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Diffusion measurement on proteins in liquid-liquid phase separation samples

Research Project

Project/Area Number 19K06591
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

Yamamoto Johtaro  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (20585088)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2021: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2020: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywords動態計測 / 蛍光相関分光法 / 動的光散乱 / 並進拡散 / 回転拡散 / 高分子混雑 / 液-液相分離 / 光計測 / 蛍光計測 / 拡散
Outline of Research at the Start

タンパク質があたかも液体であるかのように振る舞う状態として液-液相分離(LLPS)状態が発見されています。LLPSを応用することでタンパク質医薬品として使用されているIgG抗体を高効率で回収する技術が提案されるなど、LLPSは注目されている現象ですが、LLPS状態にあるタンパク質がどのように拡散運動しているかはほとんど分かっていません。
本研究では、蛍光分子の拡散運動を計測する蛍光相関分光法と、散乱体の運動を計測する動的光散乱法を同時に実現する新規装置を開発し、LLPS状態にあるタンパク質の運動を解析します。今後LLPSを応用したタンパク質医薬品の品質向上に大きく貢献できると期待できます。

Outline of Final Research Achievements

In this study, I aimed to clarify molecular dynamics of proteins in liquid-liquid phase separation (LLPS) state by developing a system which simultaneously provides a polarization-dependent fluorescence correlation spectroscopy (Pol-FCS) measurement and a dynamic light scattering (DLS) measurement.
The measurement system was successfully developed and demonstrated, however, preparation of samples in LLPS state with a concentration of fluorescent probe proteins suitable for FCS measurement was difficult. Next, I tried to quantitatively evaluate crowding state in macromolecular crowding (MMC) samples like LLPS samples, in which macromolecules are highly condensed, using the developed measurement system. As a result, a quantitative evaluation of MMC state by comparing translational diffusion and rotational diffusion was successfully demonstrated.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

蛍光プローブ分子の並進拡散と回転拡散を同時測定して比較することで、高分子混雑(MMC)状態にある溶液、生細胞の核・細胞質、ゲルの混雑状態を定量評価する手法を実証した。特に細胞内でのMMCについては、細胞内の実験結果と溶液内の実験結果の齟齬の原因とも言われ、近年注目されている現象である。これまでPol-FCSのように並進拡散と回転拡散を全く同一地点かつ同時に測定可能で、かつ生きた細胞を生かしたまま、部位選択的に測定可能な手法は存在していなかった。本研究成果は、今後のMMCや液-液相分離の研究の発展に大きく寄与可能であると期待している。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Quantitative evaluation of macromolecular crowding environment based on translational and rotational diffusion using polarization dependent fluorescence correlation spectroscopy2021

    • Author(s)
      Yamamoto Johtaro、Matsui Akito、Gan Fusako、Oura Makoto、Ando Riku、Matsuda Takahiro、Gong Jian Ping、Kinjo Masataka
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 10594-10594

    • DOI

      10.1038/s41598-021-89987-7

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Measurement of the Concentration and the Brightness for Samples Containing Multiple Molecules with Different Brightness Using Fluorescence Correlation Spectroscopy2021

    • Author(s)
      Yamamoto Johtaro、Sasaki Akira
    • Journal Title

      Applied Sciences

      Volume: 11 Issue: 13 Pages: 5840-5840

    • DOI

      10.3390/app11135840

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 回転および並進拡散測定による細胞内混雑状態の解析2021

    • Author(s)
      山本条太郎、金城政孝
    • Journal Title

      細胞

      Volume: 53 Pages: 385-389

    • NAID

      40022593947

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛍光ゆらぎ解析による細胞およびソフトマター内分子動態解析2021

    • Author(s)
      山本条太郎
    • Organizer
      第30回日本バイオイメージング学会 学術集会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 光ファイバ接続型蛍光相関分光装置の研究開発2020

    • Author(s)
      山本条太郎
    • Organizer
      第29回 日本バイオイメージング学会学術集会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 蛍光ゆらぎ解析による微環境解析2019

    • Author(s)
      山本条太郎
    • Organizer
      日本分子イメージング学会 第14回学会総会・学術集会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 偏光蛍光相関分光法による細胞内微環境の解明と細胞内情報伝達機構へ与える影響2019

    • Author(s)
      山本条太郎, 顔総子, 松井亮人, 桃崎哲, 金城政孝
    • Organizer
      第16回バイオオプティクス研究会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] New evaluation technique for micro-environment using translational and rotational diffusion2019

    • Author(s)
      J. Yamamoto, A. Matsui, M. Kinjo
    • Organizer
      The 6th International Symposium on Bioimaging
    • Related Report
      2019 Research-status Report

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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