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Mechanism of transcriptional activation of aluminum tolerance gene through a signal transduction pathway

Research Project

Project/Area Number 19K05753
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 38010:Plant nutrition and soil science-related
Research InstitutionGifu University

Principal Investigator

Kobayashi Yuriko  岐阜大学, 応用生物科学部, 准教授 (40610952)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords酸性土壌 / アルミニウムストレス / ゲノムワイド関連解析 / 転写因子 / シグナル伝達 / リン脂質シグナル / 一酸化窒素シグナル / シロイヌナズナ / STOP1 / NOシグナル / PGIP1 / ホスホイノシチドシグナル / アルミニウム耐性 / 発現量多型 / GWAS
Outline of Research at the Start

世界の農耕地に広がる酸性土壌では,可溶化するアルミニウムの毒性により植物の生育が阻害される.その農業生産上の重要性から植物のアルミニウム毒性やストレス耐性機構が明らかにされてきた.これまでに複数のアルミニウム耐性遺伝子が同定され,その発現制御は重要な育種ターゲットであると考えられている.しかし,その制御機構であるアルミニウム感知や転写活性化機構のほとんどは明らかにされていない.そこで本研究では,シロイヌナズナのアルミニウム耐性遺伝子について,複数の発現制御因子(転写調節因子やシグナル上流因子)を同定し,シグナル伝達を介したアルミニウム耐性遺伝子の転写活性化機構を明らかにする.

Outline of Final Research Achievements

In Arabidopsis thaliana, the expression-regulated genes and their expression regulation mechanisms of major Aluminum (Al) tolerant genes were studied by association analysis of whole-genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) with expression levels of major Al tolerant genes (i.e. genome-wide association analysis: GWAS). As a result, in addition to cis factors in promoter regions involved in the regulation of expression of several major Al tolerant genes, upstream factors such as transcriptional regulators of those tolerant genes and their signaling pathways were identified. On the other hand, transcriptome data of many natural accessions revealed trans-factor binding regions in the promoter sequences of a group of genes co-expressed with Al tolerant genes, including the genes identified by GWAS, and genes co-expressed between strains. The results also suggested that transcriptional response systems differ among populations of the accessions.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

日本を含む世界に分布する酸性土壌では、主に可溶化するAlが植物の生育を著しく阻害するため、安定した植物生産のためには中和石灰などの大量の施肥が必要になる。したがって、植物のAl耐性改良は低資源、低エネルギー投入での生産性向上に貢献できると考えられる。Al耐性は複数の遺伝子に制御されているが、それらの発現制御調節は育種上有用であると考えられる。しかしその発現制御機構であるAlストレス感知や転写活性化機構は未解明な部分が多い。本研究では、ゲノムワイド関連解析やトランスクリプトーム解析から、Al耐性に寄与する遺伝子群や遺伝要因を新規に同定し、未解明であった発現制御機構を明らかにした。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 5 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] Expression GWAS of PGIP1 Identifies STOP1-Dependent and STOP1-Independent Regulation of PGIP1 in Aluminum Stress Signaling in Arabidopsis2021

    • Author(s)
      Agrahari Raj Kishan、Enomoto Takuo、Ito Hiroki、Nakano Yuki、Yanase Emiko、Watanabe Toshihiro、Sadhukhan Ayan、Iuchi Satoshi、Kobayashi Masatomo、Panda Sanjib Kumar、Yamamoto Yoshiharu Y.、Koyama Hiroyuki、Kobayashi Yuriko
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 12 Pages: 774687-774687

    • DOI

      10.3389/fpls.2021.774687

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Synergistic and antagonistic pleiotropy of STOP1 in stress tolerance2021

    • Author(s)
      Sadhukhan Ayan、Kobayashi Yuriko、Iuchi Satoshi、Koyama Hiroyuki
    • Journal Title

      Trends in Plant Science

      Volume: 26 Issue: 10 Pages: 1014-1022

    • DOI

      10.1016/j.tplants.2021.06.011

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Expression genome-wide association study identifies that phosphatidylinositol-derived signalling regulates ALUMINIUM SENSITIVE3 expression under aluminium stress in the shoots of Arabidopsis thaliana2021

    • Author(s)
      Sadhukhan Ayan、Agrahari Raj Kishan、Wu Liujie、Watanabe Toshihiro、Nakano Yuki、Panda Sanjib Kumar、Koyama Hiroyuki、Kobayashi Yuriko
    • Journal Title

      Plant Science

      Volume: 302 Pages: 110711-110711

    • DOI

      10.1016/j.plantsci.2020.110711

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A single‐population GWAS identified AtMATE expression level polymorphism caused by promoter variants is associated with variation in aluminum tolerance in a local Arabidopsis population2020

    • Author(s)
      Nakano Yuki、Kusunoki Kazutaka、Maruyama Haruka、Enomoto Takuo、Tokizawa Mutsutomo、Iuchi Satoshi、Kobayashi Masatomo、Kochian Leon V.、Koyama Hiroyuki、Kobayashi Yuriko
    • Journal Title

      Plant Direct

      Volume: 4 Issue: 8

    • DOI

      10.1002/pld3.250

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genome-wide Association Studies of Agronomic Traits Consisting of Field- and Molecular-based Phenotypes2020

    • Author(s)
      Yuki Nakano, Yuriko Kobayashi
    • Journal Title

      Reviews in Agricultural Science

      Volume: 8 Issue: 0 Pages: 28-45

    • DOI

      10.7831/ras.8.0_28

    • NAID

      130007818552

    • ISSN
      2187-090X
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-Wide Association Study and Genomic Prediction Elucidate the Distinct Genetic Architecture of Aluminum and Proton Tolerance in Arabidopsis thaliana2020

    • Author(s)
      Yuki Nakano, Kazutaka Kusunoki, Owen A. Hoekenga, Keisuke Tanaka, Satoshi Iuchi, Yoichi Sakata, Masatomo Kobayashi, Yoshiharu Y. Yamamoto, Hiroyuki Koyama, Yuriko Kobayashi
    • Journal Title

      Front Plant Sci.

      Volume: 11 Pages: 1-16

    • DOI

      10.3389/fpls.2020.00405

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] アルミニウムストレスに対するシロイヌナズナ野生系統の多様な転写応答2021

    • Author(s)
      楠 和隆, 中野 友貴, 田中 啓介, 坂田 洋一, 井内 聖, 小林 正智, 小山 博之, 小林 佑理子
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2021年度北海道大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ゼニゴケSTOP1が制御するAl 耐性遺伝子2021

    • Author(s)
      渡邉 ひかり, 宮地 右, 阿相 幸恵, 井内 聖, 小林 正智, 小林 佑理子, 小山 博之
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2021年度北海道大会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ストレス耐性における転写因子STOP1の多面発現と核集積および制御遺伝子の関係2020

    • Author(s)
      長谷川 莉子, 榎本 拓央, Raj Kishan Agrahari, 伊藤 弘樹, 井内 聖, 小林 正智, 小山 博之, 小林 祐理子
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナのアルミニウムストレスに応答する根系構造のナチュラルバリエーション解析2020

    • Author(s)
      多井 紫織, 中野 友貴, 小山 博之, 小林 佑理子
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 転写因子STOP1の制御する植物のアルミニウム耐性機構の起源と進化2020

    • Author(s)
      丸山 春花, 渡邉 ひかり, 井内 聖, 小林 佑理子, 小山 博之
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
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      2020 Research-status Report
  • [Presentation] ゼニゴケにおけるSTOP1相同遺伝子の機能解析2020

    • Author(s)
      渡邉 ひかり, 伊藤 清貴, 丸山 春花, 井内 聖, 小林 佑理子, 小山 博之
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] GWASによるAtMATE 遺伝子発現制御に関わる遺伝子の探索2020

    • Author(s)
      河口 弘聖・中野友貴・小山博之・小林佑理子
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2020年度岡山大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナ野生系統を用いたAtMATE発現量多型の解析2019

    • Author(s)
      中野友貴・楠 和隆・丸山春花・小山博之・小林佑理子
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2019年度静岡大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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