵美子
    • Organizer
      日本膜学会第43年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 脂質膜表面の運動状態と麻酔剤セボフレンの吸収に関する多核NMR解析: コレステロールによる吸収阻害と脂肪酸による吸収改善2021

    • Author(s)
      森彩衣・八幡紘未・中川大志・安岐健三・○岡村恵美子
    • Organizer
      日本油化学会第60年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Real-time peptide reactions by solution NMR: Preaggregation in amyloid-β fragment and cell entry of membrane-permeable peptide2021

    • Author(s)
      Emiko Okamura
    • Organizer
      Pacifichem2021
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] アスパラギン酸残基の異性化と側鎖の立体配座2020

    • Author(s)
      安岐 健三、髙木 脩平、岡村 恵美子
    • Organizer
      日本薬学会関西支部大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] アミロイドβ断片中におけるアミノ酸異性化の速度の比較 ~リアルタイム1H NMRによる複数残基同時測定を用いて~2020

    • Author(s)
      安岐健三、岡村恵美子
    • Organizer
      日本薬学会 第140年会(京都)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] コレステロール含有リン脂質二分子膜の動的構造に及ぼす飽和・不飽和脂肪酸の影響と薬物吸収2019

    • Author(s)
      中川大志、森彩衣、八幡紘未、安岐健三、岡村恵美子
    • Organizer
      日本膜学会第41年会(東京)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Real-Time in-Situ NMR of Biologically Relevant Reactions in Peptide Solution: Spontaneous Peptide Bond Cleavage of Aspartyl Isomers and Preaggregation of Amyloid-β Fragments2019

    • Author(s)
      E. Okamura
    • Organizer
      The 36th International Conference on Solution Chemistry (Xining, China)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The Kinetics of Amino Acid Isomerization in Amyloid Beta Fragments Quantified by Real-Time 1H-NMR2019

    • Author(s)
      K. Aki, E. Okamura
    • Organizer
      The 36th International Conference on Solution Chemistry (Xining, China)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Side-Chain Conformers of Aspartyl Residues to Allow Conversion from L-α- to D-β- or L-β-Aspartate in Age-Related Proteins and Peptides2019

    • Author(s)
      E. Okamura, K. Aki
    • Organizer
      The 4th International Conference on D-Amino Acid Research (Tokyo, Japan)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] KINETICS OF PEPTIDE BOND CLEAVAGE AND ISOMERIZATION AT ASPARTYL RESIDUE USING REAL-TIME NMR SPECTROSCOPY2019

    • Author(s)
      K. Aki, E. Okamura
    • Organizer
      The 4th International Conference on D-Amino Acid Research (Tokyo, Japan)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] コレステロール含有リン脂質膜の動態と薬物吸収―飽和・不飽和脂肪酸の効果に関するNMR解析―2019

    • Author(s)
      森彩衣・八幡紘未・中川大志・安岐健三・岡村恵美子
    • Organizer
      日本油化学会第58回年会(東京)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] アミロイドβフラグメント中におけるアミノ酸の異性化 ~1H-NMRによる複数アミノ酸残基同時測定と速度論解析~2019

    • Author(s)
      安岐健三、岡村恵美子
    • Organizer
      第42回溶液化学シンポジウム(仙台)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] Real-Time NMR Spectroscopy of Biologically Relevant Reaction: Preaggregation of Amyloid-β Fragments Prior to Fibril Formation2019

    • Author(s)
      E. Okamura
    • Organizer
      OKINAWA COLLOIDS 2019 (Nago, Okinawa, Japan)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] NMRによる膜の動態と薬物吸収: コレステロールによる阻害と不飽和脂肪酸による吸収改善2019

    • Author(s)
      岡村恵美子、森彩衣、八幡紘未、中川大志、安岐健三
    • Organizer
      膜シンポジウム2019(大阪)
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Remarks] 姫路獨協大学薬学部 生物物理化学研究室 研究内容

    • URL

      https://www.himeji-du.ac.jp/faculty/f_lab/bpc/research.html

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      2023 Research-status Report 2019 Research-status Report
  • [Remarks] 姫路獨協大学薬学部 生物物理化学研究室 研究内容

    • URL

      https://www.himeji-du.ac.jp/faculty/f_lab/bpc/research.html

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      2022 Research-status Report 2020 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-12-25  

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