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Elucidation of photosynthetic electron transfer mechanism by ultra-high resolution x-ray structural analysis.

Research Project

Project/Area Number 19K06524
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

Tanaka Hideaki  大阪大学, 蛋白質研究所, 准教授 (40346169)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
KeywordsX線結晶構造解析 / 中性子結晶構造解析 / 光合成電子伝達 / フェレドキシン / 精密構造解析 / FNR / 高精度構造解析 / X線結晶構造解析 / 超高分解能 / 放射線損傷 / 光合成 / 電子伝達
Outline of Research at the Start

本研究により、生理的ペアの複合体結晶(Fd(oxi) + FNR(red)およびFd(red) + FNR(oxi))の精密構造解析が達成できれば、Fdから各依存酵素への電子伝達機構の違いや、電子の逆流防止機構を解明する事が可能となる。電子伝達については移動経路の他に、活性中心の酸化還元電位を考慮する必要があるが、精度の高い構造を決定して理論計算も行うことで完全な理解を目指す。Fdから最も電子を受け取りやすいFNRへの電子伝達メカニズムが解明されれば、電子伝達されにくい酵素の1つであるヒドロゲナーゼ(HydA1)を改変することで、水素を高効率で発生する組換え生物開発への道が開ける。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we targeted the electron transfer protein ferredoxin (Fd) and its partner protein FNR, and worked on ultra-high resolution X-ray crystallography and neutron crystallography, paying attention to their redox states. For the oxide-type crystals of Fd and FNR, ultra-high resolution diffraction intensity data were successfully collected using multiple crystals with an X-ray irradiation of 0.1 MGy. For Fd, we also succeeded in collecting ultra-high resolution diffraction intensity data for the reduced form. Furthermore, in the experiment of neutron crystallography of oxidized FNR, a full set of neutron diffraction intensity data was successfully collected at J-PARC, and the structural analysis is in progress.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本来、電子伝達複合体は酸化還元により解離・会合するのが活性型である。本研究では、FdとFNRについて酸化還元状態に留意した構造解析(酸化型Fd 、還元型Fd、酸化型FNR、還元型FNR)を進めてきた。これらの構造を水素原子の位置も含めて決定することで、実験の都合で無視されてきた、酸化還元状態と水素原子の構造を正確に記述することができ、アミノ酸だけでは議論することができなかった新規情報を提供することが可能となる。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] X-ray dose-dependent structural changes of the [2Fe-2S] ferredoxin from Chlamydomonas reinhardtii2020

    • Author(s)
      Ohnishi Yusuke、Muraki Norifumi、Kiyota Daiki、Okumura Hideo、Baba Seiki、Kawano Yoshiaki、Kumasaka Takashi、Tanaka Hideaki、Kurisu Genji
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: Epub ahead of print Issue: 6 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1093/jb/mvaa045

    • NAID

      40022260348

    • Related Report
      2020 Research-status Report 2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Precise Redox-dependent Structural Change of the plant-type Ferredoxin revealed by X-ray structures at angstrom resolution, originated and propagating from the [2Fe-2S] cluster2021

    • Author(s)
      Y. Ohnishi, H. Tanaka and G. Kurisu
    • Organizer
      XXV Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr 2020)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] フェレドキシンによる電子伝達メカニズムの解明を目指して2020

    • Author(s)
      田中秀明
    • Organizer
      2020年度第1回iBIX研究会(主催:茨城件中性子利用研究会)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 精密構造解析による光合成電子伝達メカニズムの解明2020

    • Author(s)
      田中秀明
    • Organizer
      原子分解能ホログラフィー・不規則系機能性材料合同研究会(主催:SPRUC原子分解能ホログラフィー研究会、不規則系機能性材料合同研究会)
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 植物型フェレドキシンの酸化還元に伴う構造変化とその役割2020

    • Author(s)
      大西裕介、田中秀明、栗栖源嗣
    • Organizer
      令和2年度日本結晶学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Structure basis for Thioredoxin isoform-based fine tuning of Ferredoxin-Thioredoxin Reductase activity.2020

    • Author(s)
      L.Juniar, H. Tanaka, K. Yoshida, T.Hisabori and G. Kurisu,
    • Organizer
      令和2年度日本結晶学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 高等植物型ヘムオキシゲナーゼの構造・相互作用解析2020

    • Author(s)
      東田怜、田中秀明、武藤梨沙、張旭紅、李映昊、小沼剛、池上貴久、右田たい子、栗栖源嗣
    • Organizer
      令和2年度日本結晶学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] NDH様複合体とフェレドキシンの相互作用機構の解明2019

    • Author(s)
      田中秀明、濱岡紀之、三角裕子、金宙妍、小沼剛、池上貴久、Engel Benjamin D.、Nowaczyc marc M.、栗栖源嗣
    • Organizer
      日本生化学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ダイズ由来植物型ヘムオキシゲナーゼ1の構造解析2019

    • Author(s)
      東田怜、田中秀明、武藤梨沙、右田たい子、栗栖源嗣
    • Organizer
      日本生化学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 藍藻由来フェレドキシンの[2Fe-2S]クラスター還元に起因する構造変化の段階的可視化2019

    • Author(s)
      大西裕介、田中秀明、奥村英夫、馬場清喜、河野能顕、熊坂崇、栗栖源嗣
    • Organizer
      日本放射光学会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Book] 生体の科学 「環境変化に応じて光化学系Iが形成する様々な超複合体の構造」2020

    • Author(s)
      田中秀明、栗栖源嗣
    • Publisher
      医学書院
    • Related Report
      2020 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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