Applying semantic web technology to information of trait data in plant varieties.
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19K06315
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 41040:Agricultural environmental engineering and agricultural information engineering-related
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| Research Institution | Kazusa DNA Research Institute (2020-2021)
Osaka University (2019) |
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Principal Investigator |
ICHIHARA HISAKO 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究開発部, 特任研究員 (50362398)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
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| Keywords | セマンティックウェブ / 作物 / 育種 / 形質 / 系譜 / RDF / グラフデータベース / リレーショナルデータベース / オントロジー / データベース / 植物 |
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| Outline of Research at the Start |
育種の効率化を図る上で、交配親やゲノムワイド関連解析における解析対象の選定は重要である。
遺伝素材となる作物の系統・形質の情報を公開しているDBのうち、品種登録HPとジーンバンクには、親子関係にある多数の系統が相補的に登録されている。
一方、セマンティックウェブ技術では共通の識別子を介して情報同士が連結される。
親子関係にある系統情報に対してこの技術を適用すると、二つのDBに分かれて登録されていても、親子関係を介して網羅的な系譜情報が自動的に構築され、また各系統に付随する形質情報が体系化される。
以上の技術と生成されるデータを利用し、育種親や解析系統の効率的な選定を支援するシステムを構築する。
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| Outline of Final Research Achievements |
Lined for breeding and analysis has traditionally been selected based on the experimental knowledge of the breeding specialist. However, it is difficult for even specialists to know all candidate lines, and there is a possibility of bias in selecting them.
This study applied semantic technology to the "relationship between parent and offspring of lines" and "trait information that each line presents" of the genetic material accumulated so far. Finally, it was possible to extract information on candidate lines.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究では、構築される階層的な系譜情報に基づいて網羅的な系統情報を抽出できる。これを辿ると複数世代前の系統や遠縁にあたる系統の形質情報を一斉に抽出でき、ある系統の着目形質について系譜の中で表現型として現れない世代があったとしても、由来する祖先系統の全ての候補を提示することが可能である。こうした情報の網羅性は人間が不得意とするところであり、適切な育種親や解析系統の選定上、重要な手掛かりとなる。一部の作物では、品種名や育成者の情報がセマンティックウェブに対応した形式で公開されており、本研究の情報との連結によって、作物流通における生産者・消費者のデータ収集を通じて、経済活動への波及効果が期待できる。
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Report
(4 results)
Research Products
(2 results)
