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Development of powerful ad exhaustive inhibitors for ribosome-inactivating proteins

Research Project

Project/Area Number 19K05699
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionToho University

Principal Investigator

Saito Ryota  東邦大学, 理学部, 教授 (90327974)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 後藤 勝  東邦大学, 理学部, 准教授 (80379289)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywordspterin-7-carboxamide / リシン毒素A鎖阻害剤 / X線結晶構造解析 / プテリン / リシン毒素 / 阻害剤 / リシン毒素A鎖 / リボソーム不活性化タンパク質 / 毒素タンパク質 / リシン / リボソーム不活性化タンパク質阻害剤
Outline of Research at the Start

本研究は、致死性中毒を引き起こすリボソーム不活性化タンパク質 (RIP) を網羅的に阻害する世界初の解毒剤の開発を目的としている。具体的には、トウゴマ種子由来リシンを標的とし、申請者が見出した高阻害活性化合物との相互作用をX線結晶構造解析によって明らかにする。そして得られた構造情報を基に、さらに高活性が期待される化合物を設計・合成し、それらの活性ならびに酵素複合体の立体構造を明らかにする。そして、高いリシン阻害活性を示した化合物について、リシンと同一の活性部位構造を有する他のRIPに対する阻害活性評価も行う。

Outline of Final Research Achievements

In the present study, we discovered that pterin-7-carboxamides with aromatic L-amino acid pendants interacted with the active site of RTA in a 2-to-1 mode, where one inhibitor molecule bound to the primary pocket and the second one entered the secondary pocket in the active site of RTA. We also found that pterin-7-carboxamide with GlyPheLys(Z) pendant interacts with the two pockets in the active site of RTA simultaneously to exhibit good RTA inhibitory activity. X-ray crystallographic analysis of inhibitor/RTA complexes revealed that the conformational changes of Tyr80 and Asn122 as well as an interaction with Asn78 in RTA were critical for triggering the entry of inhibitor molecules into the secondary pocket of the RTA active site.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、リシン毒素A鎖(RTA)活性部位中の2つのポケットを同時に塞ぐ有機小分子阻害剤を初めて開発した。さらに、2つのポケットを塞ぐために必要な阻害剤ならびにタンパク質の構造情報も明らかにした。これらの化合物が高いRTA阻害活性を示したことから、これまで未解明であった学術的な問い「高RTA阻害活性化合物の開発に必要不可欠な構造情報」に対して世界で初めて明確な解答を出すことができた。されに、本研究の成果によって、RTA阻害剤の開発が飛躍的に発展するだけでなく、RTAと同じ作用機序で毒性を発現する毒素タンパク質が関わるすべての中毒の治療薬開発の飛躍的な発展に繋がると考えられる。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] Pterin-based small molecule inhibitor capable of binding to the secondary pocket in the active site of ricin-toxin A chain2022

    • Author(s)
      Saito Ryota、Goto Masaru、Katakura Shun、Ohba Taro、Kawata Rena、Nagatsu Kazuki、Higashi Shoko、Kurisu Kaede、Matsumoto Kaori、Ohtsuka Kouta
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 17 Issue: 12 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0277770

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Conformational change in ricin toxin A-Chain: A critical factor for inhibitor binding to the secondary pocket2022

    • Author(s)
      Goto Masaru、Higashi Shoko、Ohba Taro、Kawata Rena、Nagatsu Kazuki、Suzuki Saori、Anslyn Eric V.、Saito Ryota
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 627 Pages: 1-4

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.08.008

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Differential DNA-binding and cofactor recruitment are possible determinants of the synthetic steroid YK11-dependent gene expression by androgen receptor in breast cancer MDA-MB 453?cells2022

    • Author(s)
      Kanno Yuichiro、Saito Nao、Saito Ryota、Kosuge Tomohiro、Shizu Ryota、Yatsu Tomofumi、Hosaka Takuomi、Nemoto Kiyomitsu、Kato Keisuke、Yoshinari Kouichi
    • Journal Title

      Experimental Cell Research

      Volume: 419 Issue: 2 Pages: 113333-113333

    • DOI

      10.1016/j.yexcr.2022.113333

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] リシン毒素A鎖のコンフォーメーション変化:活性部位に隣接する二次ポケットへの阻害剤取込みを可能にする重要因子2023

    • Author(s)
      後藤勝・河田麗菜・永津和輝・片倉駿・栗栖楓・東翔子・齋藤良太
    • Organizer
      第20回ホスト-ゲスト・超分子化学シンポジウム
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 2位に水素結合性アロイル基を導入した Botryllazine B類の合成とアルドース還元酵素阻害活性2023

    • Author(s)
      川田純奈 ・後藤勝 ・齋藤良太
    • Organizer
      第103日本化学会春季年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 2位をアリールスルホニル基及びアリールスルフィニル基で修飾した Botryllazine B 類縁体の合成とアルドース還元酵素阻害活性2023

    • Author(s)
      白井祐生 ・後藤勝 ・齋藤良太
    • Organizer
      第103日本化学会春季年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 4位及び4,5位にアルキル基を有する新規3-ヒドロキシチアゾール-2(3H)チオン類及びそれらの亜鉛錯体の合成とインスリン様活性2022

    • Author(s)
      大庭麟太郎・吉川豊・内藤行喜・安井裕之・齋藤良太
    • Organizer
      第51回複素環化学討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Botryllazine B誘導体のアルドース還元酵素阻害に関する構造活性相関: 2-ベンゾイル基上の置換基効果2022

    • Author(s)
      川田純奈・後藤勝・齋藤良太
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] フタルイミドで修飾したアミノ酸残基を末端に有するトリペプチド含有プテリン誘導体のリシン毒素 A 鎖阻害能評価2021

    • Author(s)
      栗栖 楓・坂本 奈津美・東 翔子・後藤 勝・齋藤 良太
    • Organizer
      第50回複素環化学討論会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] リシンAサブユニット新規阻害剤の結合メカニズム2021

    • Author(s)
      大庭 太郎・栗栖 楓・坂本 奈津美・東 翔子・齋藤 良太・後藤 勝
    • Organizer
      2021年度日本結晶学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] トリペプチド側鎖を有する新規プテリン-7-カルボキサミド類の合成とリシン毒素A鎖阻害活性評価2020

    • Author(s)
      片倉駿, 東翔子, 後藤勝, 齋藤良太
    • Organizer
      第10回CSJ化学フェスタ
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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