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Translation mechanism with restricted repertoire of tRNA and ARS in plant orgenelles.

Research Project

Project/Area Number 19K06483
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

Soma Akiko  千葉大学, 大学院園芸学研究院, 講師 (70350329)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsタンパク質合成 / tRNA / 転写後修飾 / 翻訳反応 / 翻訳 / 転写後プロセシング / オルガネラ / 遺伝暗号
Outline of Research at the Start

真核生物のオルガネラは独自の遺伝子発現系を有し、tRNAも各オルガネラゲノムにコードされているが、コドンの数に対してtRNA遺伝子の数や種類が圧倒的に足りないことが知られている。動物や酵母では、細胞質tRNAのオルガネラへの輸送によりこの問題を解決している 。植物のオルガネラでもtRNAが足りないが、研究例が少なくそのメカニズムには不明な点が多く残されている。本研究では限定的なtRNA-アミノアシル化酵素セットしか持たない極限環境単細胞藻類C. merolaeを実験対象として、遺伝暗号の解読機構および生育環境や遺伝子発現機構の特徴との相関性を解明する。

Outline of Final Research Achievements

Transfer RNAs function as adaptor molecules to link the genetic code and amino acids, and analysis of their post-transcriptional processing and aminoacylation is important to understand gene expression. Plant organelles have their own translation system, but the organelle genomes do not always encode a complete gene set of tRNA repertoire nor aminoacylation enzymes. In this study, the genome and tRNA sequences of algae were analyzed to identify the complete set of tRNA and aminoacylation enzymes in organelles. Results indicated that the lack of tRNA and aminoacylation enzymes is possibly supplemented by post-transcriptional modification of organelle tRNAs and transport of aminoacylation enzymes from cytoplasm to organelles.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究結果から植物オルガネラのtRNA遺伝子やアミノアシル化酵素遺伝子の不足がどのように補われているのか、その一端が明らかとなった。本研究は遺伝暗号の認識機構の新たな一例を示したものであり、生物種やオルガネラなどタンパク質合成系における違いや多様性を明らかにした。以上が本研究の学術的意義が高い点である。オルガネラのタンパク質合成は植物の物質生産において中心的な役割を果たす。その分子機構の解明は応用研究においても重要な知見であり、本研究の社会的意義が高い点である。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] A leaderless mRNA including tRNA-like sequence encodes a small peptide that regulates the expression of GcvB small RNA in Escherichia coli2022

    • Author(s)
      Muto Akira、Goto Simon、Kurita Daisuke、Ushida Chisato、Soma Akiko、Himeno Hyota
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 171 Issue: 4 Pages: 459-465

    • DOI

      10.1093/jb/mvac007

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Evolution of Ribosomal Protein S14 Demonstrated by the Reconstruction of Chimeric Ribosomes in Bacillus subtilis2021

    • Author(s)
      Akanuma Genki、Kawamura Fujio、Watanabe Satoru、Watanabe Masaki、Okawa Fumiya、Natori Yousuke、Nanamiya Hideaki、Asai Kei、Chibazakura Taku、Yoshikawa Hirofumi、Soma Akiko、Hishida Takashi、Kato-Yamada Yasuyuki
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 203 Issue: 10 Pages: 0-0

    • DOI

      10.1128/jb.00599-20

    • Related Report
      2021 Annual Research Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 単細胞紅藻のtRNAレパートリーと発現マシナリの比較2021

    • Author(s)
      山川律穂、相馬亜希子
    • Organizer
      生物環境イノベーション研究部公開シンポジウム
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 古細菌における逆転tRNAのプロセシング機構の解析2020

    • Author(s)
      山川 律穂、相馬 亜希子
    • Organizer
      生物環境イノベーション研究部門 第1回シンポジウム
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 始原紅藻Cyanidioschyzon merolaeのtRNAArg(ACG)のイノシン修飾の解析2020

    • Author(s)
      佐野光、相馬亜希子
    • Organizer
      日本ゲノム微生物学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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