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Structure and recognition mechanism for nuclear receptors involved in bone formation

Research Project

Project/Area Number 19K06588
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionKochi University

Principal Investigator

SUGIYAMA Shigeru  高知大学, 教育研究部自然科学系理工学部門, 教授 (90615428)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords転写因子 / 脂溶性ビタミン / 凝固ゲル中結晶 / X線結晶構造解析 / X線結晶構造解析 / 脂溶性ビタミンK / 凝固ゲル中結晶化 / タンパク質 / タンパク質結晶 / 脂溶性リガンド / ステロイドX受容体
Outline of Research at the Start

SXRは骨粗鬆症治療薬の標的タンパク質である。脂溶性ビタミンK2と結合することで活性化され、骨形成に関与する遺伝子発現を誘導する転写因子である。これまでの研究から、脂溶性ビタミンK2と類似構造を持つ各種脂溶性ビタミンKにおいて、SXRに対する結合能と転写活性の強さに明確な差があることを発見した。本研究では、各種脂溶性ビタミンK-SXRの複合体構造とSXRに対する結合能および転写活性の強さをそれぞれ比較することによって、これまで未解明であった転写活性に関わる多様な複合体構造の変化を明らかにし、SXRの分子認識機構の解明と転写活性化機構の構造基盤を解明することを目的とする。

Outline of Final Research Achievements

The steroid X receptor (SXR) is a target protein of osteoporosis drugs. It is a transcription factor that is activated by binding to water-insoluble ligands and forms a heterodimer with SXR to induce gene expression involved in bone formation. In this study, we expressed and purified recombinant SXR to elucidate the structural basis of the molecular recognition mechanism of SXR. In addition, we have developed an advanced high-strength hydrogel crystallization method, which was necessary to obtain the complex structure of SXR with various water-insoluble ligands. As a result, we succeeded in obtaining hydrogel-grown apo-type SXR crystals with this method. Furthermore, we obtained SXR complex crystals by soaking hydrogel-grown apo-type SXR crystals in a solution of water-insoluble ligand dissolved in 50% DMSO solution, and clarified the complex structure.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

脂溶性ビタミンとSXRの相互作用は、脂溶性ビタミンの環状部分と側鎖部分の両方が協同的に関わっている。これらの多様な複合体構造の変化を原子レベルで明らかにすることによって、脂溶性化合物とタンパク質の新しい構造基盤を構築することができれば、その学術的意義は大きい。また、凝固ゲル中結晶化法はこれまで困難であった難水溶性化合物-タンパク質の複合体構造解析を容易にするだけでなく,新しい創薬法の開発へ向けて貢献できる技術である。本方法を汎用化することができれば,これまで困難であった難水溶性化合物と標的タンパク質との複合体構造を取得することが容易となり創薬への貢献が期待できるため社会的意義は大きい。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2021 2020

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Growth of protein crystals in high-strength hydrogels with the dialysis membrane2021

    • Author(s)
      Shigeru Sugiyama, Keisuke Kakinouchi, Hiroaki Adachi, Tsugio Nagasawa, Noriaki Kunimune, Michio Murata, and Yusuke Mori
    • Journal Title

      Jpn. J. Appl. Phys.

      Volume: 60 Issue: 1 Pages: 015506-015506

    • DOI

      10.35848/1347-4065/abd0c7

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of strict substrate recognition of L-lysine α-oxidase from Trichoderma viride2020

    • Author(s)
      Hiroki Kondo, Masaki Kitagawa, Yuya Matsumoto, Masaya Saito, Marie Amano, Shigeru Sugiyama, Takashi Tamura, Hitoshi Kusakabe, Kenji Inagaki, Katsumi Imada
    • Journal Title

      Protein Sci.

      Volume: 29 Issue: 11 Pages: 2213-2225

    • DOI

      10.1002/pro.3946

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Effect of ultra-fine bubble water on protein crystal nucleation2020

    • Author(s)
      Shigeru Sugiyama, Tomoya Kitatani, Taichi Naruse, Yumeto Otsuka, Hiroaki Adachi, Toshihiro Fujita, and Yusuke Mori
    • Journal Title

      Jpn. J. Appl. Phys.

      Volume: 59 Issue: 11 Pages: 115505-115505

    • DOI

      10.35848/1347-4065/abc2a0

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Growth of protein crystals in high-strength hydrogels with the dialysis membrane2021

    • Author(s)
      T. Naruse, K. Hamada, H. Adachi, T. Nagasawa, N. Kunimune, M. Murata, Y. Mori, S. Sugiyama
    • Organizer
      25th Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr2021)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 難水溶性リガンド-タンパク質複合体の構造解析へ向けた技術開発2021

    • Author(s)
      杉山成
    • Organizer
      フロンティア理工学研究所2020年度シンポジウム「バイオインフォマティクスと関連技術の最前線」
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 凝固ゲル中結晶化法の汎用化を目指した結晶作製装置の開発2021

    • Author(s)
      成瀬太智,濱田健太,安達宏昭,長澤次男,国宗範彰,村田道雄,森勇介,杉山成
    • Organizer
      第50回結晶成長国内会議(JCCG‐50)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 凝固ゲル中結晶化法による脂溶性化合物複合体解析2020

    • Author(s)
      杉山成,垣之内啓介,安達宏昭,国宗範彰,村田道雄,森勇介
    • Organizer
      第61回日本生化学会中国・四国支部例会
    • Related Report
      2020 Research-status Report 2019 Research-status Report
  • [Presentation] Development and evaluation of the high-strength hydrogel method for high versatility2020

    • Author(s)
      成瀬太智,天野妙法華,国宗範彰,長澤次男,安達宏昭,森勇介,杉山成
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 凝固ゲル中結晶化法を用いた骨形成に関与するステロイドX受容体の分子認識2020

    • Author(s)
      杉山成,垣之内啓介,廣田佳久,中川公恵,岡野登志夫,村田道雄
    • Organizer
      第93回日本生化学会大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Book] タンパク質結晶の最前線(普及版)2020

    • Author(s)
      杉山成,他51名
    • Total Pages
      288
    • Publisher
      株式会社シーエムシー出版
    • ISBN
      9784781314730
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 有機高分子結晶製造装置2021

    • Inventor(s)
      杉山成,国宗範彰,成瀬太智
    • Industrial Property Rights Holder
      杉山成,国宗範彰,成瀬太智
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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