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Development of novel environmentally sensitive fluorescent PNA probes

Research Project

Project/Area Number 19K05700
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionNihon University

Principal Investigator

SAITO Yoshio  日本大学, 工学部, 教授 (40385985)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
KeywordsPNA / DNA / プローブ / 蛍光プローブ
Outline of Research at the Start

我々はこれまでに標的DNAとただ混ぜてUV照射するだけで、発光強度の違いで判別したい一塩基の種類を簡単に識別する手法を開発している。本研究は、プローブと標的DNAが二重鎖を形成した際に生じる幅の狭いDNA副溝における分子の「ねじれ」を利用した、新しいコンセプトに基づく蛍光PNAプローブの開発を行う。分子の平面性の変化に伴い発光波長(色)や蛍光寿命を大きく変化させる新規蛍光核酸塩基を設計し、これを導入したペプチド核酸(PNA)プローブを開発することで、細胞内でDNAやRNAなどの核酸の局所的な構造変化(一塩基変異も含む)を簡便に検出できる新手法を開発する。

Outline of Final Research Achievements

Numerous efforts to impart useful photophysical features upon non-emissive natural nucleobases have been reported. In this study, we have developed novel environmentally sensitive fluorescent PNA building blocks. The newly synthesized environmentally sensitive fluorescent PNA monomer exhibited strong solvent polarity and viscosity dependent fluorescence emission at longer wavelength region. This newly synthesized environmentally sensitive fluorescent PNA monomer can be a powerful tools for structural studies of nucleic acids and also in molecular diagnostics.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

核酸などの生体分子の会合やフォールディングなどの構造変化を蛍光の変化で直接モニターする研究が盛んにおこなわれている。解析のためのより優れたツールが得られれば、より強力な武器になり得るため、様々なグループがプローブ分子の開発にしのぎを削っている。このような研究は、市販の蛍光色素を導入したDNAプローブを用いることが多いが、これらは単に光るだけで本研究のようなインテリジェントな蛍光色素とは一線を画する。本研究のようなICT/LEの2種類の発光モードが切り換え可能な新しい環境感応型蛍光核酸塩基の基本設計はこれまでに全く報告されていないため、学術的にも社会的にも非常に大きな意義があると考えている。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] FRET-based dual-labeled oligonucleotide probe detects target DNA by probing a minor groove environment2022

    • Author(s)
      S. Koboku, T. Tsukada, Y. Oku, S. Kobayashi, Y. Saito
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 20 Issue: 8 Pages: 1699-1706

    • DOI

      10.1039/d2ob00027j

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 2-Ethynylnaphthalene-modified 8-aza-3,7-dideaza-2′-deoxyadenosine derivative discriminates thymine in target DNA via changes in the fluorescence wavelength2020

    • Author(s)
      S. Koboku, M. Yanagi, A. Funato, A. Suzuki, Y. Saito
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett.

      Volume: 61 Issue: 19 Pages: 151841-151841

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2020.151841

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 7-デアザ-2,8-ジアザデオキシアデニン骨格を有する新規環境感応型蛍光核酸の合成と光学特性2022

    • Author(s)
      塚田匠、掛川昴 、山内拓史、齋藤義雄
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ビスピレンユニットを含む新規 DNA プローブの開発2022

    • Author(s)
      小林 彩夏、柳 昌樹、松本 桂彦、齋藤 義雄
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] フレキシブル糖部位を有する新規環境感応型蛍光ヌクレオシドの合成と光学特性2022

    • Author(s)
      奥 友里乃、安彦 夏希、齋藤 義雄
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 8-アザ-3,7-ジデアザアデニン骨格を有する新規環境感応型蛍光PNAプローブの開発2021

    • Author(s)
      小林彩夏、渡辺大地、岡部早矢加、齋藤義雄
    • Organizer
      令和3年度 化学系学協会東北大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 新しい環境感応型蛍光核酸塩基の設計と応用2021

    • Author(s)
      齋藤義雄
    • Organizer
      高分子学会東北支部福島地区講演会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] C3位に1-フェニルナフタレンを含む8-アザ-3,7-ジデアザ-2'-デオキシアデノシン誘導体の合成と光学特性2020

    • Author(s)
      船戸彩加、一色田萌衣、塚田匠、小林彩夏、齋藤義雄
    • Organizer
      日本化学会第101春季年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 3-デアザ-2'-デオキシグアノシン誘導体を含む環境感応型蛍光DNAプローブの開発2019

    • Author(s)
      小木聖徳、柳昌樹、鈴木梓、齋藤義雄
    • Organizer
      2019年光化学討論会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 8-アザ-3,7-ジデアザアデニン骨格を有する新規蛍光ヌクレオシドの合成と光学特性2019

    • Author(s)
      小木聖徳、船戸彩加、桑原健、齋藤義雄
    • Organizer
      2019年度化学系学協会東北大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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