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Identification of QTLs affecting good eating quality of cooked rice by improvement in novel grain components.

Research Project

Project/Area Number 19K05984
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 39010:Science in plant genetics and breeding-related
Research InstitutionNational Agriculture and Food Research Organization

Principal Investigator

Hori Kiyosumi  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 作物研究部門, グループ長 (50442827)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 辻井 良政  東京農業大学, 応用生物科学部, 教授 (70607671)
田中 淳一  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 作物研究部門, 上級研究員 (30370571)
Project Period (FY) 2019-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsイネ / 食味 / 炊飯米 / QTL / 炊飯米食味
Outline of Research at the Start

一般的に、白米中の直鎖状澱粉(アミロース)やタンパク質の含有率が低いと炊飯米の食味が良くなり、脂肪酸などの脂質は古米臭の原因となることが知られている。しかしながら、それ以外の穀粒成分が炊飯米の食味にどのような影響を与えているかについては不明な点が多い。そこで本研究では、日本水稲品種が保持する炊飯米の食感を制御するQTLを見出して、その中から新規の穀粒成分の違いを生じて炊飯米の粘りや硬さ(食感)を変化させる遺伝子を単離・同定してその詳細な機能を明らかにするとともに、新規穀粒成分の改変による食味の改良効果を科学的に検証する。

Outline of Final Research Achievements

We collected whole genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) and evaluated eating quality traits and endosperm enzyme activities for cell wall degradation in 187 Japanese rice germplasm accessions. By using both the SNPs genotype and phenotype data, genome-wide association analysis (GWAS) detected more than 900 genetic loci (QTLs) for the eating quality traits and endosperm enzyme activities, and genomic selection (GS) procedure constructed prediction models for each trait. Additional genetic analysis in a total of 435 recombinant inbred lines confirmed presences of several QTLs and their genetic effects that were detected by the GWAS, and confirmed accuracy of the trait prediction models by the GS. For examples, we found novel QTLs for eating quality traits on chromosomes 1, 2, 3, 4, 5 and 11 in Koshihikari/Takanari populations. These QTLs were controlled eating quality regardless of amylose and protein contents in rice grains.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近年のゲノム解析技術の発達により、イネの収量性を制御する複数の重要遺伝子が同定されている。しかしながら、もう一方の最重要な育種選抜形質である米の品質、特に炊飯米の食味や食感を制御する遺伝要因(遺伝子)のほとんどは明らかとなっていない。これまでに、最近の良食味品種は胚乳中の細胞壁分解酵素活性が低い傾向を示すことが明らかとなった。そこで、細胞壁などの新規の穀粒成分を改変することにより、炊飯米の物性を変化させて新しい食感を付与することが可能であると考えられた。本研究では、炊飯米の食感や食味を向上させる胚乳の細胞壁成分に着目して、新規の遺伝要因の解明を目指した。

Report

(5 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2022 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Rice Grain Size and Quality2022

    • Author(s)
      Hori Kiyosumi、Sun Jian
    • Journal Title

      Rice

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 33-33

    • DOI

      10.1186/s12284-022-00579-z

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Current Advances and Future Prospects for Molecular Research for Agronomically Important Traits in Rice2022

    • Author(s)
      Hori Kiyosumi、Shenton Matthew
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 23 Issue: 14 Pages: 7531-7531

    • DOI

      10.3390/ijms23147531

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 稲の重要農業形質の遺伝解析2022

    • Author(s)
      堀清純
    • Journal Title

      米の機能性食品化と新規利用技術・高度加工技術の開発

      Volume: 1 Pages: 613-622

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Journal Article] Genomic Regions Involved in Differences in Eating and Cooking Quality Other than Wx and Alk Genes between indica and japonica Rice Cultivars2021

    • Author(s)
      Hori Kiyosumi、Suzuki Keitaro、Ishikawa Haruka、Nonoue Yasunori、Nagata Kazufumi、Fukuoka Shuichi、Tanaka Junichi
    • Journal Title

      Rice

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 8-8

    • DOI

      10.1186/s12284-020-00447-8

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 1)炊飯米食味形質のゲノムワイド連関解析と形質予測モデルの検証2022

    • Author(s)
      堀清純, 望月賢太, 辻井良政, 飯島健, 朱紅加, 鈴木啓太郎, 矢部志央里
    • Organizer
      日本育種学会第141回講演会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] コシヒカリ交雑体91系統の米飯物性特性の検討2021

    • Author(s)
      早川椋太、堀清純、辻井良政
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] コシヒカリ交雑体を用いた米飯物性の比較検討2020

    • Author(s)
      早川椋太、堀清純、辻井良政
    • Organizer
      日本食品保蔵学会第69回大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Deciphering genetic basis of responses to climate temperature fluctuations in rice.2020

    • Author(s)
      Kiyosumi Hori
    • Organizer
      Plant and Animal Genome Conferrance VVXIII
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 米飯の理化学的特性に影響をおよぼす遺伝子座を利用した用途予測の検討2020

    • Author(s)
      望月賢太, 辻井 良政, 堀 清純, 髙野 克己
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 登熟中のコシヒカリ胚乳で発現する、良食味形質に関わる遺伝子の探索2020

    • Author(s)
      齋藤彰宏, 江南和歩, 木村圭一, 飯島健, 大山卓爾, 樋口恭子, 辻井良政, 高野克己, 堀清純
    • Organizer
      第61回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 炊飯米食味を決める遺伝子の単離と育種利用への取り組み2020

    • Author(s)
      堀清純
    • Organizer
      ActiveFridayセミナー
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Genome regions associated with difference of eating quality between indica and japonica rice cultivars.2019

    • Author(s)
      Kiyosumi Hori
    • Organizer
      上海市農業科学院作物育種栽培研究所セミナー
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 用途の異なる水稲品種の理化学特性に影響する遺伝子座の探索.2019

    • Author(s)
      望月 賢太, 辻井 良政, 堀 清純, 髙野 克己
    • Organizer
      日本食品科学工学会第66回大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2024-01-30  

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