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Selective and stable protein complex assembly by thermodynamic control of domain swapping

Research Project

Project/Area Number 19K05695
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionUniversity of Hyogo (2020-2021)
Nara Institute of Science and Technology (2019)

Principal Investigator

Nagao Satoshi  兵庫県立大学, 理学研究科, 特任助教 (30452535)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywordsドメインスワッピング / 多量体構造 / ヘムタンパク質 / タンパク質工学 / 熱安定性 / 金属結合部位 / タンパク質超分子 / ミオグロビン / タンパク質デザイン / 協同性 / 分子動力学シミュレーション / 結晶構造解析 / 金属結合性 / ヘリックス形成能 / 構造制御
Outline of Research at the Start

タンパク質や核酸、脂質分子などから成るナノスケールの分子集合体を人工的に制御して創ることが出来れば、単分子にはないユニークな分子機能の利用に繋がる。本研究では、タンパク質の構造の一部が分子と分子の間で交換して集まる「ドメインスワッピング」を利用し、金属イオンとの結合や温度変化などにより分子集合体を作る技術の確立を目的とする。具体的には、 金属イオンに強く結合するドメインスワップタンパク質や、熱に対して安定なドメインスワップタンパク質のデザインを行い、タンパク質分子集合体を制御して作り、機能性分子としてのドメインスワップタンパク質の道を拓く。

Outline of Final Research Achievements

The amino acid sequence determines the three-dimensional structure of a protein. However, the factors that determine whether the protein structure is a monomer or an oligomer are unclear. Domain swapping is a phenomenon in which the partial structure of a monomeric protein exchanges between molecules to form an oligomeric structure. It has been thought that domain swapping can occur in various natural monomeric proteins. In this research project, we aimed to develop domain swapping as a methodology for constructing oligomeric proteins. Here we have found that mutations to the hinge region increase the thermodynamic stability of the protein, resulting in enhancing the oligomer formation. Additionally, we have constructed metal-binding sites on the oligomeric domain-swapped protein using its molecular symmetry.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

タンパク質は生命現象の維持に必要不可欠の天然の機能性材料である。タンパク質の中には分子が複数集合して多量体となることで機能するものがあり、それを人工的に設計することが出来れば生体適合性が高く環境負荷の低い新規な機能性材料として利用できると期待される。本研究では、タンパク質を集合させる手法としてドメインスワッピングと呼ばれるタンパク質の構造交換現象を利用することを考え、ドメインスワッピングの促進をアミノ酸変異を用いた熱力学的な制御により可能とした。また、機能性材料としての応用を考え、ドメインスワップした多量体の分子対称性を利用した金属結合部位の構築も行った。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Department of Chemistry/Jadavpur University(インド)

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  • [Journal Article] Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region2021

    • Author(s)
      Xie Cheng、Shimoyama Hiromitsu、Yamanaka Masaru、Nagao Satoshi、Komori Hirofumi、Shibata Naoki、Higuchi Yoshiki、Shigeta Yasuteru、Hirota Shun
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 11 Issue: 59 Pages: 37604-37611

    • DOI

      10.1039/d1ra06888a

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Rational design of metal-binding sites in domain-swapped myoglobin dimers2021

    • Author(s)
      Nagao Satoshi、Idomoto Ayaka、Shibata Naoki、Higuchi Yoshiki、Hirota Shun
    • Journal Title

      Journal of Inorganic Biochemistry

      Volume: 217 Pages: 111374-111374

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2021.111374

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Thermodynamic Control of Domain Swapping by Modulating the Helical Propensity in the Hinge Region of Myoglobin2020

    • Author(s)
      Nagao Satoshi、Suda Ayaka、Kobayashi Hisashi、Shibata Naoki、Higuchi Yoshiki、Hirota Shun
    • Journal Title

      Chemistry - An Asian Journal

      Volume: 15 Issue: 11 Pages: 1743-1749

    • DOI

      10.1002/asia.202000307

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  • [Journal Article] Porphyrin-based Probe for Simultaneous Detection of Interface Acidity and Polarity during Lipid Phase Transition of Vesicles.2020

    • Author(s)
      Rini Majumder, Snigdha Roy, Kentaro Okamoto, Satoshi Nagao, Takashi Matsuo, Partha Pratim Parui
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 36 Issue: 1 Pages: 426-434

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.9b02781

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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミオグロビンにおける安定性向上および金属結合性付与ドメインスワップ二量体の分子設計2021

    • Author(s)
      長尾聡・井戸本彩花・須田綾香・小林紀・柴田直樹・樋口芳樹・廣田俊
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
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      Wako Kuwano, Satoshi Nagao, Takehiko Tosha, Joshua Kyle Stanfield, Chie Kasai, Shinya Ariyasu, Osami Shoji, Hiroshi Sugimoto, Minoru Kubo
    • Organizer
      The 59th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] タンパク質超分子構築のためのドメインスワッピングにおけるヒンジ領域のアミノ酸配列設計2020

    • Author(s)
      長尾聡、井戸本彩花、須田綾香、小林紀、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
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      日本化学会第100春季年会
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      井戸本彩花、長尾聡、柴田直樹、樋口芳樹、廣田俊
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    • Organizer
      第13回バイオ関連化学シンポジウム
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      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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