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E. coli HdeA: Analysis of the reversible formation of fibrils by an environmentally responsive molecular chaperone

Research Project

Project/Area Number 19K06513
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionTottori University

Principal Investigator

Mizobata Tomohiro  鳥取大学, 工学研究科, 教授 (50263489)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords分子シャペロン / ペリプラズム / アミロイド線維 / 機能的変性構造 / フォールディング / 大腸菌 / グラム陰性細菌 / 機能的変性蛋白質 / 天然変性構造 / 天然変性領域
Outline of Research at the Start

大腸菌のペリプラズム由来のHdeAは,酸変性したときに始めて機能が発揮される特殊な「環境応答型」の分子シャペロンである。ポリペプチド鎖の高い自由度を活性発現に利用しているHdeAは「新しい蛋白質構造・機能相関のイメージ」を理解するという学術的問いを探求する上で良い研究対象である。
最近,我々はHdeAの活性型構造が同じ条件で蛋白質の「アミロイド線維」に酷似する沈殿を形成することを見いだした。蛋白質の変性構造を活用するHdeAが,様々な神経変性疾患の原因として注目を浴びているアミロイド線維も形成するという「表裏一体」の関係を理解することを通して機能を生む蛋白質の構造の秘密を探る。

Outline of Final Research Achievements

The molecular chaperones HdeA and HdeB utilize a unique mechanism where their acid denatured states are used to express molecular chaperone activity. In this study we demonstrate that both HdeA and HdeB form regular fibril structures resembling amyloid fibrils. HdeA and HdeB fibrils differ in one important aspect from typical fibrils; HdeA and HdeB fibrils formed in acid both dissolve at pH 7 to recover soluble protein. Our research involves elucidating the details of this reversible fibrillation of HdeA and HdeB at acidic pH, with special focus on the numerous experimental conditions that alter the original reversibility of the fibrillation. We found multiple conditions under which both HdeA and HdeB form alternative fibrils that are not dissolved at pH 7, and the details of our experiments provide insights in understanding protein denaturation and fibrillation, as well as the mechanisms underlying the activities of intrinsically denatured proteins.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

「蛋白質のダイナミックな変性構造が機能実現と調節に活用される」現象は最近注目を浴びている。特に真核細胞内で顕著に見られるこの変性蛋白質の新たな役割であるが,研究のモデルとなるような,蛋白質の変性構造と機能が関連付けられている蛋白質、特に,詳細な物理化学的解析に適したモデルとなる様な蛋白質の例がまだ少ない。本研究のHdeAとHdeBは「機能的変性蛋白質」の好例であり,更に「蛋白質の変性疾患」や「分子シャペロン」という重要現象とも関連性が高い。この為,本研究で得られた知見は広く他の蛋白質において「変性構造の役割」を理解する為に役立つ普遍的なものとなる。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] An α-synuclein decoy peptide prevents cytotoxic α-synuclein aggregation caused by fatty acid binding protein 3.2021

    • Author(s)
      Fukui N, Yamamoto H, Miyabe M, Aoyama Y, Hongo K, Mizobata T, Kawahata I, Yabuki Y, Shinoda Y, Fukunaga K, Kawata Y.
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: Apr 13 Pages: 100663-100663

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2021.100663

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dopamine D2 Long Receptors Are Critical for Caveolae-Mediated α-Synuclein Uptake in Cultured Dopaminergic Neurons2021

    • Author(s)
      Kawahata Ichiro、Sekimori Tomoki、Wang Haoyang、Wang Yanyan、Sasaoka Toshikuni、Bousset Luc、Melki Ronald、Mizobata Tomohiro、Kawata Yasushi、Fukunaga Kohji
    • Journal Title

      Biomedicines

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 49-49

    • DOI

      10.3390/biomedicines9010049

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Fatty acid-binding protein 7 triggers α-synuclein oligomerization in glial cells and oligodendrocytes associated with oxidative stress2021

    • Author(s)
      Cheng An、Wang Yi-fei、Shinoda Yasuharu、Kawahata Ichiro、Yamamoto Tetsunori、Jia Wen-bin、Yamamoto Hanae、Mizobata Tomohiro、Kawata Yasushi、Fukunaga Kohji
    • Journal Title

      Acta Pharmacologica Sinica

      Volume: 43 Issue: 3 Pages: 552-562

    • DOI

      10.1038/s41401-021-00675-8

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 大腸菌の「環境応答型」分子シャペロンが見せる可逆線維化反応の解析2021

    • Author(s)
      中田結衣,宮脇史織,東末剛己,溝端知宏
    • Journal Title

      月刊細胞

      Volume: 53 Pages: 565-568

    • NAID

      40022675992

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 真核細胞内におけるαシヌクレインと脂肪酸結合タンパク質FABP3の相互作用に関する研究2021

    • Author(s)
      宮部 萌,山本英絵,福井 直也,本郷 邦広,溝端 知宏, 福永 浩司,河田 康志
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 環境応答型分子シャペロンHdeBの可逆線維化反応2021

    • Author(s)
      北崎悠人,中田結衣,上原梨那,本郷邦広,河田康志,溝端知宏
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 酸感受性分子シャペロンHdeAの可逆的アミロイド線維形成と金属イオンに関する研究2021

    • Author(s)
      東末剛己,宮脇史織,本郷邦広,溝端知宏
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 酸感受性分子シャペロンHdeAの不活性化を誘発するペプチド配列の検索2021

    • Author(s)
      古川敦智,本郷邦広,河田康志,溝端知宏
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] HdeBの線維化およびその構造特性2020

    • Author(s)
      上原梨那、中田結衣、本郷邦広、河田康志、溝端知宏
    • Organizer
      第20回 日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] The structural landscape of the periplasmic molecular chaperones HdeA and HdeB: Acid induced activation of molecular chaperone activity and fibrillar aggregation2019

    • Author(s)
      Tomohiro Mizobata
    • Organizer
      The 10th KRIBB Asia-Pacific IDP Symposium
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 酸変性に誘発される大腸菌ペリプラズムHdeAの分子シャペロン機能と可逆線維化2019

    • Author(s)
      溝端知宏
    • Organizer
      第 92 回日本生化学会大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 環境応答型分子シャペロンが見せる可逆線維化反応とその応用2019

    • Author(s)
      溝端知宏
    • Organizer
      日本ペプチド学会 第26回ペプチドフォーラム
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌ペリプラズム分子シャペロンHdeAが見せる可逆線維化反応の構造多型2019

    • Author(s)
      宮脇史織,本郷邦広,河田康志,溝端知宏
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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