ウシ脂肪交雑形成に関連する遺伝子発現変動の原因変異の同定
| Project/Area Number |
19K06351
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 42010:Animal production science-related
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
山田 宜永 新潟大学, 自然科学系, 教授 (40253207)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2021: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
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| Keywords | 脂肪交雑 / 遺伝子発現 / 原因変異 / 遺伝子発現変動 |
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| Outline of Research at the Start |
これまでの研究で、EDG1遺伝子、TTN遺伝子のプロモーター領域に位置するDNA多型（EDG1多型、TTN多型）を、それぞれの遺伝子の発現を変動させることにより脂肪交雑形成に影響する原因変異の有力候補として同定した。本研究では、世界初の脂肪交雑原因変異の特定へ向けて、EDG1多型、TTN多型を、それぞれの遺伝子の発現変動の原因変異として同定する。この目的を達成するために、これらの有力候補多型の機能性、mRNAレベルおよびタンパク質レベルでの発現変動との関連、転写活性および核タンパク質との結合性に対する影響を解析する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
黒毛和種去勢雄牛尾根部仙尾骨筋サンプルを採取し、PCR-RFLP法を用いたタイピング（遺伝子型判定）により、EDG1多型、TTN多型のそれぞれについて、3つの遺伝子型群のサンプル、高脂肪交雑形成と関連する対立遺伝子である高脂肪交雑アリル（EDG1多型ではTアリル、TTN多型ではTアリル）のホモ型群（高脂肪交雑アリルホモ型群）、低脂肪交雑アリル（EDG1多型ではGアリル、TTN多型ではCアリル）のホモ型群（低脂肪交雑アリルホモ型群）、両アリルのヘテロ型群を選抜していた。マイナーアリルのホモ型群のサンプルについては、昨年度、本年度において追加のタイピングを行い、サンプル数の増加を図った。
さらに、mRNAレベルでの発現変動との関連の解析を行うために、選抜したサンプルからトータルRNAを抽出し、リアルタイムPCRによるEDG1とTTNのmRNAレベルの定量データとタイピングデータを用いて、EDG1多型のTアリル、TTN多型のTアリルが、それぞれEDG1のmRNAレベルでの発現増加、TTNのmRNAレベルでの発現減少と関連するという結果を得ていた。また、タンパク質レベルでの発現変動との関連の解析を行うために、選抜したサンプルからライセートを調製し、ウェスタンブロッティングによるEDG1とTTNのタンパク質レベルの定量データとタイピングデータを用いて、EDG1多型のTアリル、TTN多型のTアリルが、それぞれEDG1のタンパク質レベルでの発現増加、TTNのタンパク質レベルでの発現減少と関連するという予備的な結果を得ていた。
本年度、追加サンプルの追加解析を行い、関連について確認した。また、転写活性および核タンパク質結合性の解析のための詳細なプロトコールを検討するとともに、トランスフェクション法およびライセート調整の予備検討を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本研究では、EDG1遺伝子、TTN遺伝子のプロモーター領域に位置するDNA多型（EDG1多型、TTN多型）を、それぞれの遺伝子の発現変動の原因変異として同定するために、サンプルの採取・選抜を行い、選抜サンプルを利用することで、mRNAレベルでの発現変動との関連の解析、タンパク質レベルでの発現変動との関連の解析、転写活性に対する影響の解析、核タンパク質との結合性に対する影響の解析といった機能解析を行うという計画になっている。現時点では、mRNAレベルおよびタンパク質レベルでの発現変動との関連の解析において、EDG1遺伝子、TTN遺伝子のマイナーアリルのホモ型群のサンプルを含めた確証実験でも、当初予想していた通りの結果がえられたという状況にある。
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| Strategy for Future Research Activity |
転写活性に対する影響の解析（レポーター遺伝子解析）により、EDG1多型のTアリル、TTN多型のCアリルに対応するプロモーター領域が、それぞれEDG1多型のGアリル、TTN多型のTアリルに対応するものより高い転写活性を示し、EDG1多型、TTN多型が、それぞれの遺伝子の転写活性に影響することを明らかにする。また、核タンパク質との結合性に対する影響の解析（ゲルシフト解析）により、EDG1多型、TTN多型のそれぞれについて、2つのアリルに対応するDNA領域の比較で結合核タンパク質レベルに差がみられ、高脂肪交雑アリルホモ型群と低脂肪交雑アリルホモ型群の核抽出液の比較では、結合核タンパク質レベルに差がみられないことを明らかにする。
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Report
(4 results)
Research Products
(18 results)
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[Journal Article] Pathophysiological analysis of uninephrectomized db/db mice as a model of severe diabetic kidney disease.2022
Author(s)
M. MAEKAWA, T. MAEKAWA, T. SASASE, K. TAKAGI, S. TAKEUCHI, M. KITAMOTO, T. NAKAGAWA, K. TOYODA, N. KONISHI, T. OHTA, T. YAMADA
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Journal Title
Physiological Research
Volume: 71
Pages: 209-217
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] JTP-117968, a novel selective glucocorticoid receptor modulator, exhibits significant anti-inflammatory effect while maintaining bone mineral density in mice2021
Author(s)
T. KURIMOTO, I TAMAI, T. NAKAGAWA, A. MIYAI, Y. YAMAMOTO, Y. KOSUGI, K. DEAI, T. HATA, T. OHTA, M. MATSUSHITA, T. YAMADA
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Journal Title
European Journal of Pharmacology
Volume: 895
Pages: 173880-173880
NAID
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