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Flexibility and plasticity of the tubulin lattice within assembled microtubules

Research Project

Project/Area Number 19K06602
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionChuo University

Principal Investigator

Kamimura Shinji  中央大学, 理工学部, 教授 (90177585)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2022-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords微小管 / X線繊維回折法 / 小角散乱 / 微小管安定化剤 / 流動配向法 / 負の熱膨張係数 / チューブリン / 温度依存性 / 構造ヒステリシス / 流動配向装置 / チューブリン分子構造動態 / 微小管繊維回折 / 熱膨張係数 / 冷却収縮 / 非等方性 / 脱重合閾温度 / タキソール / ラウリマライド / GTPアナログ / リン酸アナログ / タキソール誘導体 / 微小管構造動体 / X線繊維回折 / チューブリン格子 / 細胞骨格 / X線繊維回折
Outline of Research at the Start

微小管は、真核生物のさまざまな細胞機能に深く関わる細胞骨格である。シンクロトロンの高輝度X線源を使ったX線繊維回折法を使って、微小管構造の柔軟性・可塑性を正確に定量的な評価を行うことで、微小管の生理機能をより深く理解できると共に、抗がん剤としての微小管安定化剤の薬理効果を客観的に数値化できる利点がある。これまでの電子顕微鏡技術ではわからなかった情報、動的な構造変化、その変化の時定数、構造の熱ゆらぎの評価を行う新手法として確立することで、抗がん剤の網羅的な探索研究を推進する。

Outline of Final Research Achievements

We investigated the dynamic changes of X-ray fiber diffraction from brain microtubules (MTs) on rapid cooling at SPring-8. This is the first example to show the temperature-dependent structural dynamics of supramolecular compounds, and we obtained the following four new findings. The first is that MTs have the different rate of shrinkage on cooling in the length and diameter directions, which is a direct proof that tubulin molecules undergo structural changes at low temperature. The second is that 17 degrees is the critical temperature at which the MT structure can be maintained, the third is that the cooling shrinkage rate clearly changed depending on MT stabilizers (paclitaxel and laulimalide), and the fourth is that the difference in structures between depolymerization and repolymerization was observed by investigating diffraction patterns during re-warming. This study would be an epoch-making one that is proposing a new tool to investigate the dynamic features of MT structures.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

生体分子は独特の高次構造を持ち、金属粒子やポリマー粒子とは異なり、非等方的な構造を持つ。温度変化による熱膨張率もその構造を反映していると期待できる。本研究は、この点を高精度のサブpmスケールで明らかにした最初の研究例となる。研究手法上、冷却しなければならないクライオEMで解明された分子構造を解釈する上で、程度の差はあれ、低温構造変化する生体分子もある点は、考慮すべき新事実である。また、低温条件下で哺乳類の脳微小管は不安定化する性質があるが、その生物物理学的な説明、さらには、より温度順応型の他の真核生物から、哺乳類の微小管が進化して来た理由や分子進化プロセスの理解にもつながると期待している。

Report

(4 results)
  • 2021 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • Research Products

    (25 results)

All 2021 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (5 results)

  • [Int'l Joint Research] ALBA(BL11 - NCD-SWEET)/CIB Margarita Salas-CSIC(スペイン)

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  • [Int'l Joint Research] ESRF (Grenoble)/DUBBLE (Grenoble)(フランス)

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  • [Journal Article] GTP-dependent formation of straight tubulin oligomers leads to microtubule nucleation2021

    • Author(s)
      Ayukawa Rie、Iwata Seigo、Imai Hiroshi、Kamimura Shinji、Hayashi Masahito、Ngo Kien Xuan、Minoura Itsushi、Uchimura Seiichi、Makino Tsukasa、Shirouzu Mikako、Shigematsu Hideki、Sekimoto Ken、Gigant Benoit、Muto Etsuko
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 220 Issue: 4 Pages: 1-19

    • DOI

      10.1083/jcb.202007033

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] SAXS Signals from Double-Stranded DNA under Shear-Flow Conditions2020

    • Author(s)
      藤田 洋介, 箕浦 高子, Longo Alessandrob, 和田 祐子, 八木 俊樹, 岩本 裕之, 神谷 律, 上村 慎治
    • Journal Title

      SPring-8/SACLA Research Report

      Volume: 8 Issue: 3 Pages: 469-472

    • DOI

      10.18957/rr.8.3.469

    • NAID

      130007969743

    • ISSN
      2187-6886
    • Year and Date
      2020-10-29
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  • [Journal Article] Structural model for differential cap maturation at growing microtubule ends2020

    • Author(s)
      Juan Estevez-Gallego et al.
    • Journal Title

      eLIFE

      Volume: 10

    • DOI

      10.7554/elife.50155

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  • [Journal Article] Development of phase-contrast/dark-field microscopy with scanning laser illumination2019

    • Author(s)
      Tsuyoshi SATO, Tomotaka SHIRANE, Yuuko WADA, Hiroshi IMAI & Shinji KAMIMURA
    • Journal Title

      Journal of the Institute of Science and Engineering. Chuo University

      Volume: 2019(25)

    • NAID

      120006870443

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  • [Presentation] 低温条件下での微小管構造動態解析:溶液温度に依存した構造変化における非等方性とヒステ リシス2021

    • Author(s)
      上村慎治・八木俊樹・近藤裕祐・Estevez-Gallego J., Lucena-Agell D., Diaz J. F., 岩本 裕之
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      日本生物物理学会年会
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      雷 宜慈, 今井 洋, 山本 遼介, 下 理恵子, 上村 慎治, 八木 俊樹, 梶村 直子, 廣瀬 未果, 加藤 貴之, 光岡 薫, 昆 隆英
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
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      上村慎治・岩本裕之
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      日本生物物理学会
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    • Author(s)
      Rie Ayukawa et al.,
    • Organizer
      日本生物物理学会
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  • [Presentation] GTP-チューブリンはどのようにして微小管の核を生成するか? (2) オリゴマーのラテラルな相互 作用2020

    • Author(s)
      Seigo Iwata et al.
    • Organizer
      日本生物物理学会
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  • [Presentation] X線繊維回折法によって明らかとなった秒単位の微小管構造変化2019

    • Author(s)
      上村慎治
    • Organizer
      日本生物物理学会
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      上村慎治
    • Organizer
      日本動物学会
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  • [Remarks] 微小管が生まれる分子メカニズムを解明 -ごく少数の直線状オリゴマーだけが微小管になる-

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      https://www.chuo-u.ac.jp/academics/faculties/science/departments/biological/news/2021/02/53106/

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  • [Remarks] シンクロトロン技術を使い微小管の構造変化を解明

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      https://www.chuo-u.ac.jp/aboutus/communication/press/2020/03/48371/

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      https://www.chuo-u.ac.jp/aboutus/communication/press/2021/02/53099/

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  • [Remarks] シンクロトロン技術を使い微小管の構造変化を解明(プレスリリース)

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      http://www.spring8.or.jp/ja/news_publications/press_release/2020/200317/

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  • [Remarks] New structural model for microtubule ends

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      https://www.cib.csic.es/news/research/new-structural-model-microtubule-ends

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Published: 2019-04-18   Modified: 2023-01-30  

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